To jest polecenie macs2_cmbreps, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
macs2_cmbreps — analiza oparta na modelach dla sekwencjonowania ChIP
OPIS
użycie: macs2 cmbreps [-h] -i JEŻELI PLIK [JEŻELI PLIK ...] [-m {rybak,maks,średnia}]
[--outdir OUTDIR] -o OFILE
fakultatywny argumenty:
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
-i JEŚLI PLIK [JEŻELI PLIK ...]
Wynik MACS w bedGraph dla każdego powtórzenia. Wymagaj dokładnie dwóch plików, takich jak „-i A
B'. WYMAGANY
-m {fisher,max,średnia}, --metoda {fisher,max,średni}
Metoda używana podczas łączenia wyników z powtórzeń. 1) rybak: kombinacja rybacka
test prawdopodobieństwa. Wymaga ocen w postaci ppois (-log10 wartości p) z bdgcmp.
Inne typy ocen dla tej metody mogą powodować nieoczekiwane błędy cmbreps. 2) maks.:
pobrać maksymalną wartość z powtórzeń dla każdej pozycji genomowej. 3) znaczy: weź
Średnia wartość. Uwaga, z wyjątkiem metody Fishera, maks. lub średnia przyjmuje wyniki w stanie, w jakim się znajdują
co oznacza, że nie będą konwertować wyników ze skali logarytmicznej na skalę liniową i odwrotnie.
--zewnętrzny ZEWN
Jeśli zostanie określony, wszystkie pliki wyjściowe zostaną zapisane w tym katalogu. Domyślnie:
bieżący katalog roboczy
-o OFILE, --oplik OFILE
Wyjściowa nazwa pliku BEDGraph dla połączonych wyników.
Używaj macs2_cmbreps online, korzystając z usług onworks.net
