To jest polecenie gmx-order, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-order - Oblicz parametr kolejności na atom dla ogonów węglowych
STRESZCZENIE
zamówienie gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-nr [<.ndx>]]
[-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-od [<.xvg>]] [-ob [<.pdf>]]
[-kość [<.xvg>]] [-Sierż [<.xvg>]] [-Sk [<.xvg>]]
[-Sgsl [<.xvg>]] [-Skl [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[teraz] [-xvg ] [-d ] [-śl ]
[-[nie]szonnie] [-[nie]nienasycona] [-[nie]permolekuła] [-[nie]promieniowy]
[-[nie]kalcdist]
OPIS
gmx zamówienie oblicza parametr kolejności na atom dla ogonów węglowych. Dla atomu i wektor
i-1, i+1 jest używane razem z osią. Plik indeksu powinien zawierać tylko grupy do
być użyte do obliczeń, z każdą grupą równoważnych atomów węgla wzdłuż odpowiedniego acylu
sieć we własnej grupie. Nie powinno być żadnych ogólnych grup (takich jak System, Białko) w
plik indeksu, aby uniknąć pomyłki w programie (nie dotyczy to porządku czworościennego
parametry, które i tak działają tylko dla wody).
gmx zamówienie potrafi również podać wszystkie elementy diagonalne tensora rzędu, a nawet obliczyć
parametr rzędu deuteru Scd (domyślny). Jeśli opcja -szona jest podane tylko jedno zamówienie
składowa tensorowa (określona przez -d opcja) i podany jest parametr kolejności na wycinek
jest również obliczany. Jeśli -szona nie jest wybrany, wszystkie elementy diagonalne i deuter
podany jest parametr zamówienia.
Parametry rzędu czworościenności można określić wokół atomu. Oba kąty a
obliczane są parametry rzędu odległości. Zobacz P.-L. Chau i AJ Hardwick, Mol. fizyka,
93, (1998), 511-518. po więcej szczegółów.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (indeks.ndx)
Plik indeksu
-nr [<.ndx>] (indeks.ndx)
Plik indeksu
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.xvg>] (zamówienie.xvg)
plik xvgr/xmgr
-od [<.xvg>] (Pwt.xvg)
plik xvgr/xmgr
-ob [<.pdf>] (eiwit.pdb)
Plik banku danych białka
-kość [<.xvg>] (pokrojony.xvg)
plik xvgr/xmgr
-Sierż [<.xvg>] (sg-ang.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-Sk [<.xvg>] (sk-dist.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-Sgsl [<.xvg>] (sg-ang-slice.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
-Skl [<.xvg>] (sk-dist-slice.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps i .pdf pliki
-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak
-d (z)
Kierunek normalnej na membranie: z, x, y
-śl (1)
Oblicz parametr zamówienia w funkcji długości pudełka, dzieląc pudełko przez to
liczba plasterków.
-[nie]szonnie (Nie)
Podaj tylko element Sz tensora rzędu. (oś można określić za pomocą -d)
-[nie]nienasycona (Nie)
Oblicz parametry porządkowe dla węgli nienasyconych. Pamiętaj, że nie można tego mieszać
z normalnymi parametrami zamówienia.
-[nie]permolekuła (Nie)
Oblicz parametry rzędu Scd na cząsteczkę
-[nie]promieniowy (Nie)
Oblicz radialną normalną membrany
-[nie]kalcdist (Nie)
Oblicz odległość od odniesienia
Skorzystaj z gmx-order online, korzystając z usług onworks.net
