Jest to polecenie gmx-dyecoupl, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-dyecoupl - Wyodrębnij dynamikę barwnika z trajektorii
STRESZCZENIE
barwnik gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-ot [<.xvg>]]
[-oo [<.xvg>]] [-o [<.dat>]] [-Rist [<.xvg>]]
[-chist [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [ty ]
[-[teraz] [-xvg ] [-[nie]pbcdist] [-[nie] norma]
[- pojemniki ] [-R0 ]
OPIS
gmx sprzęgło barwnikowe wyodrębnia dynamikę barwnika z plików trajektorii. Obecnie R i kappa^2
pomiędzy barwnikami jest ekstrahowany do symulacji (F)RET przy założonym sprzężeniu dipolarnym jak w
Równanie Foerstera. Umożliwia ponadto obliczenie R(t) i kappa^2(t), R i
histogramy i średnie kappa^2, a także chwilową wydajność FRET E(t) dla
określony promień Foerstera R_0 (przełącznik -R0). Barwniki wejściowe muszą być całe (patrz res i
opcje mol pbc w trjconv). Moment dipolowy przejścia barwnika musi być zdefiniowany przez at
co najmniej jedną parę atomów, jednakże w pliku indeksu można podać wiele par atomów.
Odległość R obliczana jest na podstawie COM danych par atomów. The
-pbcd opcja oblicza odległości do najbliższego obrazu okresowego zamiast odległości
w pudełku. Działa to jednak tylko w przypadku granic okresowych we wszystkich 3 wymiarach. The
-norma opcja (area-) normalizuje histogramy.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (indeks.ndx)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-ot [<.xvg>] (rkappa.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-oo [<.xvg>] (insteff.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-o [<.dat>] (rkappa.dat) (Opcjonalnie)
Ogólny plik danych
-Rist [<.xvg>] (rhist.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-chist [<.xvg>] (chist.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
ty (ps)
Jednostka dla wartości czasu: fs, ps, ns, us, ms, s
-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps i .pdf pliki
-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak
-[nie]pbcdist (Nie)
Odległość R w oparciu o PBC
-[nie] norma (Nie)
Normalizuj histogramy
- pojemniki (50)
Liczba pojemników histogramu
-R0 (-1)
Promień Foerstera obejmujący kappa^2=2/3 w nm
Korzystaj z gmx-dyecoupl online, korzystając z usług onworks.net
