To jest polecenie gbrowse_import_ucsc_db, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
Browse_import_ucsc_db - Tworzy źródło danych frameworka
OPIS
Tworzy to ramowe źródło danych dla jednego z genomów znanych genomowi UCSC
Przeglądarka. Następnie możesz zmodyfikować plik konfiguracyjny źródła danych, dodać własne dane itd
naprzód. Podaj nazwę kompilacji genomu UCSC i opcjonalnie opis do wyświetlenia w
GBPrzeglądaj.
Aby rozpocząć, znajdź żądane źródło danych, przechodząc do http://genome.ucsc.edu/cgi-
bin/hgGateway i używanie menu „klad” i „genom”, aby przejść do żądanego gatunku
i numer kompilacji. Nazwę źródła danych znajdziesz w niebieskim polu pod nawigacją
sterownica. Poszukaj czegoś takiego:
D. melanogaster Genome Browser – montaż dm3 (sekwencje)
Nazwa źródła danych pojawia się przed słowem „zespół”, w tym przypadku „dm3”.
ZASTOSOWANIE
[opcje] [ ]
OPCJE
Aby uzyskać listę wszystkich źródeł rozpoznawanych przez UCSC, należy wpisać:
Browse_import_ucsc_db --list
Opcje:
--remove-chr Usuwa prefiks 'chr' ze wszystkich nazw chromosomów
--list Lista źródeł danych
PRZYKŁAD
Przykład: 0 zł hg19 'Ludzki genom (hg19)'
Użyj gbrowse_import_ucsc_db online za pomocą usług onworks.net