To jest polecenie Prettyplote, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
Prettyplot — Narysuj wyrównanie sekwencji przy użyciu ładnego formatowania
STRESZCZENIE
ładna fabuła -sekwencje sekwencja [-plik matrix matryca] [-resztkowa sperlina liczba całkowita]
[-ponowna przerwa liczba całkowita] [-kolory boolean] [-tożsamość ciąg]
[-podobieństwo ciąg] [-kolejny ciąg] [-dokolor boolean] [-cień ciąg]
[-para szyk] [-tożsamość liczba całkowita] [-pudełko boolean] [-pudełkokol boolean]
[-pudełko ciąg] [-Nazwa boolean] [-maxnamelen liczba całkowita] [-numer boolean]
[-listoprzystanki boolean] [-mnogość unosić się] [-zgoda boolean]
[-kolizja boolean] [-alternatywny podstęp] [-wynik pokazowy liczba całkowita]
[-portret boolean] -wykres wykres
ładna fabuła -Pomoc
OPIS
ładna fabuła to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest częścią grupy poleceń „Alignment:Multiple,Display”.
OPCJE
Wkład Sekcja
-sekwencje sekwencja
-plik matrix matryca
Jest to plik macierzy punktacji używany podczas porównywania sekwencji. Domyślnie jest to
plik „EBLOSUM62” (dla białek) lub plik „EDNAFULL” (dla sekwencji nukleinowych). Te
pliki znajdują się w katalogu 'data' instalacji EMBOSS.
Dodatkowy Sekcja
-resztkowa sperlina liczba całkowita
Liczba reszt wyświetlana w każdym wierszu Wartość domyślna: 50
-ponowna przerwa liczba całkowita
Wartość domyślna: $(residuesperline)
-kolory boolean
Wartość domyślna: Y
-tożsamość ciąg
Wartość domyślna: CZERWONY
-podobieństwo ciąg
Wartość domyślna: ZIELONY
-kolejny ciąg
Wartość domyślna: CZARNY
-dokolor boolean
Wartość domyślna: N
-cień ciąg
Ustaw na BPLW dla normalnego cieniowania (czarny, blady, jasny, biały), więc dla pary = 1.5,1.0,0.5
i odcień = BPLW Wynik pozostałości Kolor 1.5 lub więcej... CZARNY (B) 1.0 do 1.5 ... BRĄZOWY
(P) 0.5 do 1.0 ... PSZENICA (L) poniżej 0.5 .... BIAŁY (W) Dozwolone są tylko cztery litery
są BPLW, w dowolnej kolejności.
-para szyk
Wartość domyślna: 1.5,1.0,0.5
-tożsamość liczba całkowita
-pudełko boolean
Wartość domyślna: Y
-pudełkokol boolean
Wartość domyślna: N
-pudełko ciąg
Wartość domyślna: SZARY
-Nazwa boolean
Wartość domyślna: Y
-maxnamelen liczba całkowita
Wartość domyślna: 10
-numer boolean
Wartość domyślna: Y
-listoprzystanki boolean
Wartość domyślna: Y
-mnogość unosić się
Wartość domyślna: @( $(sequences.totweight) / 2)
Zgoda Sekcja
-zgoda boolean
Wartość domyślna: N
-kolizja boolean
Wartość domyślna: Y
-alternatywny podstęp
Wartości wynoszą 0: Normalna kontrola kolizji. (domyślnie) 1:Porównuje identyczne wyniki z
Znaleziono maksymalny wynik. Jeśli więc jakakolwiek inna reszta ma identyczny wynik, oznacza to kolizję
Wystąpił. 2: Jeśli inna reszta ma wynik większy lub równy i
nie są one zgodne, oznacza to, że doszło do kolizji. 3: Sprawdza wszystkie, których nie ma w
aktualny konsensus. Jeśli którykolwiek z nich daje najwyższy wynik za dopasowanie lub identyczne wyniki
wtedy doszło do kolizji.
-wynik pokazowy liczba całkowita
Wartość domyślna: -1
-portret boolean
Wartość domyślna: N
Wydajność Sekcja
-wykres wykres
Korzystaj z Prettyplote online, korzystając z usług onworks.net
