To jest polecenie gap5, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks, korzystając z jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gap5 - Genome Assembly Program (część pakietu staden)
STRESZCZENIE
przerwa5 [-ro] [-maxsekw ] [-maxdb ] [-pomiń_notatki] [BAZA DANYCH_NAZWA.V]
OPIS
Gap5 to program montażu genomu. Program zawiera wszystkie narzędzia, które byłyby
oczekiwany od programu montażowego plus wiele unikalnych funkcji i bardzo łatwy w użyciu
berło. Oryginalna wersja została opisana w Bonfield,JK, Smith,KF i Staden,R. A
nowy program do składania sekwencji DNA. Kwasy nukleinowe Res. 24, 4992-4999 (1995)
Gap5 jest bardzo duży i potężny. Każdy stosuje podzbiór opcji i ma swoje
ulubiony sposób uzyskiwania do nich dostępu i korzystania z nich. Chociaż jest ich dużo, użytkownicy są
zachęcam do jednorazowego przejrzenia całej dokumentacji, tylko po to, by odkryć, co jest
możliwe i w sposób, który najlepiej odpowiada ich własnej pracy. Przynajmniej całość tego
rozdział wprowadzający należy przeczytać, gdyż na dłuższą metę zaoszczędzi to czas.
OPCJE
-ro Tylko do odczytu
-maxsekw N
Początkowa maksymalna całkowita długość konsensusu
-maxdb N
Początkowa maksymalna liczba kontigów + odczyty
- (nie_) sprawdź
(Nie) uruchamiaj sprawdzania bazy danych po otwarciu bazy danych
-(no_)exec_notes
(Nie) wykonuj notatek OPEN/CLOS po otwarciu bazy danych
-(no_)rawdata_notatka
(Nie) używaj notatki RAWD zamiast RAWDATA env. zmienny
-(nie_)csel
(Nie) uruchamiaj selektora kontigu po otwarciu db
-pokaz
X Wyświetlacz do użycia
-rozmiar bitowy N
Określa rozmiar bitowy pliku aux dla nowych baz danych (32/64)
-synchronizacja Użyj trybu synchronicznego dla serwera wyświetlania (debugowanie)
-- Koniec listy argumentów
Korzystaj z gap5 online, korzystając z usług onworks.net