To polecenie gmx-nmtraj, które można uruchomić w darmowym dostawcy hostingu OnWorks, korzystając z jednej z wielu naszych darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-nmtraj - Generuj wirtualną trajektorię oscylacyjną z wektora własnego
STRESZCZENIE
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-obcy ]
[-fazy ] [-temp ] [-amplituda ]
[-nframe ]
OPIS
gmx nmtraj generuje wirtualną trajektorię z wektora własnego, odpowiadającą
harmoniczna oscylacja kartezjańska wokół średniej struktury. Wektory własne powinny
zwykle są ważone masą, ale można użyć nieważonych wektorów własnych do generowania
ruchy ortogonalne. Ramki wyjściowe są zapisywane jako plik trajektorii obejmujący cały
okres, a pierwsza klatka jest średnią strukturą. Jeśli zapiszesz trajektorię w (lub
przekonwertować do formatu PDB, można go wyświetlić bezpośrednio w programie PyMol, a także renderować fotorealistycznie
film. Amplitudy ruchu obliczane są z wartości własnych i wstępnie ustawionej temperatury,
zakładając ekwipartycję energii na wszystkie tryby. Aby ruch był wyraźnie widoczny w
PyMol, możesz chcieć go wzmocnić, ustawiając nierealistycznie wysoką temperaturę.
Należy jednak pamiętać, że zarówno liniowe przemieszczenia kartezjańskie, jak i ważenie masowe będą
prowadzić do poważnych odkształceń konstrukcji przy dużych amplitudach – to jest po prostu ograniczenie
kartezjańskiego modelu trybu normalnego. Domyślnie wybrany wektor własny jest ustawiony na 7, ponieważ
pierwsze sześć normalnych trybów to stopnie swobody translacyjne i obrotowe.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktura + masa (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-v [<.trr/.cpt/...>] (własne.trr)
Pełna precyzyjna trajektoria: tr CPT tng
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
Trajektoria: xtc tr Gro g96 pdb tng
Inne opcje:
-obcy (7)
Ciąg wektorów własnych do użycia (pierwszy to 1)
-fazy (0.0)
Ciąg faz (domyślnie 0.0)
-temp (300)
Temperatura (K)
-amplituda (0.25)
Amplituda dla trybów o wartości własnej <=0
-nframe (30)
Liczba klatek do wygenerowania
Użyj gmx-nmtraj online za pomocą usług onworks.net