Jest to polecenie fastx_clipper, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
fastx_clipper - maszynka do strzyżenia FASTA/Q
OPIS
użycie: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER] [-D] [-l N] [-n] [-d N] [-c] [-C] [-o] [-v] [-z]
[-i PLIK] [-o PLIK WYJŚCIOWY] Część zestawu narzędzi FASTX 0.0.14 autorstwa A. Gordona ([email chroniony])
[-h] = Ten pomocny ekran pomocy.
[-a ADAPTER] = łańcuch ADAPTER. wartością domyślną jest CCTTAAGG (atrapa adaptera). [-l N] =
odrzucić sekwencje krótsze niż N nukleotydów. wartość domyślna to 5. [-d N] = Zachowaj
adapter i N podstaw po nim.
(użycie „-d 0” jest równoznaczne z nieużyciem „-d” w ogóle. Jest to ustawienie domyślne).
[-c] = Odrzuć nieobcięte sekwencje (tzn. - zachowaj tylko sekwencje zawierające
adapter).
[-C] = Odrzuć przycięte sekwencje (tj. - zachowaj tylko sekwencje, które nie zawierały
adapter).
[-k] = Zgłoś sekwencje tylko z adapterem.
[-n] = zachowaj sekwencje z nieznanymi (N) nukleotydami. domyślnie jest odrzucane
sekwencje.
[-v] = Verbose - zgłasza liczbę sekwencji.
Jeśli określono [-o],
raport zostanie wydrukowany na STDOUT.
Jeśli [-o] nie jest określone (a wyjście trafia do STDOUT), raport zostanie wydrukowany do
STDERR.
[-z] = Skompresuj dane wyjściowe za pomocą GZIP.
[-D] = wyjście DEBUGOWANIA.
[-MN] = wymagana minimalna długość wyrównania adaptera N.
Jeśli mniej niż N nukleotydów jest zgodnych z adapterem - nie przycinaj go.
[-i INFILE] = Plik wejściowy FASTA/Q. wartością domyślną jest STDIN.
[-o OUTFILE] = plik wyjściowy FASTA/Q. domyślnie jest STDOUT.
Użyj fastx_clipper online, korzystając z usług onworks.net
