To jest polecenie pls2fasta, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
pls2fasta - konwertuj pliki plx.h5/bax.h5/fofn na pliki fasta lub fastq
STRESZCZENIE
proszę2fasta w.bax.h5 out.fasta [Opcje]
OPIS
Chociaż pliki fasta są dostarczane przy każdym uruchomieniu, nie są one przycinane ani dzielone na
pododczyty. Ten program pobiera dodatkowe informacje o adnotacjach, takie jak odczyt podrzędny
współrzędne i regiony wysokiej jakości, a także wykorzystuje je do tworzenia sekwencji fasta, które są
podciągi wszystkich baz tzw. W większości przypadków będziesz chciał przycinać odczyty niskiej jakości,
więc powinieneś określić -przytnij według regionu.
OPCJE
w.bax.h5
Wprowadź plik plx.h5/bax.h5/fofn.
out.fasta
Wyprowadź plik fasta/fastq.
-przytnij według regionu
Odetnij regiony o niskiej jakości.
-maskaByRegion
Maskuj regiony niskiej jakości za pomocą „N”.
-regionTabela wartość
Opcjonalny plik HDF z /PulseData/Regiony zestaw danych.
-min Długość pododczytu wartość
Nie zapisuj pododczytów krótszych niż określona długość.
-noSplitSubreads
Nie dziel odczytów na sekwencje adaptera.
-numer_otworu
Wydrukuj tylko ten numer otworu (lub listę numerów).
-szybko Drukuj w formacie FASTQ z jakością.
-ccs Wydrukuj de novo okrężne sekwencje konsensusu (ccs)
-lineDługość wartość
Określ długość linii fasta/fastq
-minWynik odczytu wartość
Minimalny wynik odczytu do wydrukowania odczytu. Wynik to liczba z zakresu od 0 do 1000 i
reprezentuje oczekiwany procent dokładności * 10. Typowa wartość byłaby między
750 i 800. Nie dotyczy to odczytów CCS.
-Najlepsza Jeśli istnieje sekwencja CCS, wypisz ją. W przeciwnym razie wydrukuj najdłuższy podczytany. Ten
nie obsługuje fastq.
Korzystaj z pls2fasta online za pomocą usług onworks.net
