To jest polecenie dialign-tx, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
dialign-tx — Dopasowanie wielu sekwencji oparte na segmentach
STRESZCZENIE
dialign-tx [OPCJE] {conf-katalog} {plik fasta} [fasta-out-plik]
OPIS
DIALIGN-TX to ulepszony algorytm do porównywania wielu białek w oparciu o segmenty.
DIALIGN-TX to kompletna reimplementacja podejścia opartego na segmentach, obejmująca kilka
nowe ulepszenia i heurystyki, które znacząco poprawiają jakość wyników
wyrównania w porównaniu do DALIGN 2.2. Tę znaczącą przewagę zaobserwowano na
lokalnych, jak i globalnych wskaźników dostosowania.
OPCJE
-d
Tryb debugowania [DOMYŚLNE 0]
0 brak instrukcji debugowania
1 debuguje bieżącą fazę przetwarzania
2 bardzo gadatliwe debugowanie
5 ostrego debugowania
-s
Maksymalna ilość sekwencji wejściowych [DOMYŚLNIE 5000].
-a
Maksymalna liczba znaków w linii w pliku FASTA [DOMYŚLNIE 100].
-c
Maksymalna ilość znaków w linii podczas drukowania sekwencji [DOMYŚLNIE 80].
-l
w trybie czułości, im wyższy poziom, tym mniejsze prawdopodobieństwo występowania fałszywych losowych fragmentów
wyrównane w lokalnych wyrównaniach [DOMYŚLNE 0]
0 wyłączone
1 poziom-1, obniżona czułość
2 poziom-2, mocno obniżona czułość
-m
Nazwa pliku macierzy wyników (w katalogu konfiguracyjnym) [DOMYŚLNE BIAŁKO: BLOSUM.scr]
/ [DOMYŚLNE DNA: dna_matrix.scr].
-w
Określa minimalną masę przy zmianie wzoru na masę na 1-pow(1-prob, współczynnik)
[DOMYŚLNIE 0.000000065].
-p
Nazwa pliku rozkładu prawdopodobieństwa (w katalogu konfiguracyjnym) [DOMYŚLNE PROTEIN:
BLOSUM.diag_prob_t10] / [DOMYŚLNE DNA: dna_diag_prob_100_exp_550000].
-v
Dodaj do każdego wyniku (aby zapobiec wartościom ujemnym) [DOMYŚLNE 0].
-t
Próg „Parzysty” dla niskiego wyniku za dopasowanie sekwencji [DOMYŚLNE BIAŁKO: 4] / [DOMYŚLNE
DNA: 0].
-n
Maksymalna liczba kolejnych pozycji dla okna zawierającego pozycje o niskiej punktacji
[DOMYŚLNE BIAŁKO: 4] / [DOMYŚLNE DNA: 1].
-g
Globalna minimalna długość fragmentu dla kryterium stopu [DOMYŚLNE BIAŁKO: 40] / [DOMYŚLNE
DNA: 1].
-m
Minimalny dozwolony średni wynik w oknie fragów zawierającym pozycje o niskim wyniku [DOMYŚLNE
BIAŁKO: 4.0] / [DOMYŚLNE DNA: 0.9].
-o
Niezależnie od tego, czy obliczane są wagi nakładania się, czy nie [DOMYŚLNE 0].
-f
Minimalna długość fragmentu [DOMYŚLNA 1].
-r
Waga progowa, przy której fragment ma być w ogóle brany pod uwagę [DOMYŚLNIE 0.0].
-u
[DOMYŚLNE 0]
1: Używaj tylko paska sqrt(amount_of_seqs) sąsiadujących sekwencji
obliczyć wyrównanie parami (zwiększyć wydajność).
0: Obliczone zostaną wszystkie dopasowania parami.
-A
Opcjonalny plik zakotwiczenia. [DOMYŚLNIE brak]
-D
Dane wejściowe to sekwencja DNA.
-T
Przetłumacz DNA na aminokwasy od początku do końca (długość zostanie obcięta do mod 3 = 0).
Ostrzeżenie
Nie używaj -D z tą opcją (wczytane zostaną domyślne wartości wejścia PROTEIN).
-L
Porównaj tylko najdłuższą otwartą ramkę odczytu.
Ostrzeżenie
Nie używaj -D z tą opcją (wczytane zostaną domyślne wartości wejścia PROTEIN).
-O
Przetłumacz DNA na aminokwasy, ramka odczytu dla każdej sekwencji obliczona na podstawie jej
najdłuższy ORF.
Ostrzeżenie
Nie używaj -D z tą opcją (wczytane zostaną domyślne wartości wejścia PROTEIN).
-P
Wyjście w postaci aminokwasów, brak retranslacji sekwencji DNA [DOMYŚLNE: wejście = wyjście].
-F
Tryb szybki (implikuje -l0, ponieważ już znacznie zmniejsza czułość).
-C
Wygeneruj tabelę prawdopodobieństwa zapisaną w /usr/share/dialign-tx/prob_table i wyjdź.
-H, -h
Wydrukuj tę wiadomość.
Korzystaj z dialign-tx online, korzystając z usług onworks.net
