norsnet — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

norsnet - identyfikuje nieustrukturyzowane pętle z sekwencji

STRESZCZENIE

Norsnet

OPIS

NORSnet to metoda oparta na sieci neuronowej, która koncentruje się na identyfikacji
niestrukturalne pętle.

NORSnet został przeszkolony w rozróżnianiu bardzo długich ciągłych segmentów od nieregularnych
struktura drugorzędowa (regiony NORS) i dobrze sfałdowane białka. NORSnet był szkolony
przewidywanych informacji, a nie danych eksperymentalnych. Dlatego został zoptymalizowany pod kątem a
dużych zbiorów danych, które nie są obciążone dzisiejszymi eksperymentalnymi sposobami wychwytywania zaburzeń. Zatem,
NORSnet dotarł do regionów w przestrzeni sekwencji, które nie są objęte specjalizacją
predyktory zaburzeń. Wadą tego podejścia jest to, że nie jest ono optymalne dla
identyfikacja „przeciętnego” obszaru nieuporządkowanego.

Konwersja of PSI-BLAST wyrównanie do HSSP format
Najbardziej aktualną procedurę można znaleźć pod adresem
.

1. Konwertuj dane wyjściowe BLAST na format pojedynczego wyrównania (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= max Ali=3000 eSaf=1 \
bezpieczny =

2. Konwertuj format SAF na HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=bezpieczny formatOut=hssp \
plikOut= exeConvertSeq=konwersja_sekw

3. Filtruj wyniki do 80% redundancji:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl red=80 plikOut=

Wydajność format
Wydajność tryb 1

Wyjście tabelaryczne, kolumny:

pozycja aminokwasu (1..)
res 1-literowy kod pozostałości
wyjście node1 węzła sieci neuronowej 1
wyjście node2 węzła sieci neuronowej 2
pred węzeł1 / ( węzeł1 + węzeł2 )
n40 pred < 0.40? '-' : 'N'
n40fil co najmniej 31 AA długich odcinków „N” w n40
n59 pred < 0.59? '-' : 'N'
n59fil co najmniej 31 AA długich odcinków „N” w n59

„N” oznacza nieregularną strukturę drugorzędową.

LITERATURA

Schlessinger, A., Liu, J. i Rost, B. (2007). Natywnie nieustrukturyzowane pętle różnią się od
inne pętle. PLoS Comput Biol, 3(7), e140.

OPCJE

FASTA_PLIK
Plik zawierający sekwencję aminokwasów białka w formacie fasta.

RDBPROF_PLIK
Struktura drugorzędowa i przewidywanie dostępności rozpuszczalnika przez PROF w formacie rdb.

PLIK_HSSP
Plik profilu wyrównania PSI-BLAST przekonwertowany do formatu HSSP.

PLIK WYJŚCIOWY
Nazwa ostatecznego pliku wyjściowego NORSnet.

PROFBVAL_FILE
Przewidywanie reszt elastycznych/sztywnych wg profbval(1) w formacie rdb (tryb 5).

TRYB_WYJŚCIA
NORSnet może tworzyć pliki wyjściowe w różnych formatach do różnych celów. Ważny
tryby to `1', `2' lub `3'. Tryb domyślny: 1.

- Tryb domyślny. Użyj tego, jeśli nie chcesz tutaj podawać wartości, ale chcesz
sprecyzować debug.

1 dla metazaburzenie(1)

DEBUG
Ustaw na 1 dla komunikatów debugowania

WYDAJNOŚĆ

liczba -
numer pozostałości

pozostałość -
rodzaj pozostałości

surowy -
surowa wartość różnicy między dwoma węzłami wyjściowymi

PRZYKŁADY

norsnet /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23.f /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23-fil.rdbProf /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23-fil.hssp cad23.norsnet cad23 /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23.profbval

ŚRODOWISKO

NORSNET_ROOT
Zastępuje /usr/share/norsnet, ścieżkę do skryptów pomocniczych i plików danych.

Korzystaj z norsnet online, korzystając z usług onworks.net