odinreco - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

odinreco - Automatyczna rekonstrukcja sekwencji ODIN

STRESZCZENIE

odinreco [ Opcje ] -r

OPIS

odinreco: Automatyczna rekonstrukcja sekwencji ODIN

odinreco zapewnia ogólną rekonstrukcję sekwencji obrazowania (spin-warp,
EPI, RZADKO, ...). Pobiera informacje o pozyskanym sygnale z
plik 'recoInfo', który jest przechowywany na dysku wraz z surowymi danymi. RecoInfo
plik zawiera informacje o pozycji k-space każdego okna akwizycji
(ADC). Jako dane wyjściowe odinreco generuje kilka plików o różnych formatach obrazu
(w zależności od opcji) -f oraz biblioteki innych firm dostępne dla ODIN). Nazwa pliku
każdego pliku zaczyna się od podanego przedrostka wyjściowego.

OPCJE

-bcw: Ważenie korelacji wszystkich ostrzy w stosunku do średniej wszystkich ostrzy (w przestrzeni obrazu)

- chłopak: Funkcja filtrowania dla korekcji fazy ostrza (opcje=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , domyślnie = NoFilter)

-bfw: Szerokość funkcji filtra używanej do korekcji fazy ostrza. [0.0 (0%) ... 1.0
(100%) szerokości ostrza; -10 (100%) ... 0.0 (0%) szerokości środka] (domyślnie=1.0)

-bkf: Funkcja filtra dziurki od klucza (i jej argumenty) (opcje=Trójkąt Gaussa NoFilter
Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , domyślnie = CosSq)

-bkt: Szerokość przejścia między ostrzem a dziurką od klucza (ułamek nadpróbkowanego środka przestrzeni k)
(domyślnie=0.20)

-bwf: Funkcja Window/Filter do ważenia kspace każdego ostrza (opcje=Gauss NoFilter
Trójkąt Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , domyślnie = Trójkąt)

-bww: Szerokość okna/filtra dla wagi kspace każdego bloku (domyślnie=1.0)

-cp: Użyj bezpośredniej transformacji Fouriera z korekcją sprzężonej fazy zamiast siatki

-dce: TE używane do obliczeń dryfu pola, jeśli niezerowe [ms] (domyślnie=0.0ms)

-DC: Ciąg wyboru indeksu w recepturze używany do korekcji dryftu (oddzielona spacjami lista
'dim=wybór', np. te=2)

-dcw: Przechowuj dryf pola do pliku z tym prefiksem

-dd: Wyłącz korekcję dryfu pola

-df: Format wyjściowy (rozszerzenie pliku) plików zrzutu (domyślnie=nii)

-dg: Wyłącz interpolację GRAPPA

-dh: Wyłącz rekonstrukcję homodynową

-dm: Wyłącz wieloczęstotliwościową rekonstrukcję opartą na mapie pola

-dp: Prefiks plików zrzutu (domyślnie=./dump)

- ds: Wyłącz korekcję czasu cięcia

-on: Poziom w stosunku do średniej wartości pierwszego echa dla ustawienia maski dopasowania zaniku wykładniczego
(domyślnie=0.50)

-f: Lista formatów wyjściowych oddzielona spacjami (rozszerzenia plików), możliwe formaty to „3db”
analizować asc coi dat dcm double float gz hdr idx interfile ima jdx mag mhd nii ph
png pos pro reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit ' (domyślnie=nii)

-ff: funkcja filtru w przestrzeni k (i jej argumenty) (opcje=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , domyślnie = NoFilter)

-fm: Załaduj dane mapy pola z tego pliku

-fp: Filtruj szerokość plateau (0=brak plateau, 1=pełne plateau) (domyślnie=0.0)

-gd: Ułamek punktów k-psace do odrzucenia w liniach autokalibracji z powodu wysokiego
reszty (domyślnie=0.0)

-gp: Liczba sąsiednich zmierzonych linii w przestrzeni k użytych do interpolacji GRAPPA
(domyślnie=2)

-gr: Liczba sąsiadów w kierunku odczytu używana do interpolacji GRAPPA (domyślnie=5)

-gs: Współczynnik skali dla siatki użytej do tworzenia siatki (domyślnie=1.0)

-GT: Przechowuj obrazy szablonów GRAPPA

-IP: Argumenty wiersza poleceń do dodatkowego przetwarzania obrazów końcowych (domyślnie=brak)

-j: Liczba jednoczesnych zadań (wątków) w reco (domyślnie=24)

-kg1d: Funkcja jądra dla siatki 1D w przestrzeni k (opcje=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , domyślnie = Gauss (0.36169))

-kg2d: Funkcja jądra dla siatki 2D w przestrzeni k (opcje=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , domyślnie = Gauss (0.36169))

-kh: Rekonstrukcja dziurki od klucza, np. dla PROPELLER

- ks: Przechowuj dane w przestrzeni k

-kw1d: Szerokość jądra dla siatki 1D w przestrzeni k [Pixel] (domyślnie=4.24264Pixel)

-kw2d: Szerokość jądra dla siatki 2D w przestrzeni k [Pixel] (domyślnie=3.0Pixel)

-mf: Maksymalna liczba częstotliwości do rekonstrukcji wieloczęstotliwościowej (domyślnie=256)

-min: W projekcji o maksymalnej intensywności w oknie przesuwnym użyj tej liczby sąsiadów w każdym
kierunek (domyślnie=4)

-Pan: Maksymalna rekurencja rekonstrukcji podczas oczekiwania na dane tablicy, zero oznacza nie
rekursja (domyślnie=100)

-o: Prefiks plików wyjściowych (domyślnie=./image)

-pc: Połącz fazę kanałów za pomocą korekcji fazy

-pe: Wykładnik ważenia wielkości podczas obliczania połączonej fazy wszystkich kanałów
(domyślnie=0.0)

-pf: Nazwa pliku FIFO (nazwanego potoku) do uzyskania surowych danych z

-Muzyka pop: Przepis na przetwarzanie końcowe objętości 3D po połączeniu kanałów (domyślnie=null)

-przyp: Przepis na przetwarzanie końcowe objętości 3D przed połączeniem kanałów (domyślnie=null)

-pkt: Połącz i zapisz przebieg czasowy fazy ze wszystkich kanałów

-pz: Uzupełnij brakujące surowe dane (przerwanego pomiaru) z zerami

-qs: Kontrola jakości: Sprawdź, czy w danych nie występują skoki

-r & D: Zrzuć dane sygnału i jego protokół do plików z tym prefiksem, nie rekonstruuj
zdjęcia

-rf: Przeczytaj przepis na reco (układ potoku) z tego pliku

-rp: Reco Recipe (układ potoku)

-s: Wybierz określone zakresy wymiarów (oddzielona spacjami lista 'dim=select', np.
plasterek=3)

-sc: Przechowuj obrazy z kanałów osobno zamiast je łączyć

-sp: Faza przechowywania oprócz wielkości

-południowy zachód: Rekonstrukcja okna przesuwnego, np. dla Spiral/PROPELLER

-t1f: Użyj tego typu dopasowania T1, może to być „proste”, „wielkość” (domyślnie = proste)

-t1l: Poziom względem średniej wartości pierwszego echa dla ustawienia maski dopasowania T1 (domyślnie=0.50)

-t1m: Górna granica dopasowania T1 [ms] (domyślnie=3000.0ms)

-do: Limit czasu na reco w sekundach, 0=nieskończony (domyślnie=0)

-Type: Typ reprezentacji obrazu (opcje=automatic float double s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit , domyślnie=automatyczne)

-wdialekt: Napisz dane używając podanego dialektu formatu. (domyślnie brak dialektu)

-wp: Zapisz protokół oddzielnie w tym pliku.

-z p: Minimalny rozmiar końcowego obrazu w kierunku fazowym uzyskany z wypełnieniem zerowym (domyślnie=0)

-zr: Minimalny rozmiar końcowego obrazu w kierunku odczytu uzyskano wypełnienie zerowe (domyślnie=0)

-z: Minimalny rozmiar końcowego obrazu w kierunku plasterka z wypełnieniem zerowym (domyślnie=0)

-v lub do debugowania/śledzenia wszystkich komponentów lub pojedynczego
odpowiednio. Możliwe wartości loglevel to: 0(noLog), 1(errorLog),
2 (dziennik ostrzeżeń), 3 (dziennik informacji).

-h, --help, -Pomoc, --wersja : Wydrukuj tekst pomocy lub informacje o wersji

Korzystaj z odinreco online za pomocą usług onworks.net