macsyfinder — Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

macsyfinder - strona podręcznika dla macsyfinder 1.0.2

OPIS

użycie: macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]

[--db-type {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}]
[--replikon-topologia {liniowa,okrągła}] [--plik-topologiiPLIK_TOPOLOGII] [--idx]
[--inter-gen-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--min-obowiązkowe-geny-wymagane MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--min-wymagane-geny MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [--max-nb-geny MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--multi-loci
MULTI_LOCI] [--hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-value-search
E_VALUE_RES] [--i-evalue-select I_EVALUE_SEL] [--profil zasięgu COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-sufiks-wyszukiwania
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-sufiks-wyciągu RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--profile-suffix PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log PLIK_LOGU] [--config
CFG_FILE] [--poprzednie uruchomienie PREVIOUS_RUN] systemy [systemy ...]

MacSyFinder to narzędzie do wykrywania systemów wydzielania białek bakterii diderm
ze zbioru danych dotyczących białek.

pozycyjny argumenty:
systemy
Systemy do wykrycia. Jest to opcja obowiązkowa, nie związana z żadnym słowem kluczowym
To. Aby wykryć wszystkie systemy wydzielania białek i powiązane z nimi przydatki: ustaw na
„wszyscy” (wielkość liter nie ma znaczenia). W przeciwnym razie można określić jeden lub wiele systemów.
Na przykład: „T2SS T4P”.

fakultatywny argumenty:
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź

Wkład zestaw danych opcje:
--sekwencja-db SEKWENCJA_DB
Ścieżka do zbioru danych sekwencji w formacie fasta.

--typ-db {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}
Typ zbioru danych, z którym należy się obchodzić. „unordered_replicon” odpowiada
genom niezłożony, „nieuporządkowany” do zbioru danych metagenomicznych, „ordered_replicon” do
złożony genom i „baza klejnotów” do zestawu replikonów, w których znajdują się identyfikatory sekwencji
postępuj zgodnie z następującą konwencją: „>ReplikonName SequenceID”.

--topologia replikonu {liniowy, okrągły}
Topologia replikonów (ta opcja ma znaczenie tylko wtedy, gdy typ_db to
„ordered_replicon” lub „gembase”.

--plik-topologii TOPOLOGIA_PLIKU
Ścieżka pliku topologii. Plik topologii umożliwia określenie topologii (liniowej lub
round) dla każdej replikony (ta opcja ma znaczenie tylko wtedy, gdy typ_db to
„ordered_replicon” lub „gembase”. Plik topologii jest plikiem tabelarycznym z dwoma
kolumny: pierwsza to nazwa replikonu, a druga odpowiadająca jej topologia:
„Replikona liniowa”

--idx Wymusza zbudowanie indeksów dla zbioru danych sekwencji, nawet jeśli były one wcześniej
obliczone i obecne w lokalizacji zbioru danych (domyślnie = False)

systemy wykrywanie opcje:
--inter-gen-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
Kryterium kolokalizacji: maksymalna liczba komponentów niepasujących do profilu
dozwolone pomiędzy dwoma dopasowanymi komponentami, aby można je było uznać za sąsiadujące. Opcja
ma znaczenie tylko dla „uporządkowanych” zbiorów danych. Pierwsza wartość musi odpowiadać systemowi, czyli
drugie po wielu elementach. Tę opcję można powtórzyć kilka razy:
„-przestrzeń między-genowa-max T2SS 12 --inter-gen-max-space Wić 20"

--min-obowiązkowe-geny-wymagane MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
Minimalna liczba obowiązkowych genów wymaganych do oceny systemu. Pierwszy
wartość musi odpowiadać nazwie systemu, druga wartość liczbie całkowitej. Ta opcja
można powtórzyć kilka razy: „--minmandatory-gens-required T2SS 15
--min-mandatorygenes-required Wić 10"

--min-geny-wymagane MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_REQUIRED
Minimalna liczba genów wymagana do oceny systemu (obejmuje oba
elementy „obowiązkowe” i „dodatkowe”). Pierwsza wartość musi odpowiadać a
nazwa systemu, druga wartość na liczbę całkowitą. Tę opcję można powtórzyć kilka razy
razy: „--min-genesrequired T2SS 15 --min-geny-wymagane Wić 10"

--max-nb-geny MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
Maksymalna liczba genów wymagana do oceny systemu. Pierwsza wartość musi
odpowiadają nazwie systemu, druga wartość jest liczbą całkowitą. Ta opcja może być
powtórzone kilka razy: „--max-nb-genes T2SS 5 --max-nb-geny Wić 10

--multiloci MULTI_LOCI
Zezwalaj na przechowywanie systemów z wieloma loci dla określonych systemów. Systemy są
określona jako lista oddzielona przecinkami (--multiloci sys1, sys2) wartość domyślna to Fałsz

Opcje dla Hmmm egzekucja i odsłon filtracja:
--hmm HMMER_EXE
Droga do programu Hmmer.

--indeks-db INDEX_DB_EXE
Indeksator, który ma być używany dla Hmmer. Wartością może być „makeblastdb” lub
„formatdb” lub ścieżka do jednego z tych plików binarnych (domyślnie = makeblastb)

--e-wartość-wyszukiwanie E_VALUE_RES
Maksymalna wartość e trafień zgłaszanych podczas wyszukiwania Hmmera. (domyślnie = 1)

--i-evalue-select I_EVALUE_SEL
Maksymalna niezależna wartość e dla trafień Hmmera, która ma zostać wybrana do wykrywania systemu.
(domyślnie = 0.001)

--profil-pokrycia COVERAGE_PROFIL
Minimalne pokrycie profilu wymagane w wyrównaniu trafień, aby umożliwić wybór trafień
do wykrywania systemu. (domyślnie = 0.5)

ścieżka opcje:
-d DEF_DIR, --pok DEF_DIR
Ścieżka do plików definicji systemów.

-o OUT_DIR, --out-reż OUT_DIR
Ścieżka do katalogu, w którym przechowywane są wyniki. jeśli określono katalog zewnętrzny res-search-dir
zostaną zignorowane.

-r RES_SEARCH_DIR, --res-search-dir RES_SEARCH_DIR
Ścieżka do katalogu, w którym mają być przechowywane katalogi wyników wyszukiwania MacSyFinder
(domyślny bieżący katalog roboczy).

--res-sufiks-wyszukiwania RES_SEARCH_SUFFIX
Przyrostek nadawany surowym plikom wyjściowym Hmmera.

--res-extract-suffix RES_EXTRACT_SUFFIX
Przyrostek nadawany plikom wyjściowym filtrowanych trafień.

-p KATALOG_PROFILU, --profil-dir KATALOG_PROFILU
Ścieżka do katalogu profili.

--sufiks-profilu PROFILE_SUFFIX
Przyrostek plików profilu. Dla każdego elementu „Gene” odpowiada profil
przeszukiwane w „katalog_profilu”, w pliku, którego nazwa jest oparta na nazwie Gene +
przyrostek profilu. Na przykład, jeśli gen ma nazwę „gspG”, a przyrostek to
'.hmm3', to profil należy umieścić we wskazanym miejscu i nadać mu nazwę
„gspG.hmm3”

Ogólne opcje:
-w PRACOWNIK_NB, --pracownik PRACOWNIK_NB
Liczba procesów roboczych używanych przez MacSyFinder. W przypadku, gdy użytkownik chce uruchomić
MacSyFinder w trybie wielowątkowym. (0 oznacza, że ​​będą używane wszystkie rdzenie, domyślnie 1)

-v, --gadatliwość
Zwiększa poziom szczegółowości. Dostępne są 4 poziomy: Komunikaty o błędach (domyślne),
Ostrzeżenie (-v), Informacje (-w) i debugowanie.(-vvv)

--Dziennik PLIK DZIENNIKA
Ścieżka do katalogu, w którym ma być przechowywany plik dziennika „macsyfinder.log”.

--konfig PLIK_KFG
Ścieżka do przypuszczalnego pliku konfiguracyjnego MacSyFinder, który ma zostać użyty.

--poprzedni bieg POPRZEDNI_URUCHOM
Ścieżka do poprzedniego katalogu uruchomieniowego MacSyFinder. Pozwala pominąć Hmmera
krok wyszukiwania w tym samym zestawie danych, ponieważ wykorzystuje wyniki poprzednich przebiegów, a tym samym parametry
dotyczące wykrywania Hmmera. Plik konfiguracyjny z poprzedniego uruchomienia będzie
używany. (konflikt z opcjami --konfig, --sekwencja-db, --sufiks-profilu,
--reextract-sufiks, --e-wartość-res, --typ-db, --hmm)

Aby uzyskać więcej informacji, odwiedź witrynę MacSyFinder i zapoznaj się z dokumentacją MacSyFinder.

Korzystaj z macsyfinder online, korzystając z usług onworks.net