hhalign - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

hhalign - wyrównuje wyrównanie zapytania/HMM do wyrównania szablonu/HMM

STRESZCZENIE

hhali -i pytanie [-t szablon] [Opcje]

OPIS

HHalign wersja 2.0.16 (styczeń 2013) Dopasuj wyrównanie zapytania/HMM do szablonu
wyrównanie/HMM według wyrównania HMM-HMM Jeśli podano tylko jedno wyrównanie/HMM, jest ono porównywane z
i najlepsze wyrównanie poza przekątną oraz wszystkie dalsze, nienakładające się wyrównania
powyżej progu istotności. Remmert M, Biegert A, Hauser A i Soding J.
HHblits: Błyskawiczne wyszukiwanie iteracyjnych sekwencji białek przez dopasowanie HMM-HMM. Nat.
Metody 9:173-175 (2011). (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser

-i
wyrównanie zapytań wejściowych (fasta/a2m/a3m) lub plik HMM (.hhm)

-t
wyrównanie szablonu wejściowego (fasta/a2m/a3m) lub plik HMM (.hhm)

Wydajność opcje:
-o
zapisz wyrównanie wyjściowe do pliku

-jako
napisz ustawienia w FASTA, A2M (-oa2m) lub A3M (-oa3m) formacie

-Oa3m
zapisz wyrównanie zapytania w formacie a3m do pliku (domyślnie=brak)

-Aa3m
dołącz do pliku wyrównanie zapytania w formacie a3m (domyślnie=brak)

-atab
zapisz wyrównanie jako tabelę (z awersami) do pliku (domyślnie=brak)

-indeks użyj podanego wyrównania, aby obliczyć wynik Viterbiego (domyślnie = brak)

-v
tryb gadatliwy: 0: brak obrazu wyjściowego 1: tylko ostrzeżenia 2: gadatliwy

-nast [1,inf[ maks. liczba wyświetlanych sekwencji zapytań/szablonów (def=1)

-nokony
nie pokazuj sekwencji konsensusu w dopasowaniach (domyślnie=pokaż)

-nie
nie pokazuj przewidywanej 2-dniowej struktury w wyrównaniach (domyślnie=pokaż)

- kiwasz się
nie pokazuj drugiej struktury DSSP w wyrównaniach (domyślnie=pokaż)

-sskonf
pokaż ufności dla przewidywanej 2-dniowej struktury w liniach trasowania

-żyje int
liczba kolumn w wierszu na liście wyrównań (def=80)

-P
do samoporównania: maksymalna wartość p wyrównań (def=0.001

-p
minimalne prawdopodobieństwo w podsumowaniu i liście wyrównań (def=0)

-E
maksymalna wartość E w podsumowaniu i liście wyrównań (def=1E+06)

-Z
maksymalna liczba wierszy w podsumowującej liście trafień (def=100)

-z
minimalna liczba wierszy w podsumowującej liście trafień (def=1)

-B
maksymalna liczba linii trasowania na liście linii trasowania (def=100)

-b
minimalna liczba linii trasowania na liście linii trasowania (def=1)

-ranga int
określ rangę wyrównania do zapisu -Oa3m or -Aa3m opcja (domyślnie=1)

FILTRY wkład wyrównanie (opcje mogą be łączny):
-ID [0,100] maksymalna identyczność sekwencji parami (%) (def=90)

-różnic [0,inf[ filtruje najbardziej zróżnicowany zestaw sekwencji, zachowując przynajmniej to

wiele sekwencji w każdym bloku >50 kolumn (def=100)

-cow [0,100] minimalne pokrycie zapytaniem (%) (def=0)

-qid [0,100] minimalna identyczność sekwencji z zapytaniem (%) (def=0)

-qsc [0,100] minimalny wynik na kolumnę z zapytaniem (def=-20.0)

Wkład wyrównanie format:
-M a2m użyj A2M/A3M (domyślnie): wielkie litery = Dopasuj; małe litery = Wstaw; '-' = Usuń; '.' =
odstępy wyrównane do wstawek (można pominąć)

-M drugim
użyj FASTA: kolumny z resztą w 1. sekwencji są stanami dopasowania

-M [0,100]
użyj FASTA: kolumny z odstępami mniejszymi niż X% są stanami dopasowania

HMM-HMM wyrównanie opcje:
-kula/-lok
tryb wyrównania globalnego lub lokalnego (def=local)

-alt
pokaż do tej liczby alternatywnych linii trasowania (def=1)

-wyrównaj
wyrównać wyświetlane trafienia z max. algorytm dokładności (MAC)

-nowyrównaj
NIE wyrównuj wyświetlanych trafień za pomocą algorytmu MAC (def=realign)

-makt [0,1[
próg prawdopodobieństwa a posteriori dla dopasowania MAC (def=0.350) Wartość progowa
0.0 daje globalne wyrównania.

-sto
użyj globalnego algorytmu próbkowania stochastycznego, aby próbkować tak wiele wyrównań

-wyklucz wykluczyć pozycje zapytania z wyrównania, np. '1-33,97-168'

-Zmiana [-1,1] przesunięcie wyniku (def=-0.030)

-kor [0,1]
waga terminu dla korelacji par (def=0.10)

-ssm 0-4 0: brak punktacji ss [domyślnie=2]

1: punktacja ss po wyrównaniu 2: punktacja ss podczas wyrównania

-ssw [0,1] waga punktacji ss (def=0.11)

-pok przeczytaj domyślne opcje z ./.hhdefaults lub /.hhdomyślnie.

Przykład: hhalign -i T0187.a3m -t d1hz4a_.hhm - png T0187pdb.png

Wydajność opcje:
-o
zapisz wyrównanie wyjściowe do pliku

-jako
napisz ustawienia w FASTA, A2M (-oa2m) lub A3M (-oa3m) formacie

-Oa3m
zapisz wyrównanie zapytania w formacie a3m do pliku (domyślnie=brak)

-Aa3m
dołącz do pliku wyrównanie zapytania w formacie a3m (domyślnie=brak)

-atab
zapisz wyrównanie jako tabelę (z awersami) do pliku (domyślnie=brak)

-v
tryb gadatliwy: 0: brak obrazu wyjściowego 1: tylko ostrzeżenia 2: gadatliwy

-nast [1,inf[ maks. liczba wyświetlanych sekwencji zapytań/szablonów (def=1)

-nokony
nie pokazuj sekwencji konsensusu w dopasowaniach (domyślnie=pokaż)

-nie
nie pokazuj przewidywanej 2-dniowej struktury w wyrównaniach (domyślnie=pokaż)

- kiwasz się
nie pokazuj drugiej struktury DSSP w wyrównaniach (domyślnie=pokaż)

-sskonf
pokaż ufności dla przewidywanej 2-dniowej struktury w liniach trasowania

-żyje int
liczba kolumn w wierszu na liście wyrównań (def=80)

-P
do samoporównania: maksymalna wartość p wyrównań (def=0.001

-p
minimalne prawdopodobieństwo w podsumowaniu i liście wyrównań (def=0)

-E
maksymalna wartość E w podsumowaniu i liście wyrównań (def=1E+06)

-Z
maksymalna liczba wierszy w podsumowującej liście trafień (def=100)

-z
minimalna liczba wierszy w podsumowującej liście trafień (def=1)

-B
maksymalna liczba linii trasowania na liście linii trasowania (def=100)

-b
minimalna liczba linii trasowania na liście linii trasowania (def=1)

-ranga int
określ rangę wyrównania do zapisu -Oa3m or -Aa3m opcja (domyślnie=1)

-tc
napisz plik biblioteki TCoffee do porównania parami

-tct [0,100]
min. prawdopodobieństwo par reszt dla TCoffee (def=5%)

Opcje do filtrować wkład wyrównanie (opcje mogą be łączny):
-ID [0,100] maksymalna identyczność sekwencji parami (%) (def=90)

-różnic [0,inf[
filtrować najróżniejsze zestawy sekwencji, zachowując co najmniej tyle sekwencji w każdym
blok >50 kolumn (def=100)

-cow [0,100] minimalne pokrycie zapytaniem (%) (def=0)

-qid [0,100] minimalna identyczność sekwencji z zapytaniem (%) (def=0)

-qsc [0,100] minimalny wynik na kolumnę z zapytaniem (def=-20.0)

Budynek HMM opcje:
-M a2m użyj A2M/A3M (domyślnie): wielkie litery = Dopasuj; małe litery = Wstaw; '-' = Usuń; '.' =
odstępy wyrównane do wstawek (można pominąć)

-M drugim
użyj FASTA: kolumny z resztą w 1. sekwencji są stanami dopasowania

-M [0,100]
użyj FASTA: kolumny z odstępami mniejszymi niż X% są stanami dopasowania

-tagi NIE neutralizuj znaczników His-, C-myc-, FLAG- i sekwencji rozpoznawania trypsyny, aby:
dystrybucja w tle

Pseudoliczba (szt.) opcje:
-szt Zależność pozycji 0-2 domieszki pc 'tau' (tryb pc, domyślnie=2)

0: brak pseudoliczeń:
tau = 0

1: stała
tau = a

2: zależne od różnorodności: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: liczba
efektywne sekwencje w lokalnym MSA wokół kolumny i) 3: pseudoliczby o stałej różnorodności

-szt [0,1] ogólna domieszka pseudoliczby (def=1.0)

-płytka drukowana [1,inf[ Wartość progowa Neff dla -szt 2 (def=1.5)

-szt [0,3] wykładnik ekstynkcji c dla -szt 2 (def=1.0)

-pre_pca [0,1]
Domieszka pseudozliczania PREFILTER (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ Próg PREFILTRA dla Neff (def=1.8)

Kontekstowe pseudoliczby:
-nokontxt
użyj macierzy substytucji zamiast pseudoliczeń specyficznych dla kontekstu

-kontekst plik kontekstu do obliczania pseudozliczania kontekstowego
(domyślnie=./data/context_data.lib)

-cslib
plik stanu kolumn do szybkiego wstępnego filtrowania bazy danych (domyślnie=./data/cs219.lib)

luka koszt opcje:
-gapb [0,inf[
Domieszka pseudoliczba przejścia (def=1.00)

-gapd [0,inf[
Domieszka pseudoliczba przejścia dla otwartej przerwy (domyślnie=0.15)

-rozwarcie [0,1.5]
Domieszka pseudoliczba przejścia dla przerwy rozszerzającej (def=1.00)

-przerwa ]0,inf]
współczynnik zwiększający/zmniejszający karę za otwarcie przerwy w przypadku usunięcia (def=0.60)

-gapg ]0,inf]
współczynnik zwiększający/zmniejszający karę za otwarcie przerwy dla wstawek (def=0.60)

-przerwa ]0,inf]
współczynnik zwiększający/zmniejszający karę za wydłużenie przerwy w przypadku usunięcia (def=0.60)

-gapi ]0,inf]
współczynnik zwiększający/zmniejszający karę za wydłużenie odstępu dla wstawek (def=0.60)

-np [0,inf[ kara (bity) za przerwy końcowe wyrównane do reszt zapytania (def=0.00)

-np [0,inf[ kara (bity) za przerwy końcowe wyrównane do reszt szablonu (def=0.00)

Spójność opcje:
-kula/-lok
globalny lub lokalny tryb wyrównania (def=global)

-prochowiec użyj wyrównania z maksymalną dokładnością (MAC) zamiast Viterbi

-makt [0,1]
tylny próg probierczy dla wyrównania MAC (def=0.350)

-sto
użyj globalnego algorytmu próbkowania stochastycznego, aby próbkować tak wiele wyrównań

-sc wynik aminokwasowy (tja: szablon HMM w kolumnie j) (def=1)

0 = log2 Suma(tja*qia/pa) (pa: aa częstotliwości tła)

1 = log2 Suma(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta))

2 = log2 Suma(tja*qia/ta) (ta: śr. aa freqs w szablonie)

3 = log2 Suma(tja*qia/qa) (qa: śr. aa częst. w zapytaniu)

-kor [0,1]
waga terminu dla korelacji par (def=0.10)

-Zmiana [-1,1]
przesunięcie wyniku (def=-0.030)

-r powtórna identyfikacja: wielokrotne trafienia nie są traktowane jako niezależne

-ssm 0-2 0: brak punktacji ss [domyślnie=2]

1: punktacja ss po wyrównaniu 2: punktacja ss podczas wyrównania

-ssw [0,1] waga wyniku ss w porównaniu do wyniku kolumny (def=0.11)

-ssa [0,1] macierz pomyłek ss = (1-ssa)*I + ssa*psipred-macierz-pomyłek [def=1.00)

-spokojna 0-3
empiryczna kalibracja wyniku 0:zapytanie 1:szablon 2:oba (def=off)

Opcje domyślne można określić w './.hhdefaults' lub '~/.hhdefaults'

Korzystaj z hhalign online za pomocą usług onworks.net