Jest to polecenie gmx-bundle, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-bundle - Analiza wiązek osi, np. helis
STRESZCZENIE
pakiet gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xvg>]] [-od [<.xvg>]] [-oz [<.xvg>]]
[-ot [<.xvg>]] [-otr [<.xvg>]] [-otl [<.xvg>]]
[-w porządku [<.xvg>]] [-ok [<.xvg>]] [-ok [<.xvg>]]
[-oa [<.pdf>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[ty ] [-xvg ] [-nie ] [-[nie]z]
OPIS
gmx zapakować analizuje wiązki osi. Osie mogą być na przykład osiami helisy. Program
odczytuje dwie grupy indeksów i dzieli je na części -nie Części. Środki masy tych
części definiują wierzchołki i dna osi. Do pliku zapisywanych jest kilka ilości:
długość osi, odległość i przesunięcie w osi z punktów środkowych osi względem
średni środek wszystkich osi, całkowite nachylenie, nachylenie promieniowe i nachylenie boczne z
względem osi średniej.
Z opcjami -w porządku, -ok oraz -ok całkowite, promieniowe i boczne załamania osi są
wykreślone. Wymagana jest dodatkowa grupa indeksowa atomów załamania, która również jest podzielona -nie
Części. Kąt zagięcia jest definiowany jako kąt między górnym załamaniem a dolnym załamaniem
wektory.
Z opcji -oa góra, środek (lub załamanie, gdy -w porządku jest ustawiona), a dolne punkty każdej osi są
napisane do .pdf zarchiwizuj każdą klatkę. Numery pozostałości odpowiadają numerom osi.
Podczas przeglądania tego pliku za pomocą programu Rasmol użyj opcji wiersza poleceń -nmrpdbi wpisz zestaw oś
prawdziwy aby wyświetlić oś odniesienia.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktura + masa (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-ol [<.xvg>] (bun_len.xvg)
plik xvgr/xmgr
-od [<.xvg>] (bun_dist.xvg)
plik xvgr/xmgr
-oz [<.xvg>] (bun_z.xvg)
plik xvgr/xmgr
-ot [<.xvg>] (bun_tilt.xvg)
plik xvgr/xmgr
-otr [<.xvg>] (bun_tiltr.xvg)
plik xvgr/xmgr
-otl [<.xvg>] (bun_tiltl.xvg)
plik xvgr/xmgr
-w porządku [<.xvg>] (bun_skręt.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-ok [<.xvg>] (bun_kinkr.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-ok [<.xvg>] (bun_kinkl.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-oa [<.pdf>] (osie.pdb) (Opcjonalnie)
Plik banku danych białka
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
ty (ps)
Jednostka dla wartości czasu: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak
-nie (0)
Liczba osi
-[nie]z (Nie)
Użyj z-axis jako odniesienie zamiast średniej osi
Korzystaj z gmx-bundle online, korzystając z usług onworks.net
