To jest polecenie kmc_tools-filter, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
kmc_tools-filter - odfiltruj odczyty ze zbyt małą liczbą k-merów
STRESZCZENIE
kmc_tools filtrować [kmc_input_db_params]
[input_read_set_params] [output_read_set_params]
OPIS
To polecenie odfiltrowuje odczyty ze zbyt małą liczbą k-merów.
OPCJE
Dla bazy k-mers dostępne są dodatkowe parametry:
-ci
wyklucz k-mery występujące mniej niż czasy
-cx
wyklucz k-merów występujących więcej niż czasy
Dla wejściowego zestawu odczytów dostępne są dodatkowe parametry:
-ci
usuń odczyty zawierające mniej k-merów niż wartość. Może to być liczba całkowita lub liczba zmiennoprzecinkowa
w zakresie [0.0;1.0]
-ci
usuń odczyty zawierające więcej k-merów niż wartość. Może to być liczba całkowita lub liczba zmiennoprzecinkowa
w zakresie [0.0;1.0]
-F
wejście w formacie FASTA (-fa), formacie FASTQ (-fq); domyślnie: FASTQ
Dla wyjściowego zestawu odczytów dostępne są dodatkowe parametry:
-F
wyjście w formacie FASTA (-fa), formacie FASTQ (-fq); domyślnie: taki sam jak dane wejściowe
PRZYKŁAD
kmc_tools filtr kmc_db -ci3 wejście.fastq -ci0.5 -cx1.0 filtrowane.fastq
kmc_tools filtr kmc_db wejście.fastq -ci10 -cx100 filtrowane.fastq
Użyj kmc_tools-filter online, korzystając z usług onworks.net
