progresywnyMauve - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

progresywnyMauve - wydajne konstruowanie wielu dopasowań genomu

OPIS

użycie progresywnego Mauve:

Gdy każdy genom znajduje się w osobnym pliku: progresywnyMauve [opcje]
...

Gdy wszystkie genomy znajdują się w jednym pliku: ProgressiveMauve [opcje]

OPCJE

--island-gap-size=Uważa się, że luki w dopasowaniu powyżej tej wielkości w nukleotydach
być wyspami [20]

--profil=(Jeszcze nie zaimplementowane) Odczytaj istniejące dopasowanie sekwencji w formacie XMFA
i dopasuj go do innych sekwencji lub dopasowań

--apply-backbone=Przeczytaj istniejące dopasowanie sekwencji w formacie XMFA i zastosuj
podstawowe statystyki dla niego

--wyłącz-szkielet Wyłącz wykrywanie szkieletu

--mamy Znajdź tylko MUM, nie próbuj określać lokalnie współliniowych bloków (LCB)

--waga-nasiona=Do obliczenia początkowych zakotwień użyj podanej masy nasion

--wyjście=Nazwa pliku wyjściowego.
Domyślnie drukuje na ekranie

--backbone-wyjście=Nazwa pliku wyjściowego szkieletu (opcjonalnie).

--match-input=Użyj określonego pliku dopasowania zamiast wyszukiwania dopasowań

--input-id-matrix=Macierz tożsamości opisująca podobieństwo pomiędzy wszystkimi parami danych wejściowych
sekwencje/ustawienia

--maksymalna-długość-nakładki-odstępu=Maksymalna liczba par zasad do wyrównania z
wyrównywacz z przerwami

--input-guide-tree=Drzewo przewodników filogenetycznych w formacie NEWICK, które opisuje
kolejność, w jakiej sekwencje będą ułożone

--output-guide-drzewo=Zapisz drzewo prowadzące używane do wyrównania do pliku

--wersja Wyświetl informacje o wersji oprogramowania

--odpluskwić Uruchom w trybie debugowania (przeprowadź wewnętrzną kontrolę spójności — bardzo wolno)

--scratch-path-1=Wyznacz ścieżkę, która może zostać wykorzystana do tymczasowego przechowywania danych.
Należy określić dwie lub więcej ścieżek.

--scratch-path-2=Wyznacz ścieżkę, która może zostać wykorzystana do tymczasowego przechowywania danych.
Należy określić dwie lub więcej ścieżek.

--współliniowe Załóżmy, że sekwencje wejściowe są współliniowe — nie mają przegrupowań

--schemat punktacji=Wybiera funkcję punktacji zakotwiczenia.
Wartość domyślna to istniejąca suma par (sp).

--bez skalowania wagi Nie skaluj wag LCB według odległości zachowania i punktu przerwania
dystans

--max-breakpoint-odległość-skala=Ustaw maksymalne skalowanie wagi wg
odległość punktu przerwania.
Domyślnie 0.5

--skala-odległości ochrony=Skaluj odległości ochronne o tę wartość.
Domyślnie 0.5

--muscle-args=Dodatkowe opcje wiersza poleceń dla MUSCLE.
Wszelkie cudzysłowy należy poprzedzać ukośnikiem odwrotnym

--pomiń udoskonalanie Nie wykonuj iteracyjnego udoskonalania

--pomiń-wyrównanie-przerw Nie wykonuj wyrównania z przerwami

--bp-odległość-szacowany-min-score=Minimalny wynik LCB do oszacowania punktu przerwania w parach
dystans

--mem-czysty Ustaw tę opcję na true podczas debugowania alokacji pamięci

--gap-open=Kara za otwartą przerwę

--repeat-kara=Ustawia, czy wyniki powtórzeń mają być ujemne, czy zerowe
dla bardzo powtarzalnych sekwencji.
Wartość domyślna jest ujemna.

--gap-extend=Kara za przedłużenie przerwy

--macierz-podstawiania=Macierz podstawień nukleotydów w formacie NCBI

--waga=Minimalny wynik LCB dla par

--min-skalana-kara=Minimalna kara za punkt przerwania po przeskalowaniu kary o
oczekiwana rozbieżność

--hmm-p-go-homologiczny=Prawdopodobieństwo przejścia od niepowiązanego do
stan homologiczny [0.00001]

--hmm-p-go-niepowiązane=Prawdopodobieństwo przejścia od homologicznego do
stan niepowiązany [0.000000001]

--hmm-tożsamość=Oczekiwany poziom identyczności sekwencji pomiędzy parami sekwencji,
w zakresie od 0 do 1 [0.7]

--rodzina nasion Aby poprawić czułość, użyj rodziny rozmieszczonych w odstępach nasion

--nasiona stałe Używaj stałych nasion. Nie zezwalaj na zmiany w meczach kotwicznych.

--nasiona kodowania Użyj nasion wzorca kodowania. Przydatne do generowania pasujących regionów kodujących
Degeneracja pozycji trzeciego kodonu.

--Wyłącz pamięć podręczną Wyłącz buforowanie rekurencyjnego wyszukiwania kotwic, aby obejść błąd powodujący awarię

--bez rekurencji Wyłącz rekurencyjne wyszukiwanie kotwic

PRZYKŁADY

progresywnyMauve --output=my_seqs.xmfa my_genome1.gbk my_genome2.gbk my_genome3.fasta

Jeśli genomy znajdują się w jednym pliku i nie mają żadnej rearanżacji: progresywnyMauve --collinear
--output=moje_seqs.xmfa moje_genomy.fasta

Korzystaj z progresywnego Mauve online, korzystając z usług onworks.net