Jest to polecenie PyroNoise, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
AmpliconNoise — usuń szum z danych sekwencji nukleotydów o wysokiej przepustowości
WERSJA
Ta dokumentacja odnosi się do wersji 1.22
STRESZCZENIE
See /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz aby dowiedzieć się, jak biegać.
OPIS
Dołączone są następujące narzędzia. Większość z nich ma odpowiednik MPI, na przykład
SeqNoise ma odpowiednik SeqNoiseM, który może być używany z mpirunem.
FastaUnikalny - deplikuje plik fasta
-w ciągu nazwa pliku wejściowego
Opcje:
FKluster
-w nazwie pliku wejściowego odległości w ciągu znaków
-out string plik wyjściowy stub
Opcje:
-r rozdzielczość
- przeciętne połączenie
-w używaj ciężarków
-czytam identyfikatory
-s skala odleg.
NDist - parami macierz odległości sekwencji Needlemana-Wunscha z pliku fasta
-w ciągu nazwa pliku fata
Opcje:
-i identyfikatory wyjściowe
Perseus - zabija potwory
-sin string nazwa pliku seq
Opcje:
-plik sekwencji referencyjnej łańcucha cynowego
-a wyjścia wyrównania
-d użyj braku równowagi
-rin nazwa pliku wyszukiwania ciągów
PyroOdległ - macierz odległości parami z flowgramów
-w nazwie pliku przepływu łańcucha
-out stub wypisuje kod pliku
Opcje:
-ni brak indeksu w pliku danych
-rin nazwa pliku wyszukiwania ciągów
PyroNoise - klastry flowgramy bez wyrównań
-din nazwa pliku przepływu łańcucha
-out string nazwa pliku wejściowego klastra
-lin plik z listą ciągów
Opcje:
-v gadatliwy
-c podwójne początkowe odcięcie
-ni brak indeksu w pliku danych
-s podwójna precyzja
-rin nazwa pliku wyszukiwania pliku
Rozkł - macierz odległości parami z pliku fasta
-w ciągu nazwy pliku fasta
Opcje:
-i identyfikatory wyjściowe
-rin nazwa pliku wyszukiwania ciągów
SeqNoise - sekwencje klastrów
-w nazwie pliku sekwencji ciągów
-nazwa pliku macierzy odległości din string
-out string nazwa pliku wejściowego klastra
-lin plik z listą ciągów
Opcje:
-min plik mapowania
-v gadatliwy
-c podwójne początkowe odcięcie
-s podwójna precyzja
-rin nazwa pliku wyszukiwania ciągów
SplitClusterEven
-din ciąg dat nazwa pliku
-min string nazwa pliku mapy
-nazwa pliku drzewa ciągów tin
-s podzielony rozmiar
-m min rozmiar
Korzystaj z PyroNoise online, korzystając z usług onworks.net
