Jest to polecenie macs2_refinepeak, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
macs2_refinepeak — analiza oparta na modelu dla sekwencjonowania ChIP
OPIS
użycie: macs2finepeak [-h] -b PLIK ŁÓŻKOWY -i JEŚLI PLIK [JEŻELI PLIK ...]
[-f {AUTO, BAM, SAM, ŁÓŻKO, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, MUSZA}]
[-c CUTOFF] [-w ROZMIAR OKNA] [--verbose VERBOSE] [--outdir ZEWNĘTRZNY] (-o OFILE |
--o-przedrostek OPREFIKS)
fakultatywny argumenty:
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
-b PLIK ŁÓŻKOWY
Akta szczytowe kandydata w formacie BED. WYMAGANY.
-i IFILE [IFILE...], --plik JEŚLI PLIK [JEŻELI PLIK ...]
Plik wyrównania ChIP-seq. Jeśli wiele plików zostanie podanych jako '-t AB C', to będą
wszystko należy czytać i łączyć. Pamiętaj, że dane końca pary nie powinny działać z tym
Komenda. WYMAGANY.
-f {AUTO, BAM, SAM, ŁÓŻKO, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE}, --format
{AUTO,BAM,SAM,ŁÓŻKO,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,MÓWKA}
Format pliku znacznika, „AUTO”, „BED” lub „ELAND” lub „ELANDMULTI” lub „ELANDEXPORT” lub
„SAM”, „BAM” lub „BOWTIE”. Domyślna opcja AUTO pozwoli „macs2 udoskonalić szczyt”
Zdecyduj, jaki format ma plik. Jeśli tak, sprawdź definicję w pliku README
wybierz ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. DOMYŚLNIE: „AUTO”
-c ODCIĄĆ, --odciąć ODCIĄĆ
Odcięcie DOMYŚLNE: 5
-w ROZMIAR OKNA, --rozmiar okna ROZMIAR OKNA
Rozmiar okna skanowania po obu stronach szczytu (domyślnie: 100 bp)
--gadatliwy GADATLIWY
Ustaw poziom szczegółowości. 0: pokaż tylko krytyczny komunikat, 1: pokaż dodatkowe ostrzeżenie
komunikat, 2: pokaż informacje o procesie, 3: pokaż komunikaty debugowania. Jeśli chcesz wiedzieć
gdzie są zduplikowane odczyty, użyj 3. DEFAULT:2
--zewnętrzny ZEWN
Jeśli zostanie określony, wszystkie pliki wyjściowe zostaną zapisane w tym katalogu. Domyślnie:
bieżący katalog roboczy
-o OFILE, --oplik OFILE
Nazwa pliku wyjściowego. Wzajemnie wykluczające się z --o-przedrostek.
--o-przedrostek OPREFIKS
Przedrostek pliku wyjściowego. Wzajemnie wykluczające się z -o/--plik.
Korzystaj z macs2_refinepeak online, korzystając z usług onworks.net
