convert_project — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

convert_project - konwertuje typy plików asemblera i sekwencjonowania

OPIS

Ten program jest częścią pakietu asemblera MIRA. Służy do konwersji pliku projektu
typy na inne typy. Aby uzyskać więcej informacji, zapoznaj się z poniższą dokumentacją
informacje o projekcie_konwersji.

STRESZCZENIE

projekt_konwersji
[-F ] [-T [-T ...]] [-aChimMsuZ] [-AcflnNoqrtvxXyz
{...}] {plik wejściowy} {plik wyjściowy} [ ...]

OPCJE

-f
załaduj ten typ plików projektu, gdzie fromtype to:

caf kompletny zespół lub pojedyncze sekwencje z CAF

maf kompletny zespół lub pojedyncze sekwencje z CAF

sekwencje fasta z pliku FASTA

sekwencje fastq z pliku FASTQ

gbf sekwencje z pliku GBF

sekwencje phd z pliku PHD

fofnex
sekwencje w plikach EXP z pliku nazw plików

-t
napisz sekwencje/montaż do tego typu (wielokrotne wzmianki o -t są dozwolone):

sekwencje ACE lub kompletny montaż do ACE

sekwencje caf lub kompletny montaż do CAF

sekwencje maf lub kompletny montaż do MAF

sam kompletny montaż do SAM

samnbb jak powyżej, ale pomijając odniesienia (szkielety) w zespołach mapowania

sekwencje gbf lub konsensus do GBF

gff3 konsensus do GFF3

informacje o zasięgu zespołu peruki do pliku wiggle

Informacje o zawartości gc zestawu gcwig do pliku wiggle

sekwencje fasta lub konsensus do pliku FASTA (jakości do

.jakość)

sekwencje fastq lub konsensus do pliku FASTQ

exp lub kompletny montaż do plików EXP w formacie

katalogi. Kompletne zespoły są przystosowane do importu gap4 jako zespół ukierunkowany.
Uwaga: zaleca się jednak używanie caf2gap do importowania do gap4

tekst kompletnego złożenia do wyrównania tekstu (tylko gdy -f is

caf, maf lub gbf)

html kompletny zestaw do HTML (tylko wtedy, gdy -f jest caf, maf lub

GBF)

tcs kompletny zestaw do tcs

hsnp otoczenie tagów SNP (SROc, SAOc, SIOc) do HTML (tylko gdy -f jest caf, maf lub
GBF)

asnp analiza tagów SNP (tylko gdy -f to caf, maf lub gbf)

cstats plik statystyk kontigów jak z MIRA (tylko gdy źródło zawiera kontigi)

crlist contig odczyt pliku listy jak z MIRA (tylko gdy źródło zawiera kontigi)

zamaskowany fasta
odczytuje, gdzie wektor sekwencjonowania jest maskowany (z X) do pliku FASTA (jakości do
.jakość)

sekwencje scaf lub kompletny montaż do pojedynczych sekwencji CAF

-a Dołącz do plików docelowych zamiast przepisywania

-A
Łańcuch z parametrami MIRA do przeanalizowania Przydatne przy ustawianiu parametrów wpływających
konsensus wzywający jak -WSPÓŁ:mrpg itp. Np.: -a "454_USTAWIENIA -WSPÓŁ:mrpg=3"

-b Ślepe dane Zamienia wszystkie bazy w odczytach/kontigach na „c”

-C Wykonuj twarde przycinanie do odczytów Podczas odczytu formatów, które definiują punkty przycięcia, will

zapisz tylko nieprzyciętą część do pliku wynikowego.

Dotyczy tylko plików/formatów, które nie zawierają

kontigowie.

-d Usuń kolumny tylko z przerwami Gdy dane wyjściowe to kontigi: usuń kolumny, które są

całkowicie luki (jak po usunięciu odczytów podczas edycji w gap4 lub podobnym)

Gdy dane wyjściowe są odczytywane: usuń luki w odczytach

-F Filtruj, aby przeczytać grupy Specjalny przypadek użycia, jeszcze nie używaj.

-m Twórz kontigi (tylko dla -t = caf lub maf) Zawrzyj pojedyncze odczyty jako contig singlets
plik CAF/MAF.

-n
gdy jest podany, wybiera tylko odczyty lub kontigi podane przez nazwę w tym pliku.

-i jeśli chodzi o komunikację i motywację -n jest używany, odwraca zaznaczenie

-o Przesunięcie jakości fastq (tylko dla -f = 'fastq') Przesunięcie wartości jakości w FASTQ
plik. Domyślnie 0 próbuje automatycznie rozpoznać.

-Q
Ustaw domyślną jakość dla baz w typach plików bez wartości jakości Ponadto zrób
nie zatrzymuje się, jeśli brakuje plików o oczekiwanej jakości (np. „.fasta”)

-R
Zmień nazwę kontigów/singletów/odczytów z podanym łańcuchem nazw, do którego należy licznik
dołączony. Znany błąd: jeśli wprowadzisz, utworzy zduplikowane nazwy

zawiera kontigi/singlety oraz wolne odczyty, tj. odczyty nie w kontigach ani
podkoszulki.

-S
(nazwa)Schemat zmiany nazw odczytów, ważny dla sparowanych końcówek Tylko „solexa” jest
obecnie obsługiwane.

Opona następujący przełączniki praca tylko jeśli chodzi o komunikację i motywację wkład (CAF or MAF) zawiera kontigowie.
Uwaga: CAF i MAf mogą również zawierać tylko odczyty.

-M Nie wyodrębniaj kontigów (ani ich konsensusu), ale sekwencję odczytów, którymi są
złożony z.

-N
lubić -n, ale sortuje dane wyjściowe zgodnie z kolejnością podaną w pliku.

-r [cCqf]
Przelicz wartości konsensusu i/lub jakości konsensusu i/lub znaczniki funkcji SNP.
„c” przelicza wady i wady (z IUPAC) „C” przelicza wady i wady
(wymuszanie nie-IUPAC) 'q' przelicza tylko konsensusowe cechy 'f' przelicza cechy SNP
Uwaga: istotne jest tylko ostatnie z cCq, f działa jako a

switch i może być łączony z cQq (np. "-r C -r F")

Uwaga: jeśli CAF/MAF zawiera wiele szczepów, ponowne obliczenie wad i wad
cechy są wymuszone, ty

może po prostu wpływać na to, czy IUPAC są używane, czy nie.

-s podzielić dane wyjściowe na wiele plików zamiast tworzyć jeden plik

-u „fillUp szczep genomy” Wypełnij dziury w genomie jednego szczepu (N lub @).
sekwencja z konsensusu innych szczepów Działa tylko z -r i -t gbf lub
fasta/q w FASTA/Q: wypełnione bazy są pisane małymi literami w GBF: wypełnione bazy są
dużymi literami

-q
Definiuje minimalną jakość, jaką musi mieć podstawa konsensusu szczepu, podstawy konsensusu
poniżej będzie to 'N' Domyślnie: 0 Używane tylko z -r, -f jest caf/maf i -t is
(szybko

lub gbf)

-v Wydrukuj numer wersji i wyjdź

-x
Minimalna długość kontiga lub odczytu Podczas ładowania odrzuć wszystkie kontigi/odczyty z a
długość mniejsza od tej wartości. Domyślnie: 0 (= wyłączone) Uwaga: nie dotyczy odczytów
w kontigach!

-X
Podobny do -x ale dotyczy tylko odczytów, a następnie obciętej długości.

-y
Minimalne średnie pokrycie kontigów Podczas ładowania odrzuć wszystkie kontigi ze średnią
pokrycie mniejsze niż ta wartość. Domyślnie: 1

-z
Minimalna liczba odczytów w kontigu Podczas ładowania odrzuć wszystkie kontigi z numerem
odczytów mniejszych niż ta wartość. Domyślnie: 0 (= wyłączone)

-l
przy wyprowadzaniu jako tekst lub HTML: liczba podstaw pokazana w jednej linii wyrównania. Domyślny:
60.

-c
podczas wyprowadzania jako tekst lub HTML: znak używany do uzupełniania przerw końcowych. Domyślnie: „ ” (puste)

Pseudonimy: caf2html, exp2fasta, ... itd. Dowolna kombinacja „ 2 "
może być używany jako nazwa programu (również przy użyciu linków), aby automatycznie konwertować_projekt
zestawy -f i -t odpowiednio.

PRZYKŁADY

konwertuj_projekt źródło.maf cel.sam

convert_project source.caf dest.fasta peruka as

convert_project -x 2000 -y 10 źródło.caf miejsce docelowe.caf

caf2html -l 100 -c . źródło.caf cel

Skorzystaj z usługi convert_project online, korzystając z usług onworks.net