To jest polecenie msconvert, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
msconvert — Konwertuj formaty plików danych spektrometrii masowej.
STRESZCZENIE
msconvert [opcje] [maski plików]
OPIS
Ta strona podręcznika opisuje pokrótce msconvert oprogramowanie dostarczane w ciągu libpwiz-narzędzia
pakiet. Ten program umożliwia konwersję plików danych spektrometrii masowej z jednego formatu
do innego. Ponieważ ta wersja jest zbudowana na platformie Free Software Debian, tylko
można przeprowadzać konwersje obejmujące Wolne Oprogramowanie [to znaczy *nie* obejmujące własnościowe
Biblioteki dynamicznego łączenia (dll) oparte na systemie Microsoft Windows].
OPCJE
-v | --gadatliwy
Wyświetl szczegółowe informacje o postępie przetwarzania.
--help Pokaż tę wiadomość z dodatkowymi szczegółami na temat opcji filtrowania.
-f | --lista plików filename
Wykorzystuje zawartość filename który zawiera listę nazw plików.
-o | --zewnętrzny reż
Ustaw katalog wyjściowy ('-' dla stdout) na reż. Domyślnie wyjście
katalog to '.' (czyli bieżący katalog roboczy).
-c | --konfig filename
Ustaw plik konfiguracyjny na filename.
--plik wyjściowy filename
Zastąp nazwę pliku wyjściowego.
-e | --wewn ext
Ustaw rozszerzenie plików wyjściowych na ext. Może być mzML lub mzXML lub mgf lub
tekst.
--mzML Zapis mzML format (domyślny).
--mzXML Zapis mzXML Format.
--mgf Zapis mgf Ogólny format maskotki.
--text Zapis wewnętrzny ProteoWizard XNUMX Format.
--ms1 Zapis MS1 Format.
--cms1 Napisz CMS1 Format.
--ms2 Zapis MS2 Format.
--cms2 Napisz CMS2 Format.
--64 Ustawia domyślne kodowanie binarne na 64-bitową precyzję (domyślnie).
--32 Ustawia domyślne kodowanie binarne na 32-bitową precyzję.
--mz64 Koduje wartości m/z z 64-bitową precyzją (domyślnie).
--mz32 Koduje wartości m/z z 32-bitową precyzją.
--inten64 Koduje wartości intensywności z 64-bitową precyzją.
--inten32 Koduje wartości intensywności z 32-bitową precyzją (domyślnie).
--noindex Nie zapisuje indeksu.
-i | --informacje kontaktowe filename
Zastosowanie filename aby uzyskać informacje kontaktowe.
-z | --zlib
Użyj kompresji zlib dla danych binarnych.
-g | --gzip
gzip cały plik wyjściowy (dodaje .gz do nazwy pliku).
--filtr arg
Dodaj filtr listy widma.
--merge Tworzy pojedynczy plik wyjściowy z wielu plików wejściowych przez scalenie poziomu plików
metadane i łączenie list widm.
--simAsSpectra
Zapisz wybrane monitorowanie jonów jako widma, a nie chromatogramy.
--srmAsSpectra
Zapisz wybrane monitorowanie reakcji jako widma, a nie chromatogramy.
PRZYKŁADY
Konwertuj data.RAW na data.mzXML
msconvert dane.RAW --mzXML
Umieść plik wyjściowy w my_output_dir
msconvert dane.RAW -o mój_katalog_wyjściowy
Wyodrębnij indeksy skanowania 5...10 i 20...25
msconvert dane.RAW --filtr "indeks [5,10] [20,25] „
Wyodrębnij tylko skany MS1
msconvert dane.RAW --filtr „msLevel 1"
Wyodrębnij skany MSn dla n>1
msconvert dane.RAW --filtr „msLevel 2- "
Użyj pliku konfiguracyjnego
msconvert dane.RAW -c plik konfiguracyjny.txt
POWRÓT WARTOŚĆ
Liczba nieudanych plików.
Korzystaj z msconvert online za pomocą usług onworks.net
