Jest to polecenie hmm2align, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
hmm2align - dopasuj sekwencje do profilu HMM
STRESZCZENIE
hmm2wyrównaj [opcje] hmm2plik plik kolejny
OPIS
hmm2wyrównaj czyta plik HMM z hmmplik oraz zestaw sekwencji z plik kolejny, wyrównuje
sekwencje do profilu HMM i generuje dopasowanie wielu sekwencji.
plik kolejny mogą mieć dowolny niewyrównany lub wyrównany format pliku zaakceptowany przez firmę HMMER. Jeśli jest w
format wielokrotnego dopasowania (np. Stockholm, MSF, SELEX, ClustalW), istniejące dopasowanie
jest ignorowane (tj. sekwencje są odczytywane tak, jakby nie były wyrównane - hmm2align zostanie wyrównane
je tak, jak chce).
OPCJE
-h Wydrukuj krótką pomoc; zawiera numer wersji i podsumowanie wszystkich opcji, w tym
opcje eksperckie.
-m Uwzględnij w wyrównaniu tylko te symbole, które są dopasowane do stanów dopasowania. Nie pokazuj
symbole przypisane do stanów wstawiania.
-o Zapisz wyrównanie do pliku zamiast na standardowe wyjście.
-q cichy; wyłącz wszystkie dane wyjściowe z wyjątkiem samego wyrównania. Przydatne do rurociągów lub
przekierowanie wyjścia.
EXPERT OPCJE
--informuj
Potwierdź, że dane wejściowe plik kolejny jest w formacie ; nie uruchamiaj formatu Babelfish
autodetekcja. Zwiększa to nieco niezawodność programu, ponieważ
Babelfish może popełniać błędy; szczególnie polecany do bezobsługowych,
przebiegi przepustowości HMMER. Prawidłowe ciągi formatu to FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, SZTOKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL i PHYLIP. Zobacz Podręcznik użytkownika, aby znaleźć
pełna lista.
--mapali
Odczytuje wyrównanie z pliku i wyrównuje go jako pojedynczy obiekt do HMM; np
wyrównanie w jest utrzymywany na stałym poziomie. Umożliwia to dopasowanie sekwencji do modelu
w hmm2wyrównaj i przeglądaj je w kontekście istniejącej zaufanej wielokrotności
wyrównanie. Dopasowanie do ułożenia jest określone przez „mapę” przechowywaną w HMM,
jest więc szybki i gwarantuje zgodność ze sposobem, w jaki skonstruowano HMM
z wyrównania. Wyrównanie w pliku musi być dokładnie zgodne
z którego zbudowano HMM. Porównaj --withali opcja.
--jedna linia
Wyprowadź wyrównanie w jednej linii na sekwencję, zamiast przeplatać
bloki dopasowania sekwencji. Wpływa tylko na wyjście w formacie sztokholmskim.
--outformatuj
Wyprowadź wyrównanie w formacie . Domyślnym formatem jest format sztokholmski. Prawidłowe formaty
obejmują Sztokholm, SELEX, MSF, Clustal, Phylip i A2M.
--withali
Odczytuje wyrównanie z pliku i wyrównuje go jako pojedynczy obiekt do HMM; np
wyrównanie w jest utrzymywany na stałym poziomie. Umożliwia to dopasowanie sekwencji do modelu
w hmm2wyrównaj i przeglądaj je w kontekście istniejącej zaufanej wielokrotności
wyrównanie. Dopasowanie do wyrównania odbywa się za pomocą heurystyki (nieoptymalnej)
procedura programowania dynamicznego, która może być nieco powolna i nie można tego zagwarantować
być całkowicie spójne ze sposobem skonstruowania HMM (choć powinno tak być
całkiem blisko). Jednakże można zastosować dowolne wyrównanie, a nie tylko wyrównanie, które ma zastosowanie
HMM został zbudowany z. Porównaj --mapali opcja.
Użyj hmm2align online, korzystając z usług onworks.net
