rasmol-gtk - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

rasmol - Narzędzie do wizualizacji grafiki molekularnej v2.7.5

STRESZCZENIE

rasmol [-nodiplay] [[-format ] filename] [-scenariusz plik skryptu]

FORMATY

-pdb Bank danych białka
-mdl Format pliku MOL MDL
-mol2 Format Sybyl MOL2 firmy Tripos
-xyz Format XYZ (XMol) firmy MSC
-mopac Format pliku wejściowego lub wyjściowego MOPAC
-alchemia Format pliku Alchemy
-urok Format pliku CHARM
-cif Format pliku IUCr CIF lub CIF

UWAGI

To oprogramowanie zostało stworzone z kilku źródeł. Duża część kodu pochodzi z RasMol 2.6,
stworzony przez Rogera Sayle’a. Kod kąta skrętu, nowy kod POVRAY3 i inne funkcje
pochodzą z wersji RasMol2.6x1 autorstwa Arne Muellera. Fabuła drukarki Ramachandran
kod pochodzi z fisipl stworzonego przez Frances C. Bernstein. Zobacz Bank danych o białkach
taśma programowa.

Kod wyświetlający wiele cząsteczek i umożliwiający rotację wiązań został w dużej mierze wyprowadzony
z modów UCB autorstwa Gary'ego Grossmana i Marco Molinaro, dołączonych za zgodą Eileen
Lewisa z konsorcjum ModularCHEM.

Modyfikacje CIF wykorzystują bibliotekę opartą częściowo na CBFlib autorstwa Paula J. Ellisa i
Herberta J. Bernsteina. Części CBFlib są luźno oparte na pakiecie oprogramowania CIFPARSE
z NDB na uniwersytecie Rutgers. Proszę wpisać polecenia RasMol pomoc biurowy, pomoc
generał, pomoc IUCR, pomoc CBFlib,
i pomoc CIFPARSE dla obowiązujących powiadomień. Proszę wpisać pomoc prawo autorskie za prawa autorskie
uwagi. Jeśli używasz RasMol V2.6 lub wcześniejszej wersji, wpisz polecenie RasMol pomoc
stara uwaga.

KOPIOWANIE

Ta wersja jest oparta bezpośrednio na wersji RasMol 2.7.4.2, na wersji RasMol 2.7.4.2, na
RasMol wersja 2.7.4, na RasMol wersja 2.7.3.1, na RasMol wersja 2.7.3, na RasMol
wersja 2.7.2.1.1, Rasmol wersja 2.7.2, RasMol wersja 2.7.1.1 i RasTop wersja 1.3 oraz
pośrednio na wersjach RasMol 2.5-ucb i 2.6-ucb oraz wersji 2.6_CIF.2, RasMol 2.6x1
i RasMol_2.6.4.

RasMol 2.7.5 może być rozpowszechniany na warunkach Powszechnej Licencji Publicznej GNU (
GPL), patrz

http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt

lub plik GPL lub wpisz polecenie pomoc LPG

lub RasMol 2.7.5 mogą być dystrybuowane na licencji RASMOL. Zobacz plik UWAGA lub typ
Komenda pomoc RAŚLICZNY

LPG
Powszechna Licencja Publiczna GNU
Wersja 2, czerwiec 1991

Prawa autorskie (C) 1989, 1991 Fundacja Wolnego Oprogramowania, Inc.
59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA
Każdy może kopiować i rozpowszechniać wierne kopie
niniejszego dokumentu licencyjnego, ale zmiana go jest niedozwolona.

Preambuła

Licencje na większość oprogramowania mają na celu odebranie Ci wolności dzielenia się
i zmień to. Natomiast Powszechna Licencja Publiczna GNU ma na celu
zagwarantuj sobie swobodę dzielenia się i zmiany wolnego oprogramowania — aby upewnić się, że oprogramowanie
jest bezpłatny dla wszystkich użytkowników. Niniejsza Powszechna Licencja Publiczna dotyczy większości Wolnych
oprogramowania Software Foundation oraz wszelkich innych programów, do których zobowiązują się autorzy
Użyj tego. (Niektóre inne oprogramowanie Free Software Foundation objęte jest licencją GNU
Zamiast tego możesz zastosować ją do swoich programów.

Kiedy mówimy o wolnym oprogramowaniu, mamy na myśli wolność, a nie cenę. Nasz
Powszechne licencje publiczne mają na celu zapewnienie wolności
rozpowszechniać kopie wolnego oprogramowania (i pobierać opłaty za tę usługę, jeśli chcesz), że
otrzymasz kod źródłowy lub możesz go zdobyć, jeśli chcesz, abyś mógł go zmienić
oprogramowanie lub wykorzystywać jego fragmenty w nowych, bezpłatnych programach; i że wiesz, że możesz to zrobić
te rzeczy.

Aby chronić Twoje prawa, musimy wprowadzić ograniczenia, które zabraniają komukolwiek odmowy
Ci te prawa lub poprosić Cię o zrzeczenie się tych praw. Te ograniczenia
przekłada się na pewne obowiązki dla Ciebie, jeśli rozpowszechniasz kopie
oprogramowania lub jeśli je zmodyfikujesz.

Na przykład, jeśli rozpowszechniasz kopie takiego programu, bezpłatnie lub za opłatą
opłatę, musisz przyznać odbiorcom wszystkie przysługujące Ci prawa. Musisz się upewnić
aby oni również otrzymali lub mogli otrzymać kod źródłowy. I musisz im to pokazać
warunkach, aby znali swoje prawa.

Chronimy Twoje prawa w dwóch krokach: (1) prawa autorskie do oprogramowania i (2) oferta
otrzymujesz tę licencję, która daje Ci prawne pozwolenie na kopiowanie, rozpowszechnianie i/lub modyfikowanie
oprogramowanie.

Chcemy się o tym upewnić także dla ochrony każdego autora i naszej
wszyscy rozumieją, że na to bezpłatne oprogramowanie nie ma gwarancji. Jeśli
oprogramowanie zostało zmodyfikowane przez kogoś innego i przekazane dalej, chcemy, aby jego odbiorcy o tym wiedzieli
że to co mają nie jest oryginalne, więc wszelkie problemy wprowadzają inni
nie będzie miało wpływu na reputację oryginalnych autorów.

Wreszcie, każdemu wolnemu programowi stale zagrażają patenty na oprogramowanie. Pragniemy
aby uniknąć niebezpieczeństwa, jakie indywidualnie otrzymają redystrybutorzy bezpłatnego programu
licencji patentowych, co w efekcie czyni program zastrzeżonym. Aby temu zapobiec, my
jasno stwierdzili, że każdy patent musi być objęty licencją, aby każdy mógł go swobodnie używać, czy też nie
w ogóle licencjonowane.

Dokładne warunki kopiowania, dystrybucji i modyfikacji
śledzić.

Powszechna Licencja Publiczna GNU
WARUNKI KOPIOWANIA, DYSTRYBUCJI I MODYFIKACJI

0. Niniejsza Licencja ma zastosowanie do każdego programu lub innego dzieła, które zawiera informację
umieszczone przez właściciela praw autorskich z informacją, że mogą być rozpowszechniane zgodnie z niniejszymi warunkami
Powszechna licencja publiczna. Poniższe określenie „Program” odnosi się do każdego takiego programu lub dzieła,
a „dzieło oparte na Programie” oznacza Program lub jakiekolwiek dzieło pochodne
zgodnie z prawem autorskim: to znaczy utwór zawierający Program lub jego część
w wersji dosłownej lub ze zmianami i/lub przetłumaczone na inny język.
(W dalszej części tego terminu tłumaczenie obejmuje się bez ograniczeń
„modyfikacja”.) Do każdego licencjobiorcy zwracamy się per „ty”.

Działania inne niż kopiowanie, dystrybucja i modyfikacja nie są objęte
niniejsza Licencja; są poza jego zakresem. Czynność uruchomienia Programu nie jest
ograniczone, a dane wyjściowe Programu są uwzględniane tylko w przypadku jego zawartości
stanowią utwór oparty na Programie (niezależny od tego, że powstał poprzez uruchomienie
program). To, czy to prawda, zależy od tego, co robi Program.

1. Możesz kopiować i rozpowszechniać wierne kopie kodu źródłowego Programu jako
otrzymasz je na jakimkolwiek nośniku, pod warunkiem, że zrobisz to w sposób widoczny i odpowiedni
opublikować na każdym egzemplarzu odpowiednią informację o prawach autorskich i zrzeczeniu się gwarancji;
zachować w stanie nienaruszonym wszystkie uwagi odnoszące się do niniejszej Licencji oraz o braku jakichkolwiek
Gwarancja; i przekazać innym odbiorcom Programu kopię tej Licencji
z Programem.

Możesz pobrać opłatę za fizyczną czynność przekazania kopii, a możesz to zrobić pod adresem:
Twoja opcja oferuje ochronę gwarancyjną w zamian za opłatę.

2. Możesz w ten sposób modyfikować swoją kopię lub kopie Programu lub dowolnej jego części
tworzenia utworu opartego na Programie oraz kopiowania i rozpowszechniania takich modyfikacji lub
pracować na warunkach określonych w ust. 1 powyżej, pod warunkiem, że spełniasz również wszystkie te warunki
warunki:

a) Musisz sprawić, aby zmodyfikowane pliki zawierały widoczne informacje
stwierdzając, że zmieniłeś pliki i datę ewentualnej zmiany.

b) Musisz spowodować każdą pracę, którą rozpowszechniasz lub publikujesz, w
w całości lub w części zawiera lub wywodzi się z Programu lub jakiegokolwiek
część, która ma być objęta bezpłatną licencją dla wszystkich trzecich
stron na warunkach niniejszej Licencji.

c) Jeśli zmodyfikowany program normalnie czyta polecenia interaktywnie
kiedy biegasz, musisz to spowodować, kiedy zacząłeś biegać dla takich
interaktywne użycie w najbardziej zwyczajny sposób, do drukowania lub wyświetlania pliku
ogłoszenie zawierające odpowiednią informację o prawach autorskich oraz a
Zauważ, że nie ma żadnej gwarancji (lub mówiąc, że jej udzielasz
gwarancja) i że użytkownicy mogą redystrybuować program w ramach
niniejszych warunków i poinformowanie użytkownika, jak wyświetlić ich kopię
Licencja. (Wyjątek: jeśli sam Program jest interaktywny, ale
normalnie nie drukuje takiego ogłoszenia, na podstawie którego pracujesz
Program nie musi drukować ogłoszenia).

Wymagania te dotyczą zmodyfikowanego dzieła jako całości. Jeśli możliwe do zidentyfikowania sekcje
tej pracy nie pochodzą z Programu i można je rozsądnie uwzględnić
niezależnymi i odrębnymi dziełami samymi w sobie, ma to zastosowanie niniejsza Licencja i jej warunki
nie mają zastosowania do tych sekcji, jeśli rozpowszechniasz je jako osobne dzieła. Ale kiedy
rozpowszechniasz te same fragmenty jako część całości będącej utworem opartym na
Programu, dystrybucja całości musi odbywać się na warunkach niniejszej Licencji, której
uprawnienia dla pozostałych licencjobiorców rozciągają się na całość, a tym samym na każdego i
każdą część, niezależnie od tego, kto ją napisał.

Dlatego też celem tej sekcji nie jest dochodzenie praw ani kwestionowanie Twoich praw
do pracy napisanej w całości przez Ciebie; intencją jest raczej skorzystanie z prawa do
kontrolować dystrybucję dzieł pochodnych lub zbiorowych opartych na Programie.

Ponadto samo agregowanie innego dzieła nie opartego na Programie z
Program (lub utwór oparty na Programie) na woluminie pamięci masowej lub
Nośnik dystrybucyjny nie włącza innego utworu w zakres niniejszej Licencji.

3. Możesz kopiować i rozpowszechniać Program (lub dzieło na nim oparte, zgodnie z ust
2) w postaci kodu wynikowego lub pliku wykonywalnego na zasadach określonych w ust. 1 i 2 powyżej
pod warunkiem, że wykonasz także jedną z następujących czynności:

a) Dołącz do niego kompletny plik do odczytu maszynowego
kod źródłowy, który należy rozpowszechniać na warunkach określonych w sekcjach
1 i 2 powyżej na nośniku zwyczajowo używanym do wymiany oprogramowania; lub,

b) Dołącz do niego pisemną ofertę ważną przez co najmniej trzy osoby
lat, aby dać osobie trzeciej za opłatą nie wyższą niż twoja
koszt fizycznej dystrybucji źródła, kompletny
nadająca się do odczytu maszynowego kopia odpowiedniego kodu źródłowego
rozpowszechniane na nośniku na warunkach określonych w sekcjach 1 i 2 powyżej
zwyczajowo używane do wymiany oprogramowania; lub,

c) Dołącz do niego informacje, które otrzymałeś na temat oferty
rozpowszechniać odpowiedni kod źródłowy. (Ta alternatywa to
dozwolone tylko do dystrybucji niekomercyjnej i tylko wtedy, gdy Ty
otrzymał program w kodzie obiektowym lub w postaci wykonywalnej z takimi
oferta, zgodnie z podpunktem b powyżej).

Kod źródłowy utworu oznacza preferowaną formę utworu do wykonania
jego modyfikacje. W przypadku utworu wykonywalnego kompletny kod źródłowy oznacza cały
kod źródłowy wszystkich modułów, które zawiera, plus wszelkie powiązane definicje interfejsu
pliki oraz skrypty używane do kontrolowania kompilacji i instalacji
wykonywalny. Jednakże, w drodze specjalnego wyjątku, rozpowszechniany kod źródłowy nie musi
zawierać wszystko, co jest normalnie dystrybuowane (w formie źródłowej lub binarnej)
z głównymi komponentami (kompilatorem, jądrem itd.) systemu operacyjnego
którym uruchamiany jest plik wykonywalny, chyba że ten komponent sam jest dołączony do pliku wykonywalnego.

Jeśli dystrybucja kodu wykonywalnego lub wynikowego odbywa się poprzez oferowanie dostępu do kopii
z wyznaczonego miejsca, oferując następnie równoważny dostęp do kopiowania kodu źródłowego
z tego samego miejsca liczy się jako rozpowszechnianie kodu źródłowego, nawet jeśli jest trzecie
strony nie są zmuszone do kopiowania źródła wraz z kodem obiektowym.

4. Nie możesz kopiować, modyfikować, udzielać sublicencji ani rozpowszechniać Programu, chyba że:
wyraźnie przewidziane w niniejszej Licencji. Wszelkie próby kopiowania, modyfikowania,
sublicencjonowania lub rozpowszechniania Programu jest nieważne i powoduje automatyczne zakończenie umowy
praw wynikających z niniejszej Licencji. Jednakże strony, które otrzymały kopie lub prawa,
otrzymane od Ciebie na podstawie niniejszej Licencji, nie ulegną wygaśnięciu licencji, dopóki takie nie nastąpią
strony zachowują pełną zgodność.

5. Nie musisz akceptować niniejszej Licencji, ponieważ jej nie podpisałeś.
Jednakże nic innego nie daje użytkownikowi pozwolenia na modyfikowanie lub rozpowszechnianie Programu lub
jego dzieła pochodne. Działania te są prawnie zabronione w przypadku braku akceptacji
niniejszą Licencję. Dlatego też modyfikując lub rozpowszechniając Program (lub jakiekolwiek dzieło
w oparciu o Program), wyrażasz zgodę na niniejszą Licencję oraz
wszystkie zasady i warunki dotyczące kopiowania, rozpowszechniania lub modyfikowania Programu lub
działa w oparciu o to.

6. Za każdym razem, gdy rozpowszechniasz Program (lub jakąkolwiek pracę bazującą na Programie),
odbiorca automatycznie otrzymuje od pierwotnego licencjodawcy licencję na kopiowanie,
rozpowszechniać ani modyfikować Programu zgodnie z niniejszymi warunkami. Możesz
nie nakładać żadnych dalszych ograniczeń na korzystanie przez odbiorców z praw
przyznane w niniejszym dokumencie. Nie ponosisz odpowiedzialności za egzekwowanie przestrzegania zasad przez osoby trzecie
do tej Licencji.

7. Jeżeli na skutek wyroku sądu lub zarzutu naruszenia patentu
lub z jakiegokolwiek innego powodu (nie ograniczającego się do kwestii patentowych) nałożone są warunki
użytkownikowi (na mocy postanowienia sądu, umowy lub w inny sposób), które są sprzeczne z warunkami
niniejszej Licencji, nie zwalniają Cię one z warunków tej Licencji. Jeśli
nie możesz dystrybuować w celu jednoczesnego wypełnienia swoich zobowiązań wynikających z tego
licencji i wszelkich innych stosownych obowiązków, w konsekwencji nie możesz tego zrobić
w ogóle rozpowszechniać Program. Na przykład, jeśli licencja patentowa na to nie pozwala
bezpłatną redystrybucję Programu przez wszystkich, którzy bezpośrednio otrzymają jego kopie
lub pośrednio przez ciebie, to jedyny sposób, w jaki możesz zaspokoić zarówno to, jak i to
Licencja oznaczałaby całkowite powstrzymanie się od dystrybucji Programu.

Jeśli jakakolwiek część tej sekcji zostanie uznana za nieważną lub niewykonalną na mocy któregokolwiek z postanowień
szczególnej sytuacji, należy zastosować pozostałą część sekcji oraz
punkt jako całość ma zastosowanie w innych okolicznościach.

Celem tej sekcji nie jest nakłanianie Cię do naruszenia jakichkolwiek patentów lub
innych roszczeń z tytułu praw własności lub kwestionowania zasadności takich roszczeń; ta sekcja
ma wyłącznie na celu ochronę integralności dystrybucji wolnego oprogramowania
systemu, który jest wdrażany poprzez praktyki związane z licencjami publicznymi. Wiele osób stworzyło
hojny wkład w szeroką gamę oprogramowania dystrybuowanego za jego pośrednictwem
systemu w oparciu o konsekwentne stosowanie tego systemu; to zależy od
autorowi/darodawcy decyzję, czy chce rozpowszechniać oprogramowanie za pośrednictwem dowolnego źródła
innego systemu i licencjobiorca nie może narzucać takiego wyboru.

Celem tej sekcji jest dokładne wyjaśnienie, co uważa się za a
konsekwencją pozostałej części niniejszej Licencji.

8. Jeśli dystrybucja i/lub używanie Programu jest w pewnych przypadkach ograniczone
krajach na mocy patentów lub interfejsów chronionych prawem autorskim, pierwotne prawa autorskie
posiadacz, który umieszcza Program na niniejszej Licencji, może dodać wyraźne oznaczenie geograficzne
ograniczenie dystrybucji z wyłączeniem tych krajów, tak aby dystrybucja była
dozwolone jedynie w krajach lub pomiędzy krajami nie wykluczonymi w ten sposób. W takim przypadku niniejsza Licencja
zawiera ograniczenia zapisane w treści niniejszej Licencji.

9. Fundacja Wolnego Oprogramowania może publikować poprawione i/lub nowe wersje
General Public License od czasu do czasu. Takie nowe wersje będą podobne w
ducha do obecnej wersji, ale mogą różnić się szczegółami w celu rozwiązania nowych problemów lub
obawy.

Każdej wersji nadawany jest wyróżniający numer wersji. Jeżeli w Programie określono a
numer wersji tej Licencji, która ma do niej zastosowanie oraz „dowolna wersja późniejsza”, Ty
mają możliwość przestrzegania warunków tej wersji lub
jakakolwiek późniejsza wersja opublikowana przez Free Software Foundation. Jeśli Program to zrobi
nie określisz numeru wersji tej Licencji, możesz wybrać dowolną wersję
opublikowane przez Free Software Foundation.

10. Jeśli chcesz włączyć części Programu do innych bezpłatnych programów
których warunki dystrybucji są inne, napisz do autora z prośbą o udostępnienie
pozwolenie. W przypadku oprogramowania, do którego prawa autorskie posiada Fundacja Wolnego Oprogramowania,
napisz do Fundacji Wolnego Oprogramowania; czasami robimy od tego wyjątki. Nasz
decyzja będzie opierać się na dwóch celach: zachowaniu wolnego statusu wszystkich
pochodnych naszego wolnego oprogramowania oraz promowanie udostępniania i ponownego wykorzystania oprogramowania
ogólnie.

BEZ GWARANCJI

11. PONIEWAŻ PROGRAM JEST LICENCJONOWANY BEZPŁATNIE, NIE OBEJMUJE GWARANCJI NA
PROGRAM W ZAKRESIE DOZWOLONYM PRZEZ OBOWIĄZUJĄCE PRAWO. Z WYJĄTKIEM PRZYPADKÓW INACZEJ
W PIŚMIE POSIADACZE PRAW AUTORSKICH I/LUB INNE STRONY DOSTARCZAJĄ PROGRAM „TAK JAK JEST”
BEZ JAKICHKOLWIEK GWARANCJI, WYRAŹNYCH LUB DOROZUMIANYCH, W TYM M.in.
OGRANICZONE DO DOROZUMIANYCH GWARANCJI WARTOŚCI HANDLOWEJ I PRZYDATNOŚCI DO OKREŚLONEGO
ZAMIAR. PONOSI CAŁKOWITE RYZYKO JAKOŚCI I WYDAJNOŚCI PROGRAMU
TY. JEŚLI PROGRAM OKAZA SIĘ WADLIWY, PONOSISZ KOSZTY WSZYSTKICH NIEZBĘDNYCH
SERWIS, NAPRAWA LUB KOREKTA.

12. W ŻADNYM WYPADKU, CHYBA ŻE JEST WYMAGANE PRZEZ OBOWIĄZUJĄCE PRAWO LUB UZGODNIONE W PISEMNEJ WOLI
KAŻDY POSIADACZ PRAW AUTORSKICH LUB KAŻDA INNA STRONA, KTÓRA MOŻE MODYFIKOWAĆ I/LUB REDYSTRYBUOWAĆ
PROGRAM ZGODNIE Z DOZWOLONYM POWYŻEJ, BĘDZIE ODPOWIEDZIALNY ZA SZKODY, W TYM WSZELKIE OGÓLNE,
SZKODY SPECJALNE, PRZYPADKOWE LUB WTÓRNE WYNIKAJĄCE Z UŻYTKOWANIA LUB NIEMOŻNOŚCI
KORZYSTAĆ Z PROGRAMU (W TYM M.in. UTRATY DANYCH LUB WYŚWIETLANYCH DANYCH
NIEDOKŁADNE LUB STRATY PONIESIONE PRZEZ UŻYTKOWNIKA LUB OSOBY TRZECIE LUB AWARIĘ PROGRAMU
DZIAŁAĆ Z JAKIMIKOLWIEK INNYMI PROGRAMAMI), NAWET JEŚLI TAKI POSIADACZ LUB INNA STRONA ZOSTAŁA
POINFORMOWAĆ O MOŻLIWOŚCI WYSTĄPIENIA TAKICH SZKÓD.

KONIEC WARUNKÓW

Jak stosować niniejsze Warunki do Twoich nowych programów

Jeśli tworzysz nowy program i zależy Ci na tym, aby był on jak najbardziej użyteczny
do publicznej wiadomości, najlepszym sposobem na osiągnięcie tego jest uczynienie z niego wolnego oprogramowania, które
każdy może rozpowszechniać i zmieniać zgodnie z tymi warunkami.

W tym celu dołącz do programu poniższe uwagi. Najbezpieczniej jest podłączyć
je na początku każdego pliku źródłowego, aby najskuteczniej przekazać wykluczenie
Gwarancja; a każdy plik powinien mieć przynajmniej linię „copyright” i wskaźnik do
gdzie znajduje się pełne ogłoszenie.


Prawa autorskie (C)

Ten program jest wolnym oprogramowaniem; możesz go rozpowszechniać i / lub modyfikować
zgodnie z warunkami Powszechnej Licencji Publicznej GNU opublikowanej przez
Free Software Foundation; albo wersja 2 Licencji, albo
(do wyboru) dowolna późniejsza wersja.

Ten program jest rozpowszechniany w nadziei, że będzie przydatny,
ale BEZ ŻADNEJ GWARANCJI; nawet bez dorozumianej gwarancji
PRZYDATNOŚĆ HANDLOWA lub PRZYDATNOŚĆ DO KONKRETNEGO CELU. Zobacz
Powszechna Licencja Publiczna GNU po więcej szczegółów.

Powinieneś otrzymać kopię Powszechnej Licencji Publicznej GNU
wraz z tym programem; jeśli nie, napisz do Wolnego Oprogramowania
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA

Również dodanie informacji o tym, jak skontaktować się z Tobą za pośrednictwem poczty elektronicznej i papierowej.

Jeśli program jest interaktywny, spraw, aby po jego uruchomieniu wyświetlił się taki krótki komunikat
rozpoczyna się w trybie interaktywnym:

Gnomovision wersja 69, rok Copyright (C) nazwisko autora
Gnomovision nie jest objęty CAŁKOWICIE ŻADNĄ GWARANCJĄ; aby zobaczyć szczegóły, wpisz `show w'.
To jest wolne oprogramowanie i możesz je dalej rozpowszechniać
pod pewnymi warunkami; wpisz `show c', aby zobaczyć szczegóły.

Hipotetyczne polecenia „show w” i „show c” powinny pokazywać odpowiednie części
Powszechnej Licencji Publicznej. Oczywiście polecenia, których używasz, mogą być wywoływane
coś innego niż „pokaż w” i „pokaż c”; mogą to być nawet kliknięcia myszą lub menu
elementy — cokolwiek pasuje do Twojego programu.

Powinieneś także skontaktować się ze swoim pracodawcą (jeśli pracujesz jako programista) lub szkołą, jeśli
dowolny, aby w razie potrzeby podpisać „zrzeczenie się praw autorskich” do programu. Tutaj jest
próbka; zmień nazwy:

Yoyodyne, Inc. niniejszym zrzeka się wszelkich praw autorskich do programu
`Gnomovision' (który przepuszcza kompilatory) napisany przez Jamesa Hackera.

, 1 kwietnia 1989
Ty Coon, prezes wiceprezesa

Niniejsza Powszechna Licencja Publiczna nie zezwala na włączenie twojego programu do
autorskie programy. Jeśli Twój program jest biblioteką podprogramów, możesz to rozważyć
bardziej przydatne, aby umożliwić łączenie zastrzeżonych aplikacji z biblioteką. Jeśli to
jest tym, co chcesz zrobić, użyj zamiast tego Powszechnej Licencji Publicznej GNU dla Bibliotek
Licencja.

RAŚLICZNY Jeśli nie korzystasz z licencji GPL, obowiązują następujące warunki licencji:

Licencja RasMol

Mimo że autorzy różnych dokumentów i oprogramowania, które tu znajdziesz, dokonali
w dobrej wierze, aby zapewnić, że dokumenty i oprogramowanie są prawidłowe
działa zgodnie ze swoją dokumentacją i bylibyśmy bardzo wdzięczni za zapoznanie się z nią
wszelkie problemy, jakie możesz napotkać, programy i dokumenty, wszelkie pliki utworzone przez
programy są dostarczane **TAK JAK JEST** bez jakiejkolwiek gwarancji co do poprawności,
przydatności handlowej lub przydatności do określonego lub ogólnego użytku.

ODPOWIEDZIALNOŚĆ ZA WSZELKIE NEGATYWNE SKUTKI KORZYSTANIA Z PROGRAMÓW LUB
DOKUMENTY LUB JAKIEKOLWIEK PLIK LUB PLIKI UTWORZONE PRZY UŻYCIU PROGRAMÓW LUB DOKUMENTÓW KŁAMSTWA
WYŁĄCZNIE Z UŻYTKOWNIKAMI PROGRAMÓW LUB DOKUMENTÓW LUB PLIKU LUB PLIKÓW, A NIE Z
AUTORZY PROGRAMÓW LUB DOKUMENTÓW.

Pod warunkiem zaakceptowania przez Ciebie warunków określonych powyżej i poszanowania
warunkami określonymi w poniższych powiadomieniach, jeśli nie zamierzasz ich ustalać
modyfikacji lub tworzenia dzieł pochodnych, masz zgodę na swobodne kopiowanie i
dystrybuuj ten pakiet, pod warunkiem, że wykonasz następujące czynności:

1. Dołączyć kompletną dokumentację, w szczególności plik UWAGA, wraz z
co rozpowszechniasz, lub podaj jasne wskazanie, gdzie ludzie mogą uzyskać kopię
dokumentacja; I

2. Proszę o podanie źródła należnego, podając wersję i oryginał
autorzy właściwie; I

3. Proszę nie sprawiać wrażenia, że ​​są to pierwotni autorzy
udzielając jakiejkolwiek gwarancji.

Jeśli chcesz użyć głównych fragmentów RasMol w innym programie, wykonaj polecenie make
modyfikacje RasMol lub w inny sposób dokonać czegoś, co prawnik nazwałby a
„pracą pochodną”, nie tylko wolno Ci to robić, ale jesteś do tego zachęcany.
Oprócz rzeczy omówionych powyżej wykonaj następujące czynności:

4. Wyjaśnij w swojej dokumentacji, czym różni się to, co zrobiłeś od tego
wersja RasMol; I

5. Prosimy o udostępnienie zmodyfikowanego kodu źródłowego.

Ta wersja RasMol _nie_ jest własnością publiczną, ale jest udostępniana bezpłatnie
społeczności w nadziei na rozwój nauki. Jeśli wprowadzasz zmiany, dokonaj ich
w sposób odpowiedzialny i prosimy o umożliwienie nam ich uwzględnienia
zmiany w przyszłych wersjach RasMol.

Ogólne Ogłoszenie
Poniższa uwaga ma zastosowanie do całości tej pracy oraz do zawartych w niej prac
w nim:

* Twórcze przedsięwzięcia zależą od żywej wymiany pomysłów. Są prawa i
zwyczaje określające prawa i obowiązki autorów i użytkowników
co tworzą autorzy. Niniejsza informacja nie ma na celu uniemożliwienia Państwu korzystania z
oprogramowanie i dokumenty w tym pakiecie, ale aby upewnić się, że nie ma żadnych
nieporozumienia dotyczące warunków takiego użytkowania.

* Prosimy o uważne przeczytanie poniższej uwagi. Jeśli nie rozumiesz jakiegoś fragmentu
niniejszej informacji, przed użyciem należy zasięgnąć odpowiedniej profesjonalnej porady prawnej
oprogramowania i dokumentów zawartych w tym pakiecie oprogramowania. Oprócz
jakiekolwiek inne kroki, jakie możesz być zobowiązany podjąć, aby szanować intelektualistę
praw własności różnych zaangażowanych stron, jeśli korzystasz z oprogramowania
i dokumentów znajdujących się w tym pakiecie, prosimy o podanie źródła uznania, cytując
ten pakiet, jego autorzy oraz adres URL lub inne źródło, z którego go uzyskałeś,
lub równoważne główne źródła w literaturze tych samych autorów.

* Niektóre oprogramowanie i dokumenty zawarte w tym pakiecie oprogramowania to
własności intelektualnej różnych stron, a umieszczenie w tym pakiecie nie wchodzi w grę
w żaden sposób nie oznaczają, że jakiekolwiek tego rodzaju prawa zostały w jakikolwiek sposób zrzeczone lub ograniczone.

* W odniesieniu do oprogramowania lub dokumentów, do których istnieją prawa autorskie, ALL
PRAWA SĄ ZASTRZEŻONE DLA WŁAŚCICIELI TAKICH PRAW AUTORSKICH.

* Chociaż autorzy różnych dokumentów i oprogramowania, które można tu znaleźć, tak zrobili
dołożył wszelkich starań w dobrej wierze, aby upewnić się, że dokumenty są prawidłowe i że
oprogramowanie działa zgodnie z jego dokumentacją, za co będziemy bardzo wdzięczni
o wszelkich problemach, jakie możesz napotkać, programach i dokumentach oraz wszelkich plikach
utworzone przez programy są dostarczane **TAK JAK**, bez żadnej gwarancji
poprawność, przydatność handlową lub przydatność do określonego lub ogólnego użytku.

* ODPOWIEDZIALNOŚĆ ZA WSZELKIE NEGATYWNE SKUTKI KORZYSTANIA Z PROGRAMÓW LUB
DOKUMENTY LUB JAKIEKOLWIEK PLIK LUB PLIKI UTWORZONE PRZY UŻYCIU PROGRAMÓW LUB DOKUMENTÓW KŁAMSTWA
WYŁĄCZNIE Z UŻYTKOWNIKAMI PROGRAMÓW LUB DOKUMENTÓW LUB PLIKU LUB PLIKÓW, A NIE Z
AUTORZY PROGRAMÓW LUB DOKUMENTÓW.

Zobacz pliki GPL i RASLIC, aby poznać dwa alternatywne sposoby licencjonowania tego pakietu.

RasMol V2.6 Ogłoszenie
Poniższa uwaga dotyczy RasMol V 2.6 i starszych wersji RasMol.

Informacje zawarte w tym dokumencie mogą ulec zmianie bez powiadomienia i tak się nie dzieje
stanowią zobowiązanie ze strony dostawcy. Ten pakiet jest
sprzedawane/dystrybuowane pod warunkiem, że nie będzie to przedmiotem handlu lub
w przeciwnym razie pożyczać, odsprzedawać, wynajmować lub w inny sposób rozpowszechniać bez
uprzedniej zgody dostawcy, w jakiejkolwiek formie opakowania lub osłony innej niż zawarta w
który został wyprodukowany. Żadna część tej instrukcji ani dołączonego oprogramowania nie może być taka
reprodukowane, przechowywane w systemie odzyskiwania danych na dysku optycznym lub magnetycznym, taśmie lub jakimkolwiek innym
innym nośniku lub przesyłane w jakiejkolwiek formie i w jakikolwiek sposób, elektroniczny, mechaniczny,
kopiowanie, nagrywanie lub w inny sposób w jakimkolwiek celu innym niż cel kupującego
użytek własny.

Tego produktu nie należy używać podczas planowania, budowy, konserwacji,
eksploatacji lub użytkowania jakiegokolwiek obiektu jądrowego, ani lotu, nawigacji lub
łączność ze statkiem powietrznym lub sprzętem obsługi naziemnej. Autora nie będzie
ponosi odpowiedzialność, w całości lub w części, za wszelkie roszczenia lub szkody wynikające z takiego użytkowania,
łącznie ze śmiercią, bankructwem lub wybuchem wojny.

IUCR Polityka
Kurs IUCr Polityka dla dotychczasowy ochrona i dotychczasowy Awans of dotychczasowy STAR filet i CIF
Normy dla Wymiana i Archiwizowanie Elektroniczny Danych.

Zakładka Podgląd

Plik informacji krystalograficznych (CIF)[1] to standard informacji
wymiana ogłoszona przez Międzynarodową Unię Krystalografii (IUCr). CIF
(Hall, Allen i Brown, 1991) to zalecana metoda przesyłania publikacji
do Acta Crystallographica Sekcja C i raporty z oznaczeń struktury kryształu
do innych działów Acta Crystallographica i wielu innych czasopism. Składnia
CIF jest podzbiorem bardziej ogólnego formatu STAR File[2]. Plik CIF i STAR
podejścia są coraz częściej stosowane w naukach strukturalnych do wymiany danych i
archiwizacji i mają znaczący wpływ na te działania w innych
pola.

Zestawienie sprzedaży of zamiar

IUCr interesuje się plikiem STAR jako ogólnym standardem wymiany danych
nauki i jej zainteresowanie CIF, zgodną pochodną pliku STAR, jest
jako zwięzły standard wymiany danych i archiwizacji dla krystalografii i struktur
nauka.

ochrona of dotychczasowy standardy

Aby chronić plik STAR i CIF jako standardy wymiany i archiwizacji
dane elektroniczne, IUCr, w imieniu społeczności naukowej,

* posiada prawa autorskie do samych standardów,

* jest właścicielem powiązanych znaków towarowych i znaków usługowych oraz

* posiada patent na plik STAR.

Te prawa własności intelektualnej odnoszą się wyłącznie do formatów wymiany, a nie do
danych w nich zawartych ani oprogramowania służącego do ich generowania, dostępu lub
manipulowanie danymi.

Awans of dotychczasowy standardy

Jedyny wymóg, jaki IUCr w swojej roli ochronnej nakłada na oprogramowanie
rzekomo przetwarzających dane pliku STAR lub CIF, jest spełnienie następujących warunków
przed sprzedażą lub dystrybucją.

* Oprogramowanie udające, że czyta pliki zapisane w pliku STAR lub CIF
standard musi być w stanie wyodrębnić odpowiednie dane z pliku zgodnego z
Odpowiednio składnia pliku STAR lub składnia CIF.

* Oprogramowanie twierdzące, że zapisuje pliki w standardzie STAR File lub CIF
musi tworzyć pliki zgodne ze składnią STAR File lub CIF,
odpowiednio.

* Zatwierdzone oprogramowanie udające, że czyta definicje z określonego słownika danych
przez IUCr, musi być w stanie wyodrębnić jakąkolwiek stosowną definicję, która jest z nią zgodna
język definicji słownika (DDL)[3] powiązany z tym słownikiem.

IUCr, poprzez swój Komitet ds. Standardów CIF, pomoże każdemu programiście
sprawdzić, czy oprogramowanie spełnia te warunki zgodności.

Słowniczek of REGULAMIN

[1] CIF:

jest plikiem danych zgodnym ze składnią pliku zdefiniowaną w http://www.iucr.org/iucr-
top/cif/specyfikacja/index.html

[2] Plik STAR:

jest plikiem danych zgodnym ze składnią pliku zdefiniowaną w http://www.iucr.org/iucr-
top/cif/specyfikacja/gwiazda/index.html

[3] DDL:

to język używany w słowniku danych do definiowania elementów danych w kategoriach
„atrybuty”. Słowniki aktualnie zatwierdzone przez IUCr oraz wersje DDL
użyte do skonstruowania tych słowników, są wymienione na stronie http://www.iucr.org/iucr-
top/cif/specyfikacja/ddl/index.html

Ostatnia modyfikacja: 30 września 2000 r

Polityka IUCr Prawa autorskie (C) 2000 Międzynarodowa Unia Krystalografii

CBFLIB Poniższe zastrzeżenie dotyczy CBFlib V0.1, z którego pochodzi ten kod
część pochodzi.

* Przedmioty dostarczone w niniejszym dokumencie zostały opracowane pod patronatem Stanów Zjednoczonych
Rząd. Ani USA, ani USDOE, ani Leland Stanford Junior
Uniwersytet ani jego pracownicy nie udzielają żadnych gwarancji, wyraźnych ani dorozumianych, ani nie zakładają
jakąkolwiek odpowiedzialność lub odpowiedzialność za dokładność, kompletność lub użyteczność jakichkolwiek
ujawnionych informacji, urządzeń, produktów lub procesów lub oświadcza, że ​​są one wykorzystywane
nie będzie naruszać praw własności prywatnej. Wzmianka o dowolnym produkcie, jego producencie,
lub dostawcy nie będą, ani nie mają na celu sugerować aprobaty, dezaprobaty lub
przydatność do określonego zastosowania. USA i uniwersytet przez cały czas zachowują
prawo do używania i rozpowszechniania dostarczonych przedmiotów w jakimkolwiek celu.

Uwaga 91 02 01

CIFPARSE
Części tego oprogramowania są luźno oparte na pakiecie oprogramowania CIFPARSE z
NDB na Uniwersytecie Rutgers. Widzieć

http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software

CIFPARSE jest częścią aplikacji NDBQUERY, komponentu programu Nucleic
Projekt bazy danych kwasów [HM Berman, WK Olson, DL Beveridge, JK
Westbrook, A. Gelbin, T. Demeny, SH Shieh, AR Srinivasan i B. Schneider.
(1992). Baza danych kwasów nukleinowych: kompleksowa relacyjna baza danych trzech
Struktury wymiarowe kwasów nukleinowych. Biophys J., 63, 751-759.], którego
Współpraca zostaje doceniona, szczególnie w formie koncepcji projektowych
stworzony przez J. Westbrooka.

Należy pamiętać o następującej uwadze w interfejsie API CIFPARSE:

To oprogramowanie jest dostarczane BEZ GWARANCJI WARTOŚCI HANDLOWEJ LUB PRZYDATNOŚCI DO A
OKREŚLONY CEL LUB INNA GWARANCJA, WYRAŹNA LUB DOROZUMIANA. RUTGERS NIE
OŚWIADCZENIE LUB GWARANCJA, ŻE OPROGRAMOWANIE NIE NARUSZY ŻADNEGO PATENTU,
PRAWA AUTORSKIE LUB INNE PRAWA WŁASNOŚCI.

OPIS

RasMol to program do grafiki molekularnej przeznaczony do wizualizacji białek nukleinowych
kwasy i małe cząsteczki. Program ma na celu pokazanie, nauczanie i generowanie
obrazy o jakości publikacyjnej. RasMol działa na szerokiej gamie architektur i systemów operacyjnych
systemów, w tym systemów Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX i VMS. UNIX i VMS
wersje wymagają 8, 24 lub 32-bitowego, kolorowego wyświetlacza X Windows (X11R4 lub nowszy). X
Wersja RasMol dla systemu Windows zapewnia opcjonalną obsługę modułu pokrętła sprzętowego i
przyspieszona komunikacja w pamięci współdzielonej (poprzez rozszerzenia XInput i MIT-SHM) if
dostępne na bieżącym serwerze X.

Program wczytuje plik współrzędnych cząsteczki i interaktywnie wyświetla cząsteczkę
ekranie w różnych schematach kolorów i przedstawieniach cząsteczek. Obecnie
dostępne reprezentacje obejmują szkielety ze wskazówką głębi, drążki „Dreiding”, wypełnianie przestrzeni
(CPK), kulki, kulki i patyki, stałe i nici wstęgi biomolekularne, etykiety atomów i kropka
powierzchni.

Można załadować i wyświetlić jednocześnie do 5 cząsteczek. Każdy lub wszystkie
cząsteczki mogą być obracane i przemieszczane.

Dostęp do pomocy RasMol można uzyskać, wpisując „help " lub "pomóż
" z linii poleceń. Pełną listę poleceń RasMol można wyświetlić poprzez
wpisując „polecenia pomocy”. Do skrócenia słowa kluczowego można również użyć pojedynczego znaku zapytania
"pomoc". Aby uzyskać ważne powiadomienia, wpisz „powiadomienia o pomocy”.

POLECENIA

RasMol pozwala na wykonywanie interaktywnych poleceń wpisanych na RasMol> monit w
okno terminala. Każde polecenie musi być podane w osobnej linii. Słowa kluczowe są wielkością liter
niewrażliwe i można je wprowadzać dużymi lub małymi literami. Wszystkie białe znaki
znaki są ignorowane, z wyjątkiem oddzielenia słów kluczowych i ich argumentów.

Wszystkie polecenia mogą być poprzedzone nawiasami atom wyrażenie aby tymczasowo wybrać
pewne atomy tylko w celu wykonania tego jednego polecenia. Po wykonaniu polecenia,
przywracany jest poprzedni wybór, z wyjątkiem poleceń wybierać , ograniczać i skrypt.

Polecenia/słowa kluczowe aktualnie rozpoznawane przez RasMol podano poniżej.

Kręgosłup
RasMol kręgosłup polecenie pozwala na reprezentację szkieletu polipeptydowego jako
seria wiązań łączących sąsiednie atomy węgla alfa każdego aminokwasu w a
łańcuch. Wyświetlanie tych „powiązań” szkieletowych jest włączane i wyłączane za pomocą polecenia
parametru w taki sam sposób, jak w przypadku wireframe Komenda. Komenda kręgosłup poza
wyłącza wybrane „obligacje”, i kręgosłup on lub z numerem włącza je. The
liczba może być użyta do określenia promienia cylindra reprezentacji w obu przypadkach
Jednostki Angstrom lub RasMol. Wartość parametru wynosząca 500 (2.0 Angstremów) lub większa daje wynik
w przypadku błędu „Wartość parametru jest zbyt duża”. Obiekty szkieletowe można pokolorować za pomocą narzędzia
RasMol kolor kręgosłup dowództwo.

Zastrzeżone słowo szkielet jest również używane jako predefiniowany zestaw („zestawy pomocy”) i jako
parametr do zestaw hbond i zestaw ssbond polecenia. Polecenie RasMol wyśledzić
renderuje wygładzony szkielet, w przeciwieństwie do kręgosłup który łączy węgle alfa
z liniami prostymi.

Szkielet można wyświetlić liniami przerywanymi za pomocą przycisku kręgosłup myślnik
dowództwo.

Tło
RasMol tło polecenie służy do ustawienia koloru tła „płótna”.
Kolor może być podany jako nazwa koloru lub oddzielona przecinkami potrójna liczba czerwieni,
Elementy zielone i niebieskie (RGB) ujęte w nawiasy kwadratowe. Wpisywanie polecenia
pomoc kolory wyświetli listę predefiniowanych nazw kolorów rozpoznawanych przez RasMol.
Działając pod X Windows, RasMol rozpoznaje również kolory na serwerze X
baza nazw kolorów.

Kurs tło polecenie jest równoznaczne z RasMol zestaw tło dowództwo.

więź Polecenie RasMol obligacja + dodaje wyznaczone wiązanie do
rysowanie, zwiększając kolejność wiązań, jeśli wiązanie już istnieje. Komenda obligacja
wybierać wybiera dwa atomy określone przez numery seryjne atomów
jako dwa końce wiązania, wokół którego obracać obligacja polecenie będzie
stosowany. Jeśli nie ma więzi, zostaje ona utworzona.

Obrót wokół wcześniej wybranego wiązania może być określony przez obracać obligacja
lub można nim sterować myszką za pomocą przycisku obligacja obracać
ON / OFF lub odpowiednik obracać obligacja ON / OFF Polecenia.

bułgarski
RasMol bułgarski polecenie ustawia menu i komunikaty na wersje bułgarskie.

To polecenie może nie działać poprawnie, jeśli nie zostaną zainstalowane odpowiednie czcionki.
Polecenia Bułgarski, Chiński, Język angielski, Francuski, Włoski, Rosyjski i hiszpański może
być używany do wyboru bułgarskiego, chińskiego, angielskiego, francuskiego, włoskiego, japońskiego, rosyjskiego
oraz menu i komunikaty w języku hiszpańskim, jeśli zainstalowano odpowiednie czcionki.

Styl kreskówki
RasMol rysunek polecenie wyświetla cząsteczkę wstążki jako Richardson
Białko typu (MolScript). bajki, realizowane w postaci grubych (głębokich) wstęg. The
Najłatwiejszym sposobem uzyskania kreskówkowej reprezentacji białka jest użycie Kreskówki
opcja na Wyświetlacz menu. Plik rysunek polecenie reprezentuje aktualnie wybrane
pozostałości w postaci głębokiej wstęgi o szerokości określonej przez argument polecenia. Za pomocą
polecenie bez parametru powoduje pobranie szerokości wstążki z pliku
struktura drugorzędowa białka, jak opisano w wstążki Komenda. Domyślnie
C-końce arkuszy beta są wyświetlane jako groty strzałek. Może to być włączone i
wyłączone przy użyciu zestaw kreskówki Komenda. Głębokość kreskówki można regulować
używając zestaw kreskówki Komenda. Plik zestaw kreskówki komenda bez
Parametry zwracają te dwie opcje do ich wartości domyślnych.

centrum RasMol centrum polecenie definiuje punkt, wokół którego ma nastąpić obracać polecenie i
paski przewijania obracają bieżącą cząsteczkę. Bez parametru polecenie center
ustawia środek obrotu na środek ciężkości cząsteczki. Jeżeli
określone jest wyrażenie atomu, RasMol obraca cząsteczkę wokół środka
ciężar zbioru atomów określonego wyrażeniem. Zatem jeśli jest to pojedynczy atom
określone wyrażeniem, atom ten pozostanie „nieruchomy” podczas obrotów.

Typ pomoc wyrażenie aby uzyskać więcej informacji na temat wyrażeń atomów RasMol.

Alternatywnie centrowanie można podać jako potrójną wartość oddzieloną przecinkami [CenX, CenY,
CenZ] przesuwa się w jednostkach RasMol (1/250 Angstroma) od środka ciężkości.
Trójkę należy ująć w nawiasy kwadratowe.

Formularze opcjonalne centrum ... tłumaczyć i centrum ... centrum może być przyzwyczajony do
określ użycie przetłumaczonego środka obrotu (niekoniecznie w środku
płótno) lub środek obrotu, który jest umieszczony w środku płótna.
Począwszy od RasMol 2.7.2, domyślnie nowa oś jest wyśrodkowana na obszarze roboczym.

chiński
RasMol chiński polecenie ustawia menu i komunikaty na wersje chińskie.

To polecenie może nie działać poprawnie, jeśli nie zostaną zainstalowane odpowiednie czcionki.
Polecenia Bułgarski, Chiński, Język angielski, Francuski, Włoski, Rosyjski i hiszpański może
być używany do wyboru bułgarskiego, chińskiego, angielskiego, francuskiego, włoskiego, japońskiego, rosyjskiego
oraz menu i komunikaty w języku hiszpańskim, jeśli zainstalowano odpowiednie czcionki.

schowek
RasMol schowek polecenie umieszcza kopię aktualnie wyświetlanego obrazu na dysku
lokalny „schowek” graficzny. Uwaga: to polecenie nie jest jeszcze obsługiwane w systemach UNIX i VMS
maszyny. Ma to na celu ułatwienie przesyłania obrazów pomiędzy aplikacjami
w systemie Microsoft Windows lub na komputerze Apple Macintosh.

Używając RasMol w systemie UNIX lub VMS, tę funkcjonalność można osiągnąć poprzez
wygenerowanie obrazu rastrowego w formacie czytelnym dla programu odbierającego
za pomocą RasMola napisać dowództwo.

Kolor Pokoloruj atomy (lub inne obiekty) wybranego obszaru. Można podać kolor
jako nazwa koloru lub oddzielona przecinkami potrójna liczba kolorów: czerwony, zielony i niebieski (RGB)
elementy ujęte w nawiasy kwadratowe. Wpisywanie polecenia pomoc kolory da
lista wszystkich predefiniowanych nazw kolorów rozpoznawanych przez RasMol.

Dozwolone obiekty to atomy, więzy, kręgosłup, wstążki, etykiety, kropki, hbondy, mapa, i
ssbondy. Jeśli nie określono żadnego obiektu, domyślne słowo kluczowe atom zakłada się. Trochę
schematy kolorów są definiowane dla określonych typów obiektów. Schemat kolorów Żaden może być
zastosowany do wszystkich obiektów z wyjątkiem atomów i kropek, stwierdzając, że wybrane obiekty
nie mają własnego koloru, ale używają koloru powiązanych z nimi atomów (tj
atomy, które łączą). Atom obiekty można również pokolorować inny, amino, łańcuch,
opłata, CPK, Grupa, model, kształtny, struktura, temperatura or użytkownika. Wiązania wodorowe
można również pokolorować rodzaj i powierzchnie kropek można również kolorować elektrostatyczny
potencjał. Aby uzyskać więcej informacji, wpisz pomoc kolor . Obiekty mapy mogą być
pokolorowane określonym kolorem najbliższego atomu.

Tryb koloru
ColourMode pozwala użytkownikowi przełączać się między używaniem nowego kolor metoda. Na
obecnie nowa technika kolorowania jest taka sama jak stara, ale należy ją zachować
kompatybilność ze starszymi skryptami, dobrym pomysłem może być dodanie na górze opcji „włączony tryb kolorów”.
gdzieś Twojego skryptu, jeśli skrypt został zaprojektowany dla wersji 2.7.3 RasMol lub
wcześniej. Nowa metoda kolorów, gdy zostanie ukończona, ma na celu naprawienie kilku błędów w pliku
procedury kolorowania.

Skontaktuj się
RasMol connect polecenie służy do wymuszenia (ponownego) obliczenia przez RasMol
łączność obecnej cząsteczki. Jeśli oryginalny plik wejściowy zawierał
informacje o łączności, są one odrzucane. Komenda connect fałszywy używa postu
algorytm heurystyczny odpowiedni do określania wiązań w dużych biocząsteczkach
takich jak białka i kwasy nukleinowe. Komenda connect prawdziwy używa wolniejszego
dokładny algorytm oparty na promieniach kowalencyjnych, który jest bardziej odpowiedni do małych
cząsteczki zawierające pierwiastki nieorganiczne lub naprężone pierścienie. Jeśli nie ma żadnych parametrów
biorąc pod uwagę, RasMol określa, którego algorytmu użyć na podstawie liczby atomów w
plik wejściowy. Większa niż 255 atomów powoduje, że RasMol korzysta z szybszej implementacji.
Jest to metoda stosowana do określenia wiązania, jeśli to konieczne, gdy cząsteczka jest
po raz pierwszy przeczytałem przy użyciu załadować dowództwo.

Odraczać RasMol odraczać polecenie dodaje polecenie wydane do makra o podanej nazwie, jeśli nie
podana jest nazwa, polecenie jest dodawane do makra z pustą nazwą. Komenda zastrzelić
to szczególny przypadek. W takim przypadku makro zostanie usunięte. Jeżeli nie podano nazwy
polecenie musi zaczynać się od wyboru, np odraczać (wybór).wypełnienie przestrzeni

Odroczone polecenia zgromadzone pod daną nazwą można wykonać za pomocą
wykonać komenda

określić RasMol określić polecenie pozwala użytkownikowi powiązać dowolny zestaw atomów
z unikalnym identyfikatorem. Umożliwia to definiowanie zestawów zdefiniowanych przez użytkownika. Te
zestawy są deklarowane statycznie, tj. po zdefiniowaniu zawartość zestawu nie
zmienić, nawet jeśli wyrażenie je definiujące zależy od bieżącej transformacji
i reprezentacja cząsteczki.

Głębokość RasMol głębokość polecenie włącza, wyłącza lub ustawia płaszczyznę odcięcia od tyłu
cząsteczka. Program rysuje tylko te części cząsteczki, które są bliżej
dla widza niż płaszczyzna przycinająca. Wartości całkowite wahają się od zera do samego końca
tyłu cząsteczki do 100, czyli całkowicie przed cząsteczką.
Wartości pośrednie określają procent cząsteczki, który ma zostać pobrany.

To polecenie współdziała z płyta polecenie, które przycina się z przodu pliku a
daną płaszczyznę przycinającą Z.

Dots RasMol kropki polecenie służy do generowania powierzchni kropki van der Waalsa wokół
aktualnie wybrane atomy. Powierzchnie kropek przedstawiają regularnie rozmieszczone punkty na kuli
promienia van der Waalsa wokół każdego wybranego atomu. Kropki, które zostałyby „zakopane”
w promieniu van der Waalsa od jakiegokolwiek innego atomu (wybranego lub nie) nie są
wystawiany. Komenda kropki on usuwa istniejącą powierzchnię kropki i generuje
kropki pojawiają się wokół aktualnie wybranego zestawu atomów z domyślną gęstością kropek wynoszącą
100. Polecenie kropki poza usuwa istniejącą powierzchnię kropki. Gęstość kropek może być
określić, podając parametr numeryczny z zakresu od 1 do 1000. Ta wartość
w przybliżeniu odpowiada liczbie punktów na powierzchni średniej wielkości
atom.

Domyślnie kolor każdego punktu na powierzchni kropki jest kolorem najbliższego mu punktu
atom w momencie generowania powierzchni. Kolor całej powierzchni kropki może
zmienić za pomocą kolor kropki dowództwo.

Echo RasMol przegapić polecenie służy do wyświetlania komunikatu w poleceniu/terminalu RasMol
okno. Parametr ciągu może być opcjonalnie ujęty w podwójny cudzysłów
postacie. Jeśli nie określono żadnego parametru, plik przegapić polecenie wyświetla pustą linię.
To polecenie jest szczególnie przydatne do wyświetlania tekstu z poziomu RasMol scenariusz
plik.

Angielski
RasMol Angielski polecenie ustawia menu i komunikaty na wersje anglojęzyczne.

To polecenie może nie działać poprawnie, jeśli nie zostaną zainstalowane odpowiednie czcionki.
Polecenia Bułgarski, Chiński, Język angielski, Francuski, Włoski, Rosyjski i hiszpański może
być używany do wyboru bułgarskiego, chińskiego, angielskiego, francuskiego, włoskiego, japońskiego, rosyjskiego
oraz menu i komunikaty w języku hiszpańskim, jeśli zainstalowano odpowiednie czcionki.

Wykonać
RasMol wykonać polecenie:

1. zapisuje stary stan cząsteczki (translacja, obrót i powiększenie)

2. wykonuje określone makro, powstrzymując zarówno aktualizację ekranu, jak i nagrywanie

3. animuje ruch nowo wyrenderowanej cząsteczki liniowo od starej pozycji do
nowa równowaga

Makro musiało zostać wcześniej zdefiniowane przez wywołania metody odraczać dowództwo.

Animacja ruchu zależy od wcześniejszych ustawień rekord dowództwo.

francuski RasMol francuski polecenie ustawia menu i komunikaty na wersje francuskie.

To polecenie może nie działać poprawnie, jeśli nie zostaną zainstalowane odpowiednie czcionki.
Polecenia Bułgarski, Chiński, Język angielski, Francuski, Włoski, Rosyjski i hiszpański może
być używany do wyboru bułgarskiego, chińskiego, angielskiego, francuskiego, włoskiego, japońskiego, rosyjskiego
oraz menu i komunikaty w języku hiszpańskim, jeśli zainstalowano odpowiednie czcionki.

HBonds RasMol hbond polecenie służy do przedstawienia wiązania wodorowego białka
szkielet cząsteczki. Informacje te są przydatne w ocenie białka
struktura wtórna. Wiązania wodorowe są przedstawiane jako linie przerywane lub
cylindry pomiędzy resztami donora i akceptora. Po raz pierwszy hbond komenda
jest używany, program przeszukuje strukturę cząsteczki w celu znalezienia wiązania wodorowego
pozostałości i raportuje użytkownikowi liczbę wiązań. Komenda obligacje on
wyświetla wybrane „wiązania” jako linie przerywane, a obligacje poza wyłącza ich
wyświetlacz. Kolor obiektów hbond może zostać zmieniony przez kolor hbond dowództwo.
Początkowo każde wiązanie wodorowe ma kolory połączonych atomów.

Domyślnie linie kropkowane są rysowane pomiędzy tlenem przyjmującym i oddającym
azot. Korzystając z zestaw obligacje steruj pozycjami węgla alfa w
zamiast tego można zastosować odpowiednie pozostałości. Jest to szczególnie przydatne podczas sprawdzania
białka w reprezentacji szkieletowej.

Pomoc RasMol pomoc polecenie udostępnia pomoc on-line na zadany temat.

włoski
RasMol włoski polecenie ustawia menu i komunikaty na wersje włoskie.

To polecenie może nie działać poprawnie, jeśli nie zostaną zainstalowane odpowiednie czcionki.
Polecenia Bułgarski, Chiński, Język angielski, Francuski, Włoski, Rosyjski i hiszpański może
być używany do wyboru bułgarskiego, chińskiego, angielskiego, francuskiego, włoskiego, japońskiego, rosyjskiego
oraz menu i komunikaty w języku hiszpańskim, jeśli zainstalowano odpowiednie czcionki.

Japonki
RasMol Japonki polecenie ustawia menu i komunikaty na wersje japońskie.

To polecenie może nie działać poprawnie, jeśli nie zostaną zainstalowane odpowiednie czcionki.
Polecenia Bułgarski, Chiński, Język angielski, Francuski, Włoski, Rosyjski i hiszpański może
być używany do wyboru bułgarskiego, chińskiego, angielskiego, francuskiego, włoskiego, japońskiego, rosyjskiego
oraz menu i komunikaty w języku hiszpańskim, jeśli zainstalowano odpowiednie czcionki.

Etykieta RasMol etykieta polecenie umożliwia powiązanie dowolnego sformatowanego ciągu tekstowego
z każdym aktualnie wybranym atomem. Ten ciąg może zawierać osadzone rozszerzenie „
specyfikatory”, które wyświetlają właściwości znakowanego atomu. Ekspansja
specyfikator składa się ze znaku „%”, po którym następuje pojedynczy znak alfabetu
określenie właściwości, która ma zostać wyświetlona. Może zostać wyświetlony rzeczywisty znak „%”.
za pomocą specyfikatora rozwinięcia „%%”.

Etykietowanie atomów dla aktualnie wybranych atomów można wyłączyć za pomocą polecenia
etykieta poza. Domyślnie, jeśli jako parametr nie podano żadnego ciągu, RasMol używa etykiet
odpowiednie dla bieżącej cząsteczki.

Kolor każdej etykiety można zmienić za pomocą przycisku kolor etykieta Komenda. Domyślnie,
każda etykieta jest rysowana w tym samym kolorze co atom, do którego jest dołączona. The
Rozmiar i odstępy wyświetlanego tekstu można zmienić za pomocą przycisku zestaw rozmiar czcionki
Komenda. Szerokość kresek w wyświetlanym tekście można zmieniać
używając zestaw pociągnięcie czcionki
dowództwo.

Załadować Załaduj plik współrzędnych cząsteczki do RasMol. Prawidłowe formaty plików cząsteczek to pdb
(format Banku Danych Białkowych), mdl (format pliku MOL firmy Molecular Design Limited),
alchemia (format pliku Alchemy firmy Tripos), mol2 (format pliku Sybyl Mol2 firmy Tripos),
urok (format pliku CHARMm), xyz (format pliku XMol XYZ firmy MSC), mopak (JP
format pliku MOPAC Stewarta) lub cif (format pliku IUCr CIF lub mmCIF). Jeśli nie ma pliku
określony jest format, WPB, CIF, or mmCIF zakłada się domyślnie. Do 20 cząsteczek
mogą być ładowane jednocześnie. Jeśli modele ligandów CHEM_COMP są zawarte w pliku mmCIF,
zostaną one załadowane jako modele NMR, najpierw podając wszystkie modele NMR dla modelu
współrzędne, jeśli są określone, a następnie podając wszystkie modele NMR dla modelu idealnego
współrzędne

Aby usunąć cząsteczkę przed załadowaniem innej, użyj RasMol zastrzelić Komenda. Do
wybierz cząsteczkę do manipulacji, użyj RasMol cząsteczka dowództwo.

Kurs załadować polecenie wybiera wszystkie atomy w cząsteczce i wyśrodkowuje je na ekranie
i renderuje go jako model szkieletowy w kolorze CPK. Jeśli cząsteczka nie zawiera wiązań
(tzn. zawiera tylko węgle alfa), jest rysowany jako szkielet węgla alfa. Jeśli
plik określa mniej wiązań niż atomów, RasMol określa łączność za pomocą
connect dowództwo.

Kurs załadować inline polecenie umożliwia także przechowywanie współrzędnych atomów w skryptach
pozwalają na lepszą integrację z przeglądarkami WWW. Polecenie ładowania wykonywane wewnątrz skryptu
plik może określać słowo kluczowe inline zamiast konwencjonalnej nazwy pliku. Ta opcja
określa, że ​​współrzędne cząsteczki do załadowania są przechowywane w tym samym pliku
jako aktualnie wykonywane polecenia.

Mapa RasMol mapa polecenia manipulują mapami gęstości elektronów w koordynacji z
prezentacja cząsteczek. Polecenia te wymagają dużej ilości pamięci i mogą nie działać
maszyny z ograniczoną pamięcią. Każda cząsteczka może mieć tyle map, ile jest dostępnych
pamięć pozwala. Mapy można odczytywać z plików lub generować z gęstości Gaussa
rozkłady wokół atomów.

mapa kolor, pokolorować mapę według zadanej kolorystyki, mapa Generować, do
wygenerować mapę z wybranych atomów w oparciu o pseudo-Gaussa, mapa poziom, ustawić
poziom konturowania dla wybranych map, mapa załadować, załadować mapę z pliku, mapa maska
wyznaczyć maskę dla wybranych map, mapa Rezolucja, aby ustawić rozdzielczość
do konturowania wybranych map, mapa ograniczać, , aby wybrać jedną lub więcej map i do
wyłącz wszystkie inne, mapa zapisać, aby zapisać informacje o mapie do pliku, mapa skala, kontrola
dotychczasowy skalowaniem of pseudogaussowskie jeśli chodzi o komunikację i motywację generujący mapy, mapa Wybierz, aby wybrać jeden lub
więcej map, mapa pokazać, aby wyświetlić informacje o jednej lub większej liczbie map lub o
parametry, które zostaną wykorzystane przy generowaniu lub wczytywaniu kolejnej mapy, mapa rozstaw, ustawić
odstępy między warstwicami wybranych map, mapa rozpowszechnianie się, aby ustawić wariancję
Gaussa do generowania map jako ułamek promienia atomowego oraz mapa zastrzelić
aby usunąć wcześniej wygenerowane lub załadowane mapy.

Efekt mapa Generować i mapa załadować polecenia jest modyfikowany przez mapa maska
polecenie ograniczające część przestrzeni wyświetlania, którą można uwzględnić
wyświetlanie map.

Mapa kolor
RasMol mapa kolor polecenie koloruje wybrane mapy zgodnie z określonymi ustawieniami
schemat kolorów. Schemat kolorów może składać się z nazwy koloru lub potrójnego RBG
nawiasy lub słowo kluczowe atom aby spowodować pokolorowanie punktów mapy według koloru
najbliższego atomu.

Mapa Generować
RasMol mapa Generować polecenie generuje mapę z dowolnych atomów, które aktualnie się znajdują
wybrano poprzez zsumowanie gęstości elektronów przybliżonych rozkładami Gaussa.
Wysokość każdego Gaussa jest określana przez ustawienie mapa skala dowództwo.
Przy domyślnej skali mapy „true” każdy Gauss ma element proporcjonalny do wysokości
rodzaj atomu. Jeśli podano opcjonalny parametr „LRSurf” lub jeśli skala mapy
false został wykonany, każdy Gaussian jest skalowany tak, aby uzyskać poziom konturu Gaussa
1 znajduje się w promieniu van der Waalsa. W obu przypadkach określono odchylenie standardowe
według ostatnio określonego rozkładu lub rozdzielczości. Jeśli spread jest niezerowy
podano, że promień atomu jest mnożony przez rozprzestrzenianie się, aby znaleźć
odchylenie standardowe. Wartość domyślna to 2/3. Jeżeli została podjęta uchwała, tj
spread przyjmuje się jako 2/3 rozdzielczości.

Na przykład, jeśli rozdzielczość jest podana jako 1., a atomem, o którym mowa, jest węgiel
przy promieniu van der Waalsa wynoszącym 468 jednostek RasMol (1.87 Angstremów), wywnioskowany
spead wynosi 6667, a odchylenie standardowe Gaussa przyjmuje się jako 1.25
Angstromy.

Jeżeli rozpiętość została ustawiona na zero, rozpiętość dla każdego atomu jest określana na podstawie
promień van der Waalsa i promień atomu sondy w celu symulacji efektu Lee-
Powierzchnia Richardsa.

Jeśli selektor map nie podał konkretnej mapy, nowa mapa zostanie podana jako następna
dostępny numer mapy.

Jeśli selektor map podał konkretną mapę, nowa mapa zastępuje tę mapę. Jeśli
selektor map podał więcej niż jedną mapę, nowa mapa zastępuje najniższą
ponumerowane wybrane mapy. W każdym razie nowa mapa staje się aktualną
wybrana mapa.

Mapa jest wyświetlana jako kropki, siatka lub powierzchnia, w zależności od ostatniej mapy
wybrany tryb renderowania lub tryb wybrany w samym poleceniu.

Mapa poziom
RasMol mapa poziom polecenie ustawia poziom konturu, który będzie używany podczas tworzenia
kolejne reprezentacje wygenerowanych lub załadowanych map. Jeśli słowo kluczowe MEAN w
używany poziom odnosi się do średniej danych mapy. Inaczej poziom jest
absolutny.

Ogólnie rzecz biorąc, niższy poziom powoduje, że mapa zawiera większą część wyświetlanej objętości,
natomiast wyższy poziom powoduje, że mapa zawiera mniej wyświetlanej objętości.

Mapa załadować
RasMol mapa załadować polecenie ładuje plik mapy do RasMol. Prawidłowe formaty to
Format mapy CCP4 i format imgCIF.

Jeśli selektor map nie podał konkretnej mapy, nowa mapa zostanie podana jako następna
dostępny numer mapy.

Jeśli selektor map podał konkretną mapę, nowa mapa zastępuje tę mapę. Jeśli
selektor map podał więcej niż jedną mapę, nowa mapa zastępuje najniższą
ponumerowane wybrane mapy. W każdym razie nowa mapa staje się aktualną
wybrana mapa.

Mapa jest wyświetlana jako kropki, siatka lub powierzchnia, w zależności od ostatniego renderowania mapy
wybrany tryb.

Mapa maska
RasMol mapa maska polecenie określa maskę, która ma być używana do ograniczania przestrzeni wyświetlania
do wykorzystania do tworzenia reprezentacji innych map lub usuwa wcześniejszą maskę
specyfikacja.

Opcja „wybrana” wskazuje, że maska ​​ma zostać utworzona z aktualnie
wybrane atomy. „ ' opcja wskazuje, że maska ​​ma zostać skopiowana
mapa podanego numeru. Opcja „none” usuwa poprzednie
określona maska, jeśli istnieje.

Selektor mapy określa mapę lub mapy, do których będzie należeć określona maska
stosowany. Na przykład „wybrana następna maska ​​mapy” określa, że ​​aktualnie
wybrane atomy mają zostać wykorzystane do wygenerowania maski, którą można zastosować do dowolnych tworzonych map
za pomocą kolejnych poleceń „wczytaj mapę” lub „wygeneruj mapę”.

Jako maskę można zastosować dowolną mapę. Części mapy maski większe niż lub
równe wartości średniej mapy maski, pozwalają na maskowanie wartości mapy
do wykorzystania zgodnie z podanym. Fragmenty mapy maski niższe niż średnia wartość
mapa maski powoduje, że wartości maskowanej mapy są traktowane tak, jakby były
równa najniższej wartości danych maskowanej mapy.

Mapa rozkład
RasMol mapa rozkład polecenie określa rozdzielczość w jednostkach RasMol lub, jeśli a
podana jest liczba zawierająca przecinek dziesiętny, należy zastosować rozdzielczość w Angstremach
w generowaniu i przedstawianiu map.

Rozdzielczość stosowana jest przy rozstawie map przy przedstawianiu map, wskazując
odstęp pomiędzy poziomami konturu (patrz pkt mapa rozstaw polecenie) i wnioskować
rozkład mapy do wykorzystania w generowanych mapach z wybranych atomów (patrz mapa rozpiętość
Komenda). Rozkład mapy jest ustawiony na dwie trzecie określonej rozdzielczości.

Mapa ograniczać
RasMol mapa ograniczać polecenie wybiera określone mapy, dla których mają być aktywne
kolejne polecenia mapy. Jest to podobne do mapa wybierać rozkazuje, ale to robi
wyłącza wyświetlanie map, które nie zostały wybrane.

Mapa zapisać
RasMol mapa zapisać polecenie zapisuje plik mapy imgCIF.

Jeśli w selektorze map nie została podana żadna konkretna mapa, aktualnie wybrane mapy i
ich maski są zapisywane w pliku, jedna para map i masek na blok danych.

Mapa skala
RasMol mapa skala polecenie wybiera skalowanie pseudo-Gaussa w pliku mapa
Generować polecenia. Jeśli domyślna skala mapy jest ustawiona na true, każdy Gauss ma wysokość
typ elementu proporcjonalnego atomu. Jeśli wykonana została skala mapy fałszywa, każdy
Gaussa skaluje się tak, aby poziom konturu Gaussa 1 znajdował się na poziomie van der Waalsa
promień. W obu przypadkach odchylenie standardowe określone przez ostatnio
używany jest określony rozrzut lub rozdzielczość.

Mapa wybierać
RasMol mapa wybierać polecenie wybiera określone mapy, dla których mają być aktywne
kolejne polecenia mapy. Jest to podobne do mapa ograniczać rozkazuje, ale tego nie robi
wyłącz wyświetlanie map, które nie zostały wybrane.

Jeśli opcjonalne atom podany jest parametr, polecenie wybiera atomy ze środkami
najbliżej punktów na mapie. Promień poszukiwań może być określony przez
parametr promień wyszukiwania. Domyślnie szuka się atomów w promieniu 4 Angstremów plus
promień sondy. Jeśli opcjonalne w ciągu podano parametr, nowy wybór jest
pobrane z aktualnie wybranych atomów. Jeśli opcje Dodaj parametr to
podany, nowy wybór jest dodawany do aktualnie wybranych atomów. Wartość domyślna to
przeszukiwać wszystkie atomy.

Mapa pokazać
RasMol mapa pokazać polecenie powoduje informację o mapach określonych przez mapę
selektor, który ma zostać zapisany w oknie poleceń.

Mapa rozstaw
RasMol mapa rozstaw polecenie określa odstępy stosowane pomiędzy konturami
linie w tworzeniu reprezentacji map. Odstępy są typowe
podawana w Angstremach z przecinkiem, ale może być również podana w jednostkach RasMol
(250-tych Angstoma) jako liczbę całkowitą. W przypadku map załadowanych we współrzędnych siatki to
odstępy są równoległe do krawędzi komórek. Domyślny odstęp to połowa Angstremów.

Mapa rozpiętość
RasMol mapa rozpiętość polecenie określa odwrotność liczby wzorców
odchylenia na promień stosowane przy generowaniu map jako sumy wyśrodkowanych Gaussa
na pozycjach atomowych. Domyślny rozrzut wynosi jedną dwie trzecie (tzn. obejmuje każdy promień
1.5 odchylenia standardowego).

Jeżeli rozpiętość została ustawiona na zero, rozpiętość dla każdego atomu jest określana na podstawie
promień van der Waalsa i promień atomu sondy w celu symulacji efektu Lee-
Powierzchnia Richardsa.

Mapa zastrzelić
RasMol mapa zastrzelić polecenie usuwa dane i reprezentacje map
określonym przez selektor map. Numery map, które nie zostały usunięte
nie są zmieniane.

Cząsteczka
RasMol cząsteczka polecenie wybiera jedną z maksymalnie 5 wcześniej załadowanych cząsteczek dla
aktywna manipulacja. Podczas gdy wszystkie cząsteczki są wyświetlane i można je obracać
łącznie (zob obracać cała kolekcja polecenie), tylko jedna cząsteczka na raz
aktywny do manipulacji za pomocą poleceń kontrolujących szczegóły renderowania.

Monitorowanie
RasMol monitor polecenie umożliwia wyświetlenie monitorów odległości. Dystans
monitor to linia przerywana (kropkowana) pomiędzy dowolną parą atomów, opcjonalnie
oznaczone odległością między nimi. Polecenie RasMol monitor
dodaje taki monitor odległości między dwoma atomami określonymi przez atom
numery seryjne podawane jako parametry

Monitory odległości wyłącza się za pomocą polecenia monitory poza. Domyślnie
monitory wyświetlają odległość między dwoma punktami końcowymi jako etykietę pośrodku
monitora. Te etykiety odległości można wyłączyć za pomocą polecenia zestaw
monitory poza, i ponownie włączono za pomocą polecenia zestaw monitory jeden. Jak większość innych
reprezentacji kolor monitora jest brany z koloru jego punktów końcowych
chyba że zostało to określone przez kolor monitory dowództwo.

Monitory odległości można również dodać do cząsteczki interaktywnie za pomocą myszy,
używając zestaw zbierając monitor Komenda. Kliknięcie na atom powoduje jego istnienie
zidentyfikowany w wierszu poleceń rasmol. Ponadto każdy wybrany atom zwiększa się a
licznik modulo tak, że w trybie monitorowania co drugi atom wyświetla odległość
pomiędzy tym atomem a poprzednim. Klawisz Shift może być używany do tworzenia odległości
monitoruje pomiędzy nieruchomym atomem i kilkoma kolejnymi pozycjami. Monitor odległości
można również usunąć (przełączyć), wybierając odpowiednią parę punktów końcowych atomów
drugi raz.

Notoggle
RasMol Nieprzełącz polecenie włącza lub wyłącza możliwość przełączania
jest używany przez niektóre inne polecenia RasMol. Jeśli nie określono żadnej wartości logicznej,
Tryb NoToggle jest WŁĄCZONY. Gdy tryb NoToggle jest WŁĄCZONY, wszystkie funkcje przełączają
jest niepełnosprawny. Aby to wyłączyć, należy jawnie ustawić nieprzełącz poza.

Niektóre polecenia korzystające z funkcji przełączania to: Tryb koloru. Więcej funkcji
wykorzystać tę możliwość, można dodać w późniejszym terminie.

Pauza RasMol pauza polecenie jest używane w plikach skryptów do zatrzymania pliku skryptu dla lokalnego
manipulację myszą, aż do naciśnięcia dowolnego klawisza w celu ponownego uruchomienia pliku skryptu. Czekać
jest synonimem pauza. Polecenie to można wykonać w plikach skryptów RasMol do
wstrzymaj sekwencyjne wykonywanie poleceń i pozwól użytkownikowi sprawdzić
aktualne zdjęcie. Kiedy RasMol wykonuje a pauza polecenie w pliku skryptu, zawiesza się
wykonanie reszty pliku, odświeża obraz na ekranie i umożliwia
manipulowanie obrazem za pomocą myszy i pasków przewijania lub zmiana rozmiaru
okno graficzne. Po naciśnięciu klawisza sterowanie powraca do pliku skryptu w miejscu
linia następująca po pauza Komenda. Podczas gdy skrypt jest zawieszony, cząsteczka może być
obracane, tłumaczone, skalowane, układane na płytach i wybierane jak zwykle, ale wszystkie polecenia menu są
niepełnosprawny.

Graj RasMol grać polecenie określa nośnik zapisu, z którego ma być odtwarzany a
film. Czas rozpoczęcia klatki odtwarzania jest podawany w sekundach z dokładnością do milisekundy.
Ponieważ pracujemy na komputerach, nośnik jest określony jako zestaw plików, każdy
oznaczony jako część nazwy czasem rozpoczęcia klatki odtwarzania w milisekundach. The
miejsce w nazwie, w którym będzie szukać czasu rozpoczęcia odtwarzania klatki
milisekundy są oznaczone znakami „ssssss” z odpowiednią liczbą
cyfry. RasMol akceptuje wielkie lub małe litery „s” lub cyfry dziesiętne do zaznaczenia
miejsce na czas. Polecenia odtwarzania i wysuwania skutecznie usuwają
określonego nośnika z użycia. Jeżeli nie określono żadnego nośnika, dogrywka wstrzymuje grę
i gra dalej wznawia odtwarzanie. Zwykle gra rozpoczyna się natychmiast i trwa do końca
medium. Jeśli jednak dogrywka i/lub kombinacja gry z i
odtwarzaj, dopóki nie zostanie wprowadzony wcześniej grać rodzaj średni, te ustawienia zostaną użyte.

Od wersji 2.7.5 RasMol obsługuje odtwarzanie ze skryptów i plików danych.

RasMol polecenie wysyła aktualnie wyświetlany obraz do lokalnego ustawienia domyślnego
drukarkę przy użyciu natywnego sterownika drukarki systemu operacyjnego. Uwaga: to polecenie jest
nie jest jeszcze obsługiwany w systemach UNIX lub VMS. Ma on na celu wykorzystanie Microsoftu
Sterowniki drukarek dla systemów Windows i Apple Macintosh. Umożliwia to na przykład tworzenie obrazów
drukowane bezpośrednio na drukarce igłowej.

Używając RasMol w systemie UNIX lub VMS, tę funkcjonalność można osiągnąć poprzez
albo wygeneruj plik PostScript przy użyciu RasMol napisać ps or napisać vectps
poleceń i wydrukować je lub wygenerować plik obrazu rastrowego i użyć narzędzia do
zrzuć to do lokalnej drukarki.

porzucić Wyjdź z programu RasMol. Polecenia RasMol wyjście i porzucić są synonimami,
z wyjątkiem zagnieżdżonych skryptów. W tym wypadku, wyjście kończy tylko prąd
poziom, podczas gdy porzucić kończy wszystkie zagnieżdżone poziomy skryptów.

Rekord RasMol rekord polecenie określa nośnik zapisu, na którym będzie przechowywany film. Od
pracujemy na komputerach, nośnik jest określony jako szablon dla zestawu
plików, każdy oznaczony czasem rozpoczęcia klatki odtwarzania w milisekundach (a nie
jako sekundy, aby uniknąć wstawiania przecinka dziesiętnego) jako część nazwy. Miejsce w
nazwa, która ma zostać zastąpiona czasem rozpoczęcia klatki odtwarzania w milisekundach to
oznaczone znakami „sssss” z odpowiednią liczbą cyfr. RasMol
akceptuje wielkie lub małe litery „s” lub cyfry dziesiętne w celu oznaczenia miejsca „
czas. Polecenia wyłączenia nagrywania usuwają określony nośnik z użycia. Jeśli nie ma środka
jest określone, nagrywanie wyłączone zawiesza nagrywanie, a nagrywanie włączone wznawia nagrywanie za pomocą
następnym dostępnym czasie na tym samym nośniku. Domyślnym nośnikiem jest ekran i
jest domyślnie włączona. Zapis na dysku musi być jawnie określony, aby plik disc
nie napełnia się przypadkowo. Rodzaj nośnika zapisu może być
typ obrazu, taki jak gif, pict lub png, aby zapisać rzeczywiste obrazy ekranu lub skrypt
zapisz polecenia RasMol użyte do wygenerowania ramek.

Zwykle nagrywanie rozpoczyna się w momencie rozpoczęcia klatki odtwarzania wynoszącym 0 sekund. Niezerowy
Czas rozpoczęcia w sekundach można określić za pomocą rekord od polecenie jak w rekord
od 25 or rekord od 37.25 pomoc w organizowaniu scen z filmów do montażu
później w odpowiedniej kolejności. The rekord aż do polecenie pozwala na górny limit
ustawić czas nagrywania w sekundach. Domyślnie nie ma limitu. Wydawanie
Polecenia

rekord od 600

rekord aż do 1800

spowodowałoby 20-minutowy segment filmu, który miał zaczynać się 10 minut później
dłuższy film. Polecenia te umożliwiają kontrolę nad zapisaniem wybranych odcinków czasu.

Odśwież kod
RasMol Odśwież polecenie przerysowuje bieżący obraz. Jest to przydatne w skryptach do
zapewnić zastosowanie złożonej listy zmian parametrów.

Zmień numerację
RasMol przenumerować polecenie sekwencyjnie numeruje reszty w makrocząsteczce
łańcuch. Opcjonalny parametr określa wartość pierwszej reszty w pliku
sekwencja. Domyślnie ta wartość to jeden. W przypadku białek każdy aminokwas jest ponumerowany
kolejno od końca N do końca C. W przypadku kwasów nukleinowych każda zasada
jest ponumerowany od końca 5' do końca 3'. Wszystkie łańcuchy w nurcie
bazy danych zostaną ponownie ponumerowane, a luki w oryginalnej sekwencji zostaną zignorowane. Rozpoczęcie
wartość numeracji może być ujemna.

Zresetuj RasMol zresetuj polecenie przywraca pierwotną transformację widoku i środek
obrót. Skala jest ustawiona na wartość domyślną, zoom 100, środek obrotu
jest ustawiony na środek geometryczny aktualnie obciążonej cząsteczki, centrum erta i efekt końcowy przerosły oczekiwania klienta. to
środek zostaje przesunięty na środek ekranu, a punkt widzenia ustawiony na
domyślna orientacja.

Tego polecenia nie należy mylić z RasMol zastrzelić polecenie, które usuwa
aktualnie przechowywana cząsteczka, przywracając program do stanu początkowego.

ograniczać
RasMol ograniczać polecenie oba definiuje aktualnie wybrany region pliku
cząsteczki i uniemożliwia reprezentację (większości) tych części cząsteczki
nie jest już wybrany. Wszystkie kolejne polecenia RasMol modyfikujące kolor cząsteczki
lub reprezentacja wpływa tylko na aktualnie wybrany region. Parametr a
ograniczać polecenie jest wyrażeniem atomu RasMol, które jest oceniane dla każdego atomu
obecną cząsteczkę. To polecenie jest bardzo podobne do RasMol wybierać Komenda,
z wyjątkiem ograniczać wyłącza model szkieletowy, wypełnienie przestrzeni i kręgosłup reprezentacje w
niewybrany region.

Wpisz „wyrażenie pomocy”, aby uzyskać więcej informacji na temat wyrażeń atomów RasMol lub zobacz
Sekcja Atom Wyrażenia.

Wstążki
RasMol wstążki polecenie wyświetla aktualnie załadowane białko lub kwas nukleinowy jako
gładka, stała powierzchnia „wstążki” przechodząca wzdłuż szkieletu białka. The
wstęga jest przeciągana pomiędzy każdym aminokwasem, którego węgiel alfa jest aktualnie wybrany.
Kolor wstążki zmienia się za pomocą RasMol kolor wstążka Komenda. Jeśli
obecny kolor wstążki to Żaden (domyślnie), kolor jest pobierany z alfa
węgiel w każdym miejscu na swojej długości.

Szerokość wstęgi w każdej pozycji jest określana przez opcjonalny parametr in
zwykłe jednostki RasMol. Domyślnie szerokość wstążki jest pobierana z pliku
drugorzędowa struktura białka lub stała wartość 720 (2.88 Angstremów).
kwasy nukleinowe. Domyślna szerokość helis alfa i arkuszy beta białek wynosi 380
(1.52 Angstremów) i 100 (0.4 Angstremów) dla zwojów i cewki losowej. Drugorzędne
przypisanie struktury pochodzi z pliku PDB lub jest obliczane przy użyciu DSSP
algorytm używany przez Komenda. To polecenie jest podobne do RasMol
komenda pasma co sprawia, że ​​wstęga biomolekularna jest równoległa ze wskazówką głębi
Krzywe.

Obrót Obróć cząsteczkę wokół określonej osi. Dopuszczalne wartości dla osi
parametrami są „x”, „y”, „z” i „bond”. Parametr całkowity określa kąt w
stopni, aby konstrukcja została obrócona. Dla osi X i Y przesuwają się wartości dodatnie
najbliższy punkt w górę i w prawo, a wartości ujemne przesuwają go w dół i w lewo,
odpowiednio. W przypadku osi Z dodatni obrót działa zgodnie z ruchem wskazówek zegara i ujemny
kąt w kierunku przeciwnym do ruchu wskazówek zegara.

Alternatywnie, tego polecenia można użyć do określenia, jakie obroty ma wykonać mysz
pokrętła będą sterować. Jeśli obracać obligacja prawdziwy jest zaznaczone, poziomy pasek przewijania
będzie kontrolować obrót wokół osi wybranej przez obligacja src dst wybierać dowództwo.
If obracać cała kolekcja prawdziwy wybrano i załadowano wiele cząsteczek, a następnie wszystkie
cząsteczki będą się obracać razem. We wszystkich innych przypadkach mysz i pokrętła sterują
obrót cząsteczki wybranej przez cząsteczka n dowództwo.

Rosyjski
RasMol Rosyjski polecenie ustawia menu i komunikaty na wersje rosyjskie.

To polecenie może nie działać poprawnie, jeśli nie zostaną zainstalowane odpowiednie czcionki.
Polecenia Bułgarski, Chiński, Język angielski, Francuski, Włoski, Rosyjski i hiszpański może
być używany do wyboru bułgarskiego, chińskiego, angielskiego, francuskiego, włoskiego, japońskiego, rosyjskiego
oraz menu i komunikaty w języku hiszpańskim, jeśli zainstalowano odpowiednie czcionki.

Zapisz Zapisz aktualnie wybrany zestaw atomów w banku danych białkowych (PDB), MDL,
Plik w formacie Alchemy(tm) lub XYZ. Różnica między tym poleceniem a
RasMol napisać polecenie zostało usunięte. Jedyna różnica polega na tym, że bez formatu
specyfikator zapisać polecenie generuje a PDB plik i napisać polecenie generuje a
GIF obraz.

Scenariusz RasMol scenariusz polecenie odczytuje sekwencyjnie zestaw poleceń RasMol z tekstu
plik i wykonuje je. Umożliwia to tworzenie sekwencji często używanych poleceń
przechowywane i wykonywane za pomocą jednego polecenia. Plik skryptu RasMol może zawierać dalsze
polecenie skryptu do maksymalnej „głębokości” 10, umożliwiające skomplikowane sekwencje
czynności do wykonania. RasMol ignoruje wszystkie znaki po pierwszym znaku „#”.
w każdym wierszu, umożliwiając opisywanie skryptów. Często są to również pliki skryptów
z adnotacjami za pomocą RasMol przegapić dowództwo.

Najpopularniejszym sposobem generowania pliku skryptu RasMol jest użycie napisać scenariusz or
napisać rasmol polecenia, aby wyprowadzić sekwencję poleceń, które są potrzebne
zregenerować bieżący widok, reprezentację i kolorystykę bieżącego
wyświetlana cząsteczka.

Polecenie RasMol źródło jest synonimem scenariusz dowództwo.

Wybierz Zdefiniuj aktualnie wybrany region cząsteczki. Wszystkie kolejne RasMol
polecenia, które manipulują cząsteczką lub modyfikują jedynie jej kolor lub reprezentację
wpływają na aktualnie wybrany region. Parametr a wybierać polecenie to RasMol
wyrażenie, które jest oceniane dla każdego atomu bieżącej cząsteczki. Obecnie
wybrany (aktywny) region cząsteczki to te atomy, które powodują ekspresję
ocenić prawdę. Aby wybrać całą cząsteczkę użyj polecenia RasMol wybierać wszystko.
Zachowanie wybierać polecenie bez żadnych parametrów jest określane przez
RasMol hetero i Uwodornienia parametry.

Wpisz „wyrażenie pomocy”, aby uzyskać więcej informacji na temat wyrażeń atomów RasMol lub zobacz
Sekcja Atom Wyrażenia.

Zestaw RasMol zestaw polecenie pozwala użytkownikowi zmieniać różne wewnętrzne parametry programu
takie jak te sterujące opcjami renderowania. Każdy parametr ma swój własny zestaw lub
dopuszczalne opcje parametrów. Zwykle pominięcie opcji parametru resetuje to
parametru do wartości domyślnej. Poniżej znajduje się lista prawidłowych nazw parametrów.

Pokazać RasMol pokazać polecenie wyświetla szczegóły statusu aktualnie załadowanego
cząsteczka. Komenda pokazać Informacja wymienia nazwę cząsteczki, klasyfikację,
Kod PDB i liczba zawartych w nim atomów, łańcuchów i grup. Jeżeli wiązanie wodorowe
określono liczbę mostków dwusiarczkowych lub struktury drugorzędowej
Wyświetlane są również odpowiednio hbonds, ssbonds, helisy, drabiny i zakręty. The
komenda pokazać centrum pokazuje wszelkie niezerowe wartości centrowania wybrane przez centrum
[CenX, CenY, CenZ] Komenda. Komenda pokazać phisi pokazuje kąty phi i psi
aktualnie wybrane reszty i kąty omega wiązań peptydowych cis. The
komenda pokazać RamPrint (lub „pokaż RPP” lub „pokaż RamachandranPrinterPlot”) pokazuje a
prosta fabuła drukarki Ramachandran w stylu fisipl Frances Bernstein
program. Komenda pokazać rotacja (lub „pokaż rot” lub „pokaż „obróć”) pokazuje
aktualnie wybrane wartości z, y, x i rotacji wiązań, jeśli występują. Komenda pokazać
wybrany (lub „pokaż wybraną grupę” lub „pokaż wybraną sieć” lub „pokaż wybrane
atom' ) pokazuje grupy (domyślnie), łańcuchy lub atomy bieżącego zaznaczenia. The
komenda pokazać sekwencja wymienia reszty składające się na każdy łańcuch cząsteczki.
Komenda pokazać symetria pokazuje grupę przestrzenną i komórkę elementarną cząsteczki. The
komenda pokazać tłumaczenie pokazuje dowolne niezerowe wartości translacji wybrane przez
tłumaczyć Komenda. Komenda pokazać zoom pokazuje dowolne niezerowe powiększenie
wartość wybrana przez zoom dowództwo.

Płyta RasMol płyta polecenie włącza, wyłącza lub ustawia płaszczyznę przycinającą Z
cząsteczka. Program rysuje tylko te części cząsteczki, które są dalej
od widza niż płaszczyzna płyty. Wartości całkowite wahają się od zera w punkcie
bardzo z tyłu cząsteczki do 100, która znajduje się całkowicie przed cząsteczką.
Wartości pośrednie określają procent cząsteczki, który ma zostać pobrany.

To polecenie współdziała z głębokość polecenie, które przypina się do tyłu pliku a
daną płaszczyznę przycinającą Z.

Wypełnienie przestrzeni
RasMol wypełnienie przestrzeni polecenie służy do reprezentowania wszystkich aktualnie wybranych
atomy jako stałe kule. To polecenie służy do tworzenia zarówno sumy sfer, jak i
kulkowe modele cząsteczki. Komenda, wypełnienie przestrzeni prawda, domyślny,
przedstawia każdy atom jako kulę o promieniu van der Waalsa. Komenda wypełnienie przestrzeni
poza wyłącza reprezentację wybranego atomu jako kul. Promień kuli
można określić jako liczbę całkowitą w jednostkach RasMol (1/250 Angstroma) lub wartość
zawierający kropkę dziesiętną. Wartość 500 (2.0 Angstremów) lub większa skutkuje a
Błąd „Wartość parametru jest zbyt duża”.

Kurs temperatura Opcja ustawia promień każdej kuli na wartość zapisaną w jej
pole temperatury. Wartości zerowe lub ujemne nie mają żadnego wpływu, a wartości większe niż
2.0 są obcinane do 2.0. The użytkownik opcja pozwala na określenie promienia każdej kuli
określony przez dodatkowe linie w pliku PDB cząsteczki przy użyciu opcji COLOR Raster 3D
przedłużenie rekordu.

Polecenie RasMol CPK jest synonimem wypełnienie przestrzeni dowództwo.

Polecenie RasMol cp wiedział jest synonimem wypełnienie przestrzeni polecenie, z tą różnicą, że a
zastosowano nieco inny zestaw kolorów.

hiszpański
RasMol hiszpański polecenie ustawia menu i komunikaty na wersje hiszpańskie.

To polecenie może nie działać poprawnie, jeśli nie zostaną zainstalowane odpowiednie czcionki.
Polecenia Bułgarski, Chiński, Język angielski, Francuski, Włoski, Rosyjski i hiszpański może
być używany do wyboru bułgarskiego, chińskiego, angielskiego, francuskiego, włoskiego, japońskiego, rosyjskiego
oraz menu i komunikaty w języku hiszpańskim, jeśli zainstalowano odpowiednie czcionki.

SSBobligacje
RasMol ssbondy polecenie służy do reprezentowania mostków dwusiarczkowych
cząsteczka białka w postaci linii przerywanych lub cylindrów pomiędzy połączonymi
cysteiny. Po raz pierwszy ssbondy zostanie użyte polecenie, program wyszukuje
strukturę białka w celu znalezienia par półcystein (cysteiny, których siarki
znajdują się w odległości 3 Angstremów od siebie) i zgłasza liczbę mostów do
użytkownik. Komenda ssbondy on wyświetla wybrane „wiązania” jako linie przerywane, a
komenda ssbondy poza wyłącza wyświetlanie wiązań w aktualnie wybranym obszarze.
Dobór mostków dwusiarczkowych jest identyczny jak w przypadku normalnych wiązań i można go regulować
za pomocą RasMola zestaw tryb wiązania Komenda. Kolor wiązań dwusiarczkowych może być
zmieniono za pomocą kolor ssbondy Komenda. Domyślnie każde wiązanie dwusiarczkowe ma
kolory połączonych atomów.

Domyślnie wiązania dwusiarczkowe są rysowane pomiędzy atomami siarki w cysteinie
grupy. Korzystając z zestaw ssbondy kontrolować pozycję alfa cysteiny
Zamiast tego można zastosować węgle.

Gwiazda RasMol gwiazda polecenie służy do reprezentowania wszystkich aktualnie wybranych atomów jako
gwiazdki (sześć kresek, po jednej w kierunkach x, -x, y, -y, z i -z). The
Polecenia wybierać nie wolnocłowy następnie gwiazda 75 są przydatne do oznaczania niezwiązanych atomów
a wireframe wyświetlanie przy mniejszym obciążeniu niż zapewniane przez wypełnienie przestrzeni 75. To może być
wykonywane automatycznie dla wszystkich kolejnych wyświetleń modelu szkieletowego za pomocą polecenia zestaw
tryb wiązania nie wolnocłowy.

Komenda gwiazda prawda, domyślnie przedstawia każdy atom jako gwiazdę z kreskami
długość równa promieniowi van der Waalsa. Komenda gwiazda poza wyłącza
reprezentacja wybranego atomu w postaci gwiazd. Można określić długość skoku gwiazdy
jako liczba całkowita w jednostkach RasMol (1/250 Angstroma) lub wartość zawierająca ułamek dziesiętny
punkt. Wartość 500 (2.0 Angstremów) lub większa powoduje wyświetlenie komunikatu „Również wartość parametru
duży" błąd.

Kurs temperatura Opcja ustawia długość skoku każdej gwiazdy na wartość zapisaną w
jego pole temperaturowe. Wartości zerowe lub ujemne nie mają żadnego wpływu, a wartości większe
niż 2.0 są obcinane do 2.0. The użytkownik Opcja pozwala na długość skoku każdego z nich
gwiazda ma być określona przez dodatkowe linie w pliku PDB cząsteczki przy użyciu funkcji Raster
Rozszerzenie rekordu COLOR firmy 3D.

RasMol wypełnienie przestrzeni polecenia można użyć do bardziej artystycznego renderowania atomów jako
kule.

Stereofoniczny RasMol stereofoniczny Polecenie zapewnia stereofoniczne wyświetlanie obrazów obok siebie. Stereofoniczny
przeglądanie cząsteczki można włączyć (i wyłączyć) poprzez wybranie Stereofoniczny od
dotychczasowy Opcje menu lub wpisując polecenia stereofoniczny on or stereofoniczny poza.

Począwszy od wersji RasMol 2.7.2.1, Stereofoniczny wybór menu i polecenie
stereofoniczny bez argumentów cykl od stanu początkowego stereofoniczny poza do stereofoniczny on in
tryb zeza do stereofoniczny on w trybie Wall-Eye, a następnie z powrotem do stereofoniczny poza.

Kąt separacji pomiędzy dwoma widokami można regulować za pomocą zestaw stereofoniczny [-]
polecenie, gdzie wartości dodatnie powodują zeza, a ujemne
wartości podczas oglądania zrelaksowanego (ze łzami w oczach). Włączenie [-] stereofoniczny
polecenie, jak np stereofoniczny 3 or stereofoniczny -5, kontroluje również kąt i
kierunek.

Polecenie stereo zostało zaimplementowane tylko częściowo. Po włączeniu stereo,
obraz nie jest prawidłowo wycentrowany. (Można to zrobić za pomocą a tłumaczyć x -
polecenie.) Nie jest obsługiwane w wektorowych plikach wyjściowych PostScript, nie jest zapisywane przez
dotychczasowy napisać scenariusz polecenia i ogólnie rzecz biorąc, nie ma jeszcze odpowiedniego interfejsu
kilka innych funkcji programu.

Pasma
RasMol pasma polecenie wyświetla aktualnie załadowane białko lub kwas nukleinowy jako
gładka „wstążka” krzywizn o głębi, przechodząca wzdłuż szkieletu białka.
Wstążka składa się z szeregu pasm, które biegną równolegle do siebie
wzdłuż płaszczyzny peptydowej każdej reszty. Wstążka jest przeciągnięta pomiędzy każdą grupą aminową
kwas, którego węgiel alfa jest obecnie wybrany. Kolor wstążki zostanie zmieniony
przez RasMol kolor wstążka Komenda. Jeśli bieżący kolor wstążki to Żaden (
domyślnie), kolor jest pobierany z węgla alfa w każdej pozycji wzdłuż jego
długość. Pasmo środkowe i najbardziej zewnętrzne można kolorować niezależnie za pomocą
kolor wstążka1 i kolor wstążka2 polecenia, odpowiednio. Liczba pasm w
wstążkę można zmienić za pomocą programu RasMol zestaw pasma dowództwo.

Szerokość wstęgi w każdej pozycji jest określana przez opcjonalny parametr in
zwykłe jednostki RasMol. Domyślnie szerokość wstążki jest pobierana z pliku
struktura drugorzędowa białka lub stała wartość 720 dla kwasów nukleinowych
(co daje wstęgę o szerokości 2.88 Angstremów). Domyślna szerokość białka alfa
helisy i arkusze beta wynoszą 380 (1.52 angstremów) i 100 (0.4 angstremów) na tury
i losowa cewka. Przypisanie struktury wtórnej pochodzi z pliku PDB lub
obliczone przy użyciu algorytmu DSSP stosowanego przez Komenda. To polecenie
jest podobne do polecenia RasMol wstążki co sprawia, że ​​​​wstęga biomolekularna jest a
gładka, zacieniona powierzchnia.

Structure
RasMol polecenie oblicza przypisania struktury drugorzędnej dla
aktualnie załadowane białko. Jeśli oryginalny plik PDB zawierał przypisanie strukturalne
rekordy (HELIX, SHEET i TURN) są one odrzucane. Początkowo wiązania wodorowe
obecnej cząsteczki, jeśli jeszcze tego nie zrobiono. Drugorzędne
Następnie określa się strukturę za pomocą algorytmu DSSP Kabscha i Sandera. Raz
po zakończeniu programu raportuje liczbę znalezionych helis, pasm i zwojów.

Powierzchnia
RasMol powierzchnia polecenie renderuje powierzchnię molekularną Lee-Richardsa wynikającą z
nawijanie atomu sondy na wybrane atomy. Podana wartość określa promień
sondy. Jeśli jest podana w pierwszej formie, ewolucja powierzchni sondy
pokazano (powierzchnia pozbawiona rozpuszczalnika). Jeżeli podano w drugiej formie, koperta
pokazana jest pozycja środka sondy (dostępny rozpuszczalnik
powierzchnia).

Wyśledzić RasMol wyśledzić polecenie wyświetla gładki splajn pomiędzy kolejnymi węglami alfa
pozycje. Ten splajn nie przechodzi dokładnie przez pozycję węgla alfa
każdą resztę, ale podąża tą samą ścieżką co wstążki, pasma i bajki. Note
że pozostałości mogą być wyświetlane jako wstążki, pasma, kreskówki lub śladowych.
Włączenie jednej z tych reprezentacji wyłącza pozostałe. Jednakże pozostałości mogą
być wyświetlane jednocześnie jako szkielet i jako jedna z powyższych reprezentacji.
Może się to zmienić w przyszłych wersjach RasMol. Przed wersją 2.6 wyśledzić była
synonimem kręgosłup.

Wyśledzić temperatura wyświetla szkielet jako szerszy cylinder w wysokiej temperaturze
czynników i cieńszy na niższym poziomie. Ta reprezentacja jest przydatna w przypadku promieni rentgenowskich
krystalografowie i spektroskopiści NMR.

Tłumacz
RasMol tłumaczyć polecenie przesuwa położenie środka cząsteczki dalej
ekran. Parametr osi określa, wzdłuż której osi ma znajdować się cząsteczka
przesunięty, a parametr integer określa bezwzględną pozycję cząsteczki
środek od środka ekranu. Dozwolone wartości parametru osi to
„x”, „y” i „z”. Wartości przemieszczenia muszą mieścić się w przedziale od -100 do 100
odpowiadają przeniesieniu bieżącej cząsteczki tuż poza ekran. Pozytywne „x”
przemieszczenie przesuwa cząsteczkę w prawo, a przemieszczenie dodatnie „y” przesuwa się
cząsteczkę w dół ekranu. Para poleceń tłumaczyć x 0 i tłumaczyć y 0
centruje cząsteczkę na ekranie.

Rozwiąż więź Polecenie RasMol rozłączyć usuwa wyznaczone wiązanie z
rysunek.

Komenda rozłączyć bez argumentów usuwa wiązanie wcześniej wybrane przez obligacja
wybierać dowództwo.

Model szkieletowy
RasMol wireframe polecenie reprezentuje każde wiązanie w wybranym regionie
cząsteczkę jako cylinder, linię lub wektor wskazujący głębię. Wyświetlanie obligacji jako
wektory ze wskazówką głębi (rysowane ciemniejsze w miarę oddalania się od widza) jest włączone przez
Komenda wireframe or wireframe jeden. Wybrane obligacje są wyświetlane jako
cylindry, określając promień jako liczbę całkowitą w jednostkach RasMol lub zawierający
przecinek dziesiętny jako wartość w Angstremach. Wartość parametru 500 (2.0 Angstremów)
lub wyższa powoduje błąd „Wartość parametru jest zbyt duża”. Obligacje mogą być kolorowe
używając kolor więzy dowództwo.

Jeśli wybrane wiązania obejmowały atomy alternatywnych konformerów, to wiązania tak
zwężony w środku do promienia 8 określonego promienia (lub do promienia
określony jako opcjonalny drugi parametr).

Niezwiązane atomy, które mogą stać się niewidoczne w zwykłym wireframe wyświetlacz może
być oznaczone poprzedzającym zestaw tryb wiązania nie wolnocłowy Komenda. Jeśli prawie współliniowy
wiązania z atomami powodują, że są one trudne do zobaczenia na wyświetlaczu szkieletowym, zestaw
tryb wiązania cała kolekcja polecenie doda znaczniki dla cała kolekcja atomy w kolejnych wireframe komenda
egzekucje.

Pisać Zapisz bieżący obraz do pliku w standardowym formacie. Aktualnie obsługiwany obraz
formaty plików obejmują bmp (mapa bitowa Microsoft) i gif (Compuserve GIF), irys (IRYS
RGB), ppm (Przenośna Pixmapa), ras (plik rastrowy Sun), ps i epsf (Zamknięte
Postscriptum), monopy (Monochromatyczny, enkapsulowany PostScript), pict (Jabłko PICT), vectps
(Postscriptum wektorowe). The napisać polecenie może być również użyte do wygenerowania polecenia
skrypty dla innych programów graficznych. Format scenariusz zapisuje plik zawierający
RasMol scenariusz polecenia umożliwiające odtworzenie bieżącego obrazu. Format molscript
zapisuje polecenia wymagane do renderowania bieżącego widoku cząsteczki jako
wstążki w programie Molscript Pera Kraulisa i formacie kinemaż polecenia dla
Program Davida Richardsona Mage. Poniższe formaty są przydatne w dalszym ciągu
przetwarzanie: Povray (POVRay 2), powraj3 (POVRay 3 – w fazie rozwoju), vrml (VRML
plik). Na koniec dostępnych jest kilka formatów dostarczających dane phi-psi do umieszczania na liście
lub phisi (dane phi-psi jako lista z adnotacjami z omegami cis), raman i RDF
i Plik danych Ramachandran (dane phi-psi jako kolumny liczb dla gnuplot), RPP i
RamachandranPrinterPlot (dane phi-psi jako wykres drukarkowy).

Różnica między tym poleceniem a plikiem RasMol zapisać polecenie zostało usunięte.
Jedyna różnica polega na tym, że bez specyfikatora formatu plik zapisać polecenie generuje a
PDB plik i napisać polecenie generuje a GIF obraz.

Zap Usuwa zawartość bieżącej bazy danych i resetuje zmienne parametrów do
ich początkowy stan domyślny.

Powiększenie Zmień powiększenie aktualnie wyświetlanego obrazu. Parametry logiczne
albo powiększ, albo zresetuj skalę bieżącej cząsteczki. Parametr całkowity
określa żądane powiększenie jako procent skali domyślnej. The
minimalna wartość parametru wynosi 10; maksymalna wartość parametru zależy od
wielkość wyświetlanej cząsteczki. W przypadku białek średniej wielkości jest to około 500.

SET PARAMETRY

RasMol posiada szereg wewnętrznych parametrów, które można modyfikować za pomocą zestaw dowództwo.
Parametry te kontrolują wiele opcji programu, takich jak opcje renderowania i mysz
mapowania przycisków.

wybieranie play.fps promień record.aps

Zestaw Rozproszone
RasMol otoczenia Parametr służy do kontrolowania ilości otoczenia (lub
otaczające) światło w scenie. The otoczenia wartość musi mieścić się w przedziale od 0 do 100. It
kontroluje procentową intensywność najciemniejszego odcienia obiektu. Dla ciała stałego
obiektu, jest to intensywność powierzchni skierowanych w stronę przeciwną do źródła światła lub do środka
cień. W przypadku obiektów ze wskaźnikiem głębi jest to intensywność obiektów znajdujących się najdalej od obiektu
widz.

Ten parametr jest powszechnie używany do korekcji dla monitorów o różnych parametrach „gamma”.
wartości” (jasność), aby zmienić stopień jasności obrazu drukowanego, kiedy
drukowane lub aby zmienić wrażenie głębi w przypadku przedstawień szkieletowych lub wstążkowych.

Zestaw Osie
RasMol osie Parametr steruje wyświetlaniem ortogonalnych osi współrzędnych na ekranie
bieżący wyświetlacz. Osie współrzędnych to te używane w pliku danych cząsteczki, oraz
początek jest środkiem obwiedni cząsteczki. The zestaw osie polecenie jest
podobne do poleceń zestaw pudełko powiązane i zestaw komórka jednostkowa wyświetlające obwiednię
i odpowiednio krystalograficzna komórka elementarna.

Zestaw Zanikanie wstecz
RasMol zanikanie Parametr służy do kontrolowania wyciszenia do określonego
kolor tła, a nie czarny. Jest to kontrolowane za pomocą poleceń zestaw
zanikanie on i zestaw zanikanie poza. Można to na przykład wykorzystać do wygenerowania głębokości
sygnalizowane obrazy, które blakną do bieli, a nie czerni.

Zestaw Tło
RasMol tło parametr służy do ustawienia koloru „płótna”
tło. Kolor może być podany jako nazwa koloru lub oddzielona przecinkiem
potrójna składowa koloru czerwonego, zielonego i niebieskiego (RGB) ujęta w nawiasy kwadratowe. Wpisując
komenda pomoc kolory wyświetli listę predefiniowanych nazw kolorów rozpoznawanych przez
RasMol. Działając pod X Windows, RasMol rozpoznaje również kolory w X
baza danych nazw kolorów serwera.

Komenda zestaw tło jest równoznaczne z poleceniem RasMol tło.

Zestaw Tryb Bonda
RasMol zestaw tryb wiązania polecenie steruje mechanizmem używanym do wybierania poszczególnych osób
wiąże i modyfikuje wyświetlanie związanych i niezwiązanych atomów według kolejnych
wireframe Polecenia.

Podczas korzystania z wybierać i ograniczać poleceń, dana więź zostanie wybrana, jeśli i)
tryb wiązania jest or i wybrany jest którykolwiek z połączonych atomów, lub ii)
tryb wiązania jest i i wybierane są oba atomy połączone wiązaniem. Stąd
poszczególne wiązanie można jednoznacznie zidentyfikować za pomocą polecenia zestaw tryb wiązania i
a następnie jednoznacznie wybierając atomy na obu końcach.

Kurs tryb wiązania [Wszystko | Żaden | nie wolnocłowy] polecenia dodaj gwiazda 75 or wypełnienie przestrzeni 75 markery
dla wyznaczonych atomów wireframe wyświetla. Gwiazdki są używane, gdy określono
promień modelu szkieletowego wynosi zero.

Zestaw Więzy
RasMol więzy Parametr służy do kontrolowania wyświetlania wiązań podwójnych i potrójnych jako
wiele linii lub cylindrów. Obecnie zlecenia obligacji odczytywane są wyłącznie z MDL Mol
pliki, pliki w formacie Sybyl Mol2, pliki w formacie Tripos Alchemy, CIF i mmCIF oraz
odpowiednie pliki PDB. Wiązania podwójne (i potrójne) są określone w niektórych plikach PDB według
dwukrotne (i trzykrotne) określenie danej obligacji w zapisach CONECT. Komenda
zestaw więzy on umożliwia wyświetlenie zleceń obligacji i polecenia zestaw więzy poza
wyłącza je.

Zestaw Związane pudełko
RasMol pudełko powiązane Parametr steruje wyświetlaniem aktualnej cząsteczki
obwiednię na wyświetlaczu. Obwiednia jest prostopadła do pliku danych
oryginalne osie współrzędnych. The zestaw pudełko powiązane polecenie jest podobne do poleceń zestaw
osie i zestaw komórka jednostkowa które wyświetlają ortogonalne osie współrzędnych i obwiednię,
odpowiednio.

Zestaw Styl kreskówki
RasMol rysunek Parametr służy do kontrolowania wyświetlania wersji kreskówkowej
dotychczasowy wstążki wyświetlacz. Domyślnie C-końce arkuszy beta są wyświetlane jako
groty strzałek. Można to włączyć i wyłączyć za pomocą zestaw kreskówki
Komenda. Głębokość kreskówki można regulować za pomocą przycisku kreskówki
Komenda. Plik zestaw kreskówki polecenie bez żadnych parametrów zwraca te dwie opcje
do
ich wartości domyślne.

Zestaw CisKąt
RasMol ciskąt parametr kontroluje kąt odcięcia dla identyfikacji peptydu cis
obligacje. Jeśli nie zostanie podana żadna wartość, odcięcie zostanie ustawione na 90 stopni.

Zestaw Wyświetlacz
To polecenie kontroluje tryb wyświetlania w RasMol. Domyślnie, zestaw pokaz
normalny RasMol wyświetla cząsteczkę w reprezentacji określonej przez użytkownika.
Komenda zestaw pokaz wybrany zmienia tryb wyświetlania tak, że cząsteczka jest
narysowane tymczasowo, aby wskazać aktualnie wybraną część cząsteczki. The
określony przez użytkownika schemat kolorów i sposób ich przedstawienia pozostają niezmienione. W tym
reprezentacja wszystkie wybrane atomy są pokazane na żółto, a wszystkie niewybrane atomy
są pokazane na niebiesko. Zmieniono także kolor tła na ciemnoszary
sygnalizować zmianę trybu wyświetlania. To polecenie jest zwykle używane tylko przez
zewnętrzne graficzne interfejsy użytkownika (GUI).

Zestaw Rozmiar czcionki
RasMol zestaw rozmiar czcionki polecenie służy do kontrolowania rozmiaru znaków
tworzą etykiety atomów. Wartość ta odpowiada wysokości wyświetlanego znaku
w pikselach. Maksymalna wartość rozmiar czcionki wynosi 48 pikseli, a wartość domyślna to 8
wysokość pikseli. Można wybrać odstępy stałe lub proporcjonalne, dodając „FS”
lub odpowiednio modyfikatory „PS”. Wartość domyślna to „FS”. Aby wyświetlić etykiety atomów
na ekranie użyj RasMol etykieta polecenie i zmienić kolor wyświetlanych informacji
etykiet, użyj kolor Etykiety dowództwo.

Zestaw Obrys czcionki
RasMol zestaw pociągnięcie czcionki polecenie służy do kontrolowania rozmiaru szerokości obrysu
znaków tworzących etykiety atomów. Ta wartość to promień w pikselach
cylindry używane do formowania uderzeń. Domyślnie używana jest specjalna wartość „0”.
dla normalnej szerokości obrysu pojedynczego piksela, co pozwala na szybkie rysowanie i
obrót obrazu. Podano wartości niezerowe, aby umożliwić bardziej artystyczne działanie
etykiety atomów do publikacji kosztem dodatkowego czasu na renderowanie obrazu.

W przypadku stosowania szerszych pociągnięć zaleca się większy rozmiar czcionki, np. poprzez użycie
RasMol zestaw rozmiar czcionki 24 PS polecenie, a następnie zestaw pociągnięcie czcionki 2

Aby wyświetlić etykiety atomów na ekranie, użyj narzędzia RasMol etykieta polecenie i zmienić
kolor wyświetlanych etykiet użyj kolor Etykiety dowództwo.

Zestaw HBonds
RasMol obligacje Parametr określa, czy pomiędzy
atomy donora i akceptora wiązania wodorowego, zestaw obligacje łańcuch boczny lub między
atomy węgla alfa w szkielecie białka i pomiędzy atomami fosforu
szkielet kwasu nukleinowego, zestaw obligacje kręgosłup. Rzeczywiste wyświetlanie wiązań wodorowych
kontroluje obligacje Komenda. Rysowanie wiązań wodorowych pomiędzy białkiem alfa
węgle lub atomy fosforu kwasu nukleinowego są przydatne, gdy reszta cząsteczki
jest pokazany jedynie w formie schematycznej, np kręgosłup, wstążki or nici.
Ten parametr jest podobny do RasMol ssbondy parametr.

Zestaw Hetero
RasMol hetero Parametr służy do modyfikowania „domyślnego” zachowania RasMol
wybierać polecenie, czyli zachowanie wybierać bez żadnych parametrów. Kiedy to
wartosc jest fałszywy, domyślny wybierać region nie zawiera żadnych heterogenicznych atomów
(patrz predefiniowany zestaw hetero ). Kiedy ta wartość jest prawda, domyślny wybierać
region może zawierać heteroatomy. Ten parametr jest podobny do RasMol Uwodornienia
parametr określający, czy atomy wodoru powinny być uwzględnione domyślnie
ustawić. Jeśli oba hetero i Uwodornienia jest prawda, wybierać bez żadnych parametrów jest
równoważny wybierać wszystko.

Zestaw Klepsydra
RasMol klepsydra Parametr umożliwia użytkownikowi włączenie i wyłączenie korzystania z
Kursor „klepsydry” używany przez RasMol do wskazania, że ​​program jest aktualnie zajęty
rysując następną klatkę. Komenda zestaw klepsydra on włącza wskaźnik, podczas gdy
zestaw klepsydra poza uniemożliwia RasMolowi zmianę kursora. Jest to przydatne, gdy
obracanie cząsteczki, uruchamianie sekwencji poleceń z pliku skryptu lub używanie
komunikacja międzyprocesowa w celu wykonywania złożonych sekwencji poleceń. W tych przypadkach
„migający” kursor może rozpraszać.

Zestaw Wodór
RasMol Uwodornienia Parametr służy do modyfikowania „domyślnego” zachowania pliku
RasMol wybierać polecenie, czyli zachowanie wybierać bez żadnych parametrów. Gdy
ta wartość jest fałszywy, domyślny wybierać region nie zawiera wodoru,
atomy deuteru lub trytu (odnoszą się do predefiniowanego zestawu Uwodornienia ). Kiedy ta wartość
is prawda, domyślny wybierać region może zawierać atomy wodoru. Ten parametr jest
podobny do RasMola hetero parametr określający, czy atomy są heterogeniczne
powinny znaleźć się w zestawie domyślnym. Jeśli oba Uwodornienia i hetero jest prawda, wybierać
bez żadnych parametrów jest równoważne wybierać wszystko.

Zestaw kinemaż
RasMol zestaw kinemaż polecenie kontroluje ilość szczegółów przechowywanych w Kinemage
plik wyjściowy wygenerowany przez RasMol napisać kinemaż Komenda. Kinemat wyjściowy
pliki są przeznaczone do wyświetlania przez program Mage Davida Richardsona. zestaw
kinemaż fałszywy, domyślnie przechowuje tylko aktualnie wyświetlaną reprezentację w
wygenerowany plik wyjściowy. Komenda zestaw kinemaż prawda, generuje bardziej złożone
Kinemage, który zawiera zarówno reprezentacje szkieletowe, jak i szkieletowe
osie współrzędnych, ramkę ograniczającą i komórkę elementarną kryształu.

Zestaw dietetyczne
RasMol zestaw menu polecenie włącza przyciski menu lub pasek menu okna płótna.
To polecenie jest zwykle używane tylko w graficznych interfejsach użytkownika lub do tworzenia plików jako
możliwie duży obraz w przypadku korzystania z systemu Microsoft Windows.

Zestaw Monitorowanie
RasMol zestaw monitor polecenie umożliwia monitory. Etykiety monitora odległości mogą
wyłączyć za pomocą polecenia zestaw monitor poza, i ponownie włączono za pomocą polecenia zestaw
monitor jeden.

Zestaw Mysz
RasMol zestaw mysz polecenie ustawia obrót, translację, skalowanie i powiększanie
wiązania myszy. Wartość domyślna to rasmol który jest odpowiedni dla myszy dwuprzyciskowych
(w przypadku myszy z trzema przyciskami drugi i trzeci przycisk są synonimami); Obrót XY
steruje się pierwszym przyciskiem, a translacją XY drugim. Dodatkowy
funkcjami steruje się poprzez przytrzymanie klawisza modyfikującego na klawiaturze. [Przesunięcie] i
pierwszy przycisk wykonuje skalowanie, [shift], a drugi przycisk wykonuje Z-
obrót i [kontrola], a pierwszy przycisk myszy steruje płaszczyzną przycinającą. The
wgląd i kwanty Opcje zapewniają te same powiązania myszy, co inne pakiety for
doświadczonych użytkowników.

Zestaw Picking
RasMol zestaw zbierając Seria poleceń wpływa na sposób, w jaki użytkownik może wchodzić w interakcję z plikiem
cząsteczka wyświetlana na ekranie w RasMol.

Włączanie/wyłączanie Atom Identyfikacja Owocobranie: Klikanie na atomie myszką
powoduje identyfikację i wyświetlenie nazwy reszty, numeru reszty, atomu
nazwę, numer seryjny atomu i łańcuch w oknie poleceń. Takie zachowanie może być
wyłączone za pomocą polecenia zestaw zbierając Żaden i przywrócony za pomocą polecenia zestaw
zbierając ident. Komenda zestaw zbierając współrzędne dodaje współrzędne atomowe
atom do wyświetlacza.

Wyłączanie pobierania za pomocą zestaw zbierając poza jest przydatny podczas wykonywania pauza
polecenie w skryptach RasMol, ponieważ zapobiega wyświetlaniu fałszywych wiadomości na
wiersza poleceń, gdy skrypt jest zawieszony.

Pomiary Odległości, Angles i Skręty: Interaktywny pomiar odległości,
kąty i skręcenia uzyskuje się za pomocą poleceń: zestaw zbierając odległość zestaw
zbierając wyświetlacz, zestaw zbierając kąt i zestaw zbierając skręcenie, odpowiednio. W tych
trybach, kliknięcie atomu powoduje jego identyfikację za pomocą polecenia rasmol
linia. Dodatkowo każdy wybrany atom zwiększa licznik modulo w taki sposób, że in
tryb odległości, co drugi atom wyświetla odległość (lub monitor odległości)
pomiędzy tym atomem a poprzednim. W trybie kątowym wyświetla się co trzeci atom
kąt między trzema poprzednimi atomami, a w trybie skręcania co czwarty atom
wyświetla skręcanie pomiędzy czterema ostatnimi atomami. Przytrzymując klawisz Shift
podczas wybierania atomu ten licznik modulo nie jest zwiększany i pozwala na
na przykład wyświetlane są odległości kolejnych atomów od nieruchomego atomu. Widzieć
dotychczasowy monitor polecenie sterujące wyświetlaniem linii monitora odległości i
etykiety.

Oznakowanie Atomy w dotychczasowy Mysz: Myszki można także używać do przełączania wyświetlania
etykieta atomu na danym atomie. Polecenie RasMol zestaw zbierając etykieta usuwa etykietę
z wybranego atomu, jeśli już go posiada, lub wyświetla zwięzłą etykietę przy tym atomie
stanowisko inaczej.

Krążyna Rotacja w dotychczasowy Mysz: Cząsteczka może być skupiona na określonym atomie
pozycję za pomocą poleceń RasMol zestaw zbierając centrum or zestaw zbierając Centrum. In
w tym trybie wybranie atomu powoduje, że wszystkie dalsze obroty będą dotyczyć tego punktu.

Picking a więź as a Rotacja Oś: Jako oś obrotu można wybrać dowolne wiązanie
dla części cząsteczki znajdującej się poza drugim wybranym atomem. Ta cecha
należy stosować ostrożnie, ponieważ w naturalny sposób zmienia on konformację
cząsteczka. Po wykonaniu zestaw zbierając obligacja lub używając odpowiednika „Pick Bond” w
w menu „Ustawienia” za pomocą tej samej myszy wybiera się wiązanie, które ma zostać obrócone
kliknięcia, które są używane do wybierania atomów do pomiaru odległości. Zwykle to
należy to zrobić tam, gdzie istnieje wiązanie, ale jeśli nie ma wiązania, zostanie ono dodane. The
wiązania nie można używać do rotacji, jeśli jest częścią pierścienia dowolnej wielkości. Wszystkie obligacje
wybrane do rotacji są zapamiętywane, aby można było je odpowiednio zgłosić w odpowiednim momencie
pisząc scenariusz, ale aktywnie obracać można tylko ostatnio wybraną więź.

Włączanie Atom/grupa/łańcuch Wybór Owocobranie: Mogą to być atomy, grupy i łańcuchy
wybrane (jak w przypadku wybierać polecenie) za pomocą zestaw zbierając atom, zestaw zbierając
Grupa, zestaw zbierając łańcuch polecenia. Dla każdego z tych poleceń klawisz Shift może
służy do dodawania nowego wyboru do starego; można także używać klawisza sterującego
aby usunąć nowy wybór ze starego. Kiedy zestaw zbierając atom polecenie jest
biorąc pod uwagę, mysz może być używana do wybierania lub przeciągania ramki wokół atomów, dla których
wybór jest pożądany. Kiedy zestaw zbierając grupa wydano polecenie, wybierając dowolny plik an
atom spowoduje wybranie wszystkich atomów, które zgadzają się liczbą reszt z
wybrany atom, nawet jeśli jest w różnych łańcuchach. Kiedy zestaw zbierając łańcuch polecenie jest
biorąc pod uwagę, wybranie dowolnego atomu spowoduje wybranie wszystkich atomów, które zgadzają się w łańcuchu
identyfikator z wybranym atomem.

Zestaw Graj
RasMol zestaw odtwórz.fps polecenie podaje liczbę klatek na sekundę odtwarzania
przez grać polecenie (domyślnie 24 klatki na sekundę).

W aktualnej wersji RasMol czas odtwarzania nie jest przez to kontrolowany
parametr.

Zestaw Promień
RasMol zestaw promień polecenie służy do zmiany zachowania RasMol kropki
polecenie w zależności od wartości rozpuszczalnik parametr. Kiedy rozpuszczalnik is prawda,
dotychczasowy promień parametr kontroluje, czy generowana jest prawdziwa powierzchnia van der Waalsa
dotychczasowy kropki Komenda. Jeżeli wartość promień jest czymkolwiek innym niż zero, ta wartość jest
używany jako promień każdego atomu zamiast jego prawdziwej wartości vdW. Kiedy wartość
rozpuszczalnik is prawda, parametr ten określa promień „kuli sondy” (rozpuszczalnika).
Parametr może być podany jako liczba całkowita w jednostkach rasmolowych lub zawierająca ułamek dziesiętny
punkt w Angstremach. Wartość domyślna tego parametru jest określana przez wartość
of rozpuszczalnik i zmiana rozpuszczalnik resetuje się promień do nowej wartości domyślnej.

Zestaw Rekord
RasMol zestaw rekord.aps podaje maksymalną prędkość na ekranie w Angstremach na
drugi w animowaniu tłumaczeń, obrotów i powiększeń (domyślnie 10 A/sekundę).

RasMol zestaw rekord.aps polecenie podaje liczbę klatek na sekundę podczas nagrywania
przez rekord polecenie (domyślnie 24 klatki na sekundę).

RasMol zestaw nagrywaj.mieszkaj polecenie ustawia czas w sekundach na zastanowienie się nad zmianą
wygląd (domyślnie 5 sek.).

Zestaw Moc cienia
Kurs moc cienia Parametr (przejęty z RasTop) określa podział odcienia
(kontrast) używany do renderowania obiektów stałych. Ta wartość mieści się w przedziale od 0 do 100
dostosowuje cieniowanie na powierzchni obiektu zgodnie z kierunkiem padania światła
źródło. Zmiana parametru shadepower nie powoduje zmiany wartości maksymalnej ani wartości
minimalnych wartości tego cieniowania, podobnie jak zmiana otoczenia parametr. Wartość
100 skupia światło na górze kul, dając wysoce lustrzany, szklisty efekt
renderowanie (zobacz moc spec parametr). Wartość 0 rozprowadza światło na
cały obiekt.

Ta implementacja shadepower różni się od tej w RasTop jedynie wyborem
zakresu (0 do 100 w porównaniu z -20 do 20 w RasTop).

Zestaw Shadow
RasMol zestaw cień polecenie włącza i wyłącza śledzenie promieni aktualnie
renderowany obraz. Obecnie tylko reprezentacja wypełniania przestrzeni jest cieniowana lub może
rzucać cienie. Włączenie cieniowania automatycznie wyłączy obcinanie Z
(płytowa) płaszczyzna za pomocą polecenia płyta poza. Śledzenie promieni zwykle zajmuje około
kilka sekund w przypadku białka o średniej wielkości. Zalecane jest cieniowanie
być zwykle wyłączone podczas transformacji lub manipulacji cząsteczką, oraz
włączane tylko po wybraniu odpowiedniego punktu widzenia, aby zapewnić większy
wrażenie głębi.

Zestaw Tryb płyty
RasMol tryb płyty Parametr kontroluje metodę renderowania obiektów wyciętych przez
płaszczyzna płyty (przycinania Z). Poprawne parametry trybu płyty to „reject”, „half”,
„pusty”, „pełny” i „przekrój”.

Zestaw Rozpuszczalnik
RasMol zestaw rozpuszczalnik polecenie służy do kontrolowania zachowania RasMol kropki
Komenda. W zależności od wartości rozpuszczalnik parametr, kropki polecenie albo
generuje wokół prądu powierzchnię van der Waalsa lub dostępną dla rozpuszczalnika
wybrany zestaw atomów. Zmiana tego parametru automatycznie resetuje wartość
RasMol promień parametr. Komenda zestaw rozpuszczalnik fałszywy, wartość domyślna,
wskazuje, że powinna zostać wygenerowana powierzchnia van der Waalsa i resetuje wartość
promień do zera. Komenda zestaw rozpuszczalnik prawdziwy wskazuje, że „Connolly” lub
Należy narysować i ustawić powierzchnię dostępną dla rozpuszczalnika „Richardsa”. promień
parametr, promień rozpuszczalnika, do 1.2 Angstremów (lub 300 jednostek RasMol).

Zestaw wziernikowy
RasMol zestaw wziernikowy polecenie włącza i wyłącza wyświetlanie odbić
podkreśla obiekty stałe narysowane przez RasMol. Odblaskowe refleksy wydają się białe
odbicia źródła światła na powierzchni obiektu. Obecny RasMol
implementacja wykorzystuje funkcję aproksymacji do wygenerowania tego podświetlenia.

Odblaski na powierzchniach obiektów stałych można zmieniać za pomocą
współczynnik odbicia zwierciadlanego, który zmienia się za pomocą RasMol zestaw
moc spec dowództwo.

Zestaw SpecPower
Kurs moc spec Parametr określa połysk obiektów bryłowych renderowanych przez
RasMol. Ta wartość z zakresu od 0 do 100 reguluje współczynnik odbicia używany w
obliczenia odbić lustrzanych. Podświetlenie lustrzane jest włączane i wyłączane
przez RasMol zestaw wziernikowy Komenda. Wartości około 20 lub 30 dają efekt plastyczny
powierzchnie. Wysokie wartości oznaczają bardziej błyszczące powierzchnie, takie jak metale, a niższe
wartości dają bardziej rozproszone/matowe powierzchnie.

Zestaw SSBobligacje
RasMol ssbondy Parametr określa, czy będą rysowane mostki dwusiarczkowe
pomiędzy atomami siarki w łańcuchu bocznym (domyślnie) lub pomiędzy alfa
atomy węgla w szkielecie reszt cysteiny. Rzeczywiste wyświetlanie
Mostki dwusiarczkowe są kontrolowane przez ssbondy Komenda. Rysowanie mostków dwusiarczkowych
między atomami węgla alfa jest przydatne, gdy reszta białka jest pokazana tylko w a
schematyczne przedstawienie, np kręgosłup, wstążki or nici. Ten parametr to
podobny do RasMola obligacje parametr.

Zestaw Stereofoniczny
RasMol zestaw stereofoniczny Parametr kontroluje separację pomiędzy lewą i prawą stroną
obrazy. Włączanie i wyłączanie stereo nie zmienia położenia środka cząsteczki.

Widok stereo cząsteczki można włączyć (i wyłączyć) poprzez wybranie Stereofoniczny
z Opcje menu lub wpisując polecenia stereofoniczny on or stereofoniczny poza.

Kąt separacji pomiędzy dwoma widokami można regulować za pomocą zestaw stereofoniczny [-]
polecenie, gdzie wartości dodatnie powodują zeza, a ujemne
wartości podczas oglądania zrelaksowanego (ze łzami w oczach). Obecnie oglądanie stereo nie jest obsługiwane
in wektor PostScript pliki wyjściowe.

Zestaw Pasma
RasMol pasma Parametr kontroluje liczbę równoległych pasm
wyświetlane na wstążce reprezentacje białek. Dopuszczalne wartości dla
ten parametr to 1, 2, 3, 4, 5 i 9. Wartość domyślna to 5. Liczba
pasma jest stała dla wszystkich wyświetlanych wstążek. Jednak szerokość wstążki
(oddzielenie nici) można kontrolować w odniesieniu do pozostałości po pozostałościach
za pomocą RasMola wstążki dowództwo.

Zestaw Przejrzyście
RasMol przezroczysty Parametr kontroluje pisanie przezroczystych plików GIF przez
napisać gif Komenda. Może to być kontrolowane przez zestaw przezroczysty on i
zestaw przezroczysty poza Polecenia.

Zestaw Komórka Jednostkowa
RasMol komórka jednostkowa Parametr steruje wyświetlaniem jednostki krystalograficznej
komórkę na bieżącym wyświetlaczu. Komórka kryształowa jest aktywna tylko wtedy, gdy jest to odpowiednie
informacje o symetrii kryształu zawarte są w pliku danych PDB, CIF lub mmCIF. The
Polecenie RasMol pokazać symetria wyświetlić szczegóły grupy przestrzennej i jednostki kryształu
osie komórek. The zestaw komórka jednostkowa polecenie jest podobne do poleceń zestaw osie i zestaw
pudełko powiązane które wyświetlają ortogonalne osie współrzędnych i obwiednię,
odpowiednio.

Zestaw VectPS
RasMol vectps Parametr służy do kontrolowania sposobu, w jaki RasMol napisać
polecenie generuje wektorowe pliki wyjściowe PostScript. Komenda zestaw vectps on Umożliwia
użycie czarnych konturów wokół kul i połączeń cylindrów, tworząc „kreskówkowy-
jak”wyjście o wysokiej rozdzielczości. Jednak obecna implementacja RasMol
błędnie rysuje kule, które przecina więcej niż jedna inna kula.
Dlatego modele „kulki i kija” są renderowane poprawnie, ale nie zajmują dużo miejsca
modele sfer. Kontury kreskówek można domyślnie wyłączyć za pomocą polecenia zestaw
vectps poza.

Zestaw Pisać
RasMol napisać Parametr kontroluje użycie zapisać i napisać polecenia wewnątrz
skrypty, ale można je wykonać tylko z wiersza poleceń. Domyślnie ta wartość
is fałszywy, zakaz generowania plików w jakichkolwiek skryptach wykonywanych przy uruchomieniu
(takie jak te uruchamiane z przeglądarki WWW). Animatorzy mogą jednak uruchomić RasMol
interaktywnie: wpisz zestaw napisać on a następnie wykonaj skrypt, aby wygenerować każdą klatkę
za pomocą polecenia źródłowego.

ATOM WYRAŻENIA

Wyrażenia atomów RasMol jednoznacznie identyfikują dowolną grupę atomów w cząsteczce.
Wyrażenia atomowe składają się z wyrażeń pierwotnych, predefiniowanych zestawów i porównań
operatorzy, w ciągu wyrażenia lub logiczne (logiczne) kombinacje powyższego wyrażenia
rodzaje.

Operatory logiczne umożliwiają konstruowanie złożonych zapytań z prostszych za pomocą
standardowe łączniki logiczne i, or i nie. Można je skracać za pomocą symboli
„&”, „|” i „!”, odpowiednio. Aby zmienić pierwszeństwo, można użyć nawiasów (nawiasów).
operatorów. Dla wygody przecinek może być również użyty do rozłączenia logicznego.

Dlatego wyrażenie atomu jest oceniane dla każdego atomu białko i kręgosłup wybiera białko
atomy szkieletu, a nie atomy białka i kwasu [nukleinowego] szkieletu!

Prymitywny Expressions
Prymitywne wyrażenia RasMol są podstawowymi cegiełkami budulcowymi atomu
wyrażenia. Istnieją dwa rodzaje wyrażeń pierwotnych. Stosowany jest pierwszy typ
w celu zidentyfikowania danej liczby reszt lub zakresu liczb reszt. Pojedyncza pozostałość to
identyfikowany jest poprzez jego numer (pozycję w sekwencji), a zakres jest określony przez
dolna i górna granica oddzielona znakiem łącznika. Na przykład wybierać 5,6,7,8
Jest również wybierać 5-8. Zauważ, że to wybiera w sumie podane numery reszt
łańcuchy makrocząsteczek.

Drugi typ wyrażenia pierwotnego określa sekwencję pól, które muszą
pasuje do danego atomu. Pierwsza część określa resztę (lub grupę reszt)
a opcjonalna druga część określa atomy w tych resztach. Pierwszy
część składa się z nazwy reszty, po której ewentualnie następuje numer reszty i/lub
identyfikator łańcucha.

Druga część składa się ze znaku kropki, po którym następuje nazwa atomu. Atom
nazwa może składać się z maksymalnie czterech znaków alfabetycznych lub numerycznych. Opcjonalny średnik
po którym może zostać dołączony alternatywny identyfikator konformacji. Opcja
Można również dołączyć ukośnik, po którym następuje numer modelu.

Gwiazdka może być użyta jako symbol wieloznaczny dla całego pola, a znak zapytania jako
jednoznakowy symbol wieloznaczny.

Porównanie Operatorzy
Części cząsteczki można również rozróżnić za pomocą równości, nierówności i
porządkowanie operatorów na ich właściwościach. Format takiego wyrażenia porównawczego to
nazwa właściwości, po której następuje operator porównania, a następnie wartość całkowita.

Właściwości atomu, które można wykorzystać w RasMol to atom dla serialu atomowego
numer, element dla liczby atomowej (pierwiastka) atomu, odp dla pozostałości
numer, promień dla promienia wypełnienia przestrzeni w jednostkach RasMol (lub zero, jeśli nie jest przedstawione
jako kula) i temperatura dla izotropowej wartości temperatury PDB.

Operator równości jest oznaczony jako „=” lub „==”. Operator nierówności jako
albo „<>”, „!=" lub „/=". Operatory porządkowania to „<” dla mniej niż, „<= dla
mniejszy lub równy, „>” dla większego niż i „>” dla większego lub równego.

W ciągu Expressions
RasMol w ciągu wyrażenie pozwala wybrać atomy na podstawie ich bliskości
inny zestaw atomów. A w ciągu wyrażenie przyjmuje dwa parametry oddzielone przecinkiem
i otoczone nawiasami. Pierwszym argumentem jest wartość całkowita zwana
odległość „odcięcia” wyrażenia wewnętrznego, a drugi argument jest dowolny
wyrażenie atomowe. Odległość odcięcia wyrażana jest w dowolnej całkowitej jednostce RasMol
lub Angstromy zawierające kropkę dziesiętną. Atom jest wybierany, jeśli znajduje się w obrębie
odległość odcięcia dowolnego z atomów określonych przez drugi argument. To pozwala
złożone wyrażenia, które mają zostać zbudowane, zawierające zagnieżdżone w ciągu wyrażenia.

Na przykład polecenie wybierać wewnątrz (3.2, szkielet) wybiera dowolny atom w obrębie 3.2
Promień angstremowy dowolnego atomu w szkielecie białka lub kwasu nukleinowego. W ciągu
wyrażenia są szczególnie przydatne do wybierania atomów wokół miejsca aktywnego.

Predefiniowane Zestawy
Wyrażenia atomów RasMol mogą zawierać predefiniowane zestawy. Te zestawy to pojedyncze słowa kluczowe
które reprezentują części cząsteczki będącej przedmiotem zainteresowania. Często są to predefiniowane zestawy
skróty wyrażeń prymitywnych atomów. W niektórych przypadkach użycie predefiniowanych
zestawy umożliwiają wybór obszarów cząsteczki, które w innym przypadku nie mogłyby być
wybitny. Poniżej znajduje się lista aktualnie zdefiniowanych zestawów. W
Oprócz wymienionych tutaj zestawów RasMol traktuje także nazwy elementów (i ich
liczba mnoga) jako predefiniowane zbiory zawierające wszystkie atomy tego typu pierwiastków, tj
komenda wybierać tlen jest równoważne poleceniu wybierać element=8.

Predefiniowane Zestawy

AT Zestaw Ten zestaw zawiera atomy komplementarnych nukleotydów adenozyny i
tymidyna (odpowiednio A i T). Wszystkie nukleotydy są klasyfikowane jako zestaw
at lub zestaw cg Zestaw ten jest odpowiednikiem wyrażeń atomowych RasMol Na, i
nukleinowy i nie CG.

Kwaśny Zestaw
Zestaw aminokwasów kwasowych. Są to reszty typu Asp i Glu. Wszystkie aminowe
kwasy są klasyfikowane jako oba kwaśny, podstawowy or neutralny. Ten zestaw jest równoważny
wyrażenia atomowe RasMol żmija, klej i amino i nie (podstawowy or neutralny).

Acykliczny Zestaw
Zbiór atomów w aminokwasach niezawierający cyklu lub pierścienia. Wszystkie aminokwasy są
sklasyfikowany jako którykolwiek cykliczny or acykliczny. Zestaw ten jest odpowiednikiem atomu RasMol
wyrażenie amino i nie cykliczny.

Alifatyczny Zestaw
Zestaw ten zawiera aminokwasy alifatyczne. Są to aminokwasy Ala, Gly,
Ile, Leu i Val. Zbiór ten jest odpowiednikiem wyrażenia atomowego RasMol do, gliniasty,
a, leja, wart.

Alfa Zestaw
Zestaw węgli alfa w cząsteczce białka. Ten zestaw jest w przybliżeniu
równoważne wyrażeniu atomu RasMol *.CA. Tego polecenia nie należy mylić
z predefiniowanym zestawem helisa który zawiera atomy aminokwasów
helisy alfa białka.

Amino Zestaw
Zestaw ten zawiera wszystkie atomy zawarte w resztach aminokwasowych. Jest to przydatne
do odróżnienia białka od kwasu nukleinowego i heterogenicznych atomów w
aktualna baza danych cząsteczek.

Aromatyczny Zestaw
Zbiór atomów w aminokwasach zawierających pierścienie aromatyczne. To są aminokwasy
kwasy His, Phe, Trp i Tyr. Ponieważ zawierają pierścienie aromatyczne, których wszyscy członkowie
ten zestaw jest członkiem predefiniowanego zestawu cykliczny. Zestaw ten jest odpowiednikiem
Wyrażenia atomowe RasMol jego, Phe, trp, tyr i cykliczny i nie pro.

Kręgosłup Zestaw
Zestaw ten zawiera cztery atomy każdego aminokwasu, które tworzą polipeptyd NC-
Szkielet CO białek i atomy szkieletu cukrowo-fosforanowego nukleinowego
kwasy. Użyj predefiniowanych zestawów RasMol białko i nukleinowy rozróżniać między
dwie formy kręgosłupa. Atomy w kwasach nukleinowych i białkach są kręgosłup
or łańcuch boczny. Zbiór ten jest odpowiednikiem wyrażenia RasMol (białko or nukleinowy)
i nie łańcuch boczny.

Predefiniowany zestaw łańcuch główny jest synonimem zestawu kręgosłup.

Basic Zestaw
Zestaw podstawowych aminokwasów. Są to typy reszt Arg, His i Lys. Wszystko
aminokwasy są klasyfikowane jako albo kwaśny, podstawowy or neutralny. Ten zestaw to
równoważne wyrażeniom atomowym RasMol argument, jego, lilia i amino i nie (kwaśny
or neutralny).

Wolnocłowy Zestaw
Ten zestaw zawiera wszystkie atomy w bieżącej bazie danych cząsteczek, z którymi są związane
co najmniej jeden inny atom.

Pochowany Zestaw
Ten zestaw zawiera atomy tych aminokwasów, które mają tendencję (preferują) do zakopywania
wewnątrz białka, z dala od kontaktu z cząsteczkami rozpuszczalnika. Zestaw ten nawiązuje do
preferencji aminokwasów, a nie faktycznej dostępności rozpuszczalnika dla prądu
białko. Wszystkie aminokwasy są klasyfikowane jako albo powierzchnia or pochowany. Ten zestaw to
równoważne wyrażeniu atomu RasMol amino i nie powierzchni.

CG Zestaw Ten zestaw zawiera atomy komplementarnych nukleotydów cytydyny i guanozyny
(odpowiednio C i G). Wszystkie nukleotydy są klasyfikowane jako zestaw at albo
zestaw cg Zestaw ten jest odpowiednikiem wyrażeń atomowych RasMol c, g i nukleinowy i
nie na.

Naładowany Zestaw
Ten zestaw zawiera naładowane aminokwasy. To są aminokwasy
bądź kwaśny or podstawowy. Aminokwasy są klasyfikowane jako: naładowany or
neutralny. Zestaw ten jest odpowiednikiem wyrażeń atomowych RasMol kwaśny or podstawowy i
amino i nie neutralny.

Cykliczne Zestaw
Zbiór atomów w aminokwasach zawierających cykl lub pierścienie. Wszystkie aminokwasy są
sklasyfikowany jako którykolwiek cykliczny or acykliczny. Zestaw ten składa się z aminokwasów His,
Phe, Pro, Trp i Tyr. Elementy predefiniowanego zestawu aromatyczny są członkami
ten zestaw. Jedynym cyklicznym, ale niearomatycznym aminokwasem jest prolina. Ten zestaw jest
równoważne wyrażeniom atomowym RasMol jego, Phe, pro, trp, tyr i aromatyczny or
dla i amino i nie acykliczny.

Cystyna Zestaw
Zestaw ten zawiera atomy reszt cysteiny, które tworzą część dwusiarczku
mostek, czyli pół cystyny. RasMol automatycznie określa mostki dwusiarczkowe, jeśli
ani predefiniowany zestaw cystyna ani RasMol ssbondy polecenie zostało użyte
od momentu załadowania cząsteczki. Zestaw wolnych cystein można określić za pomocą
wyrażenie atomu RasMol cys i nie cystyna.

Spirala Zestaw
Zestaw ten zawiera wszystkie atomy tworzące część helisy alfa białka, jak określono
albo przez autora pliku PDB, albo przez algorytm DSSP Kabscha i Sandera. Domyślnie,
Jeśli tak, RasMol wykorzystuje określenie struktury wtórnej podane w pliku PDB
istnieje. W przeciwnym razie używa algorytmu DSSP używanego przez RasMol
dowództwo.

Tego zestawu predefiniowanego nie należy mylić z zestawem predefiniowanym alfa który
zawiera atomy węgla alfa białka.

Hetero Zestaw
Zestaw ten zawiera wszystkie heterogeniczne atomy w cząsteczce. To są atomy
opisane przez wpisy HETATM w pliku PDB. Zawierają one zazwyczaj wodę,
kofaktory i inne rozpuszczalniki i ligandy. Wszystko hetero atomy są klasyfikowane jako albo
ligand or rozpuszczalnik atomy. Te heterogeniczne rozpuszczalnik atomy są dalej klasyfikowane
albo jako woda or Jony.

Wodór Zestaw
Ten predefiniowany zestaw zawiera wszystkie atomy wodoru, deuteru i trytu
obecna cząsteczka. Ten predefiniowany zestaw jest równoważny wyrażeniu atomu RasMol
element=1.

hydrofobowa Zestaw
Zestaw ten zawiera wszystkie aminokwasy hydrofobowe. Są to aminokwasy Ala,
Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met i Trp. Wszystkie aminokwasy są klasyfikowane jako albo
hydrofobowy or polarny. Zestaw ten jest odpowiednikiem wyrażeń atomowych RasMol do,
leja, wartość, a, pro, Phe, spotkał, trp i amino i nie polarny.

Jony Zestaw
Zestaw ten zawiera wszystkie heterogeniczne jony fosforanowe i siarczanowe obecne w prądzie
plik danych molekularnych. Czasami wiąże się to z dużą liczbą tych jonów
Struktury białek i kwasów nukleinowych określone metodą krystalografii rentgenowskiej. Te
atomy mają tendencję do zaśmiecania obrazu. Wszystko hetero atomy są klasyfikowane jako albo ligand or
rozpuszczalnik atomy. Wszystko rozpuszczalnik atomy są klasyfikowane jako albo woda or Jony.

Duży Zestaw
Wszystkie aminokwasy są klasyfikowane jako albo małe, średni or szeroki. Ten zestaw to
równoważne wyrażeniu atomu RasMol amino i nie (mały or średni).

ligand Zestaw
Zestaw ten zawiera wszystkie heterogeniczne ugrupowania kofaktora i liganda
zawarte w bieżącym pliku danych cząsteczek. Zbiór ten definiuje się jako całość hetero
atomy, których nie ma rozpuszczalnik atomy. Stąd ten zestaw jest równoważny atomowi RasMol
wyrażenie hetero i nie rozpuszczalnik.

Średni Zestaw
Wszystkie aminokwasy są klasyfikowane jako albo małe, średni or szeroki. Ten zestaw to
równoważne wyrażeniu atomu RasMol amino i nie (duży or mały).

Neutralny Zestaw
Zestaw neutralnych aminokwasów. Wszystkie aminokwasy są klasyfikowane jako albo kwaśny,
podstawowy or neutralny. Zbiór ten jest odpowiednikiem wyrażenia atomowego RasMol amino i
nie (kwaśny or podstawowy).

nukleinowy Zestaw
Zbiór wszystkich atomów w kwasach nukleinowych, który składa się z czterech zasad nukleotydowych
adenozyna, cytydyna, guanozyna i tymidyna (odpowiednio A, C, G i T). Wszystko
nukleotydy są klasyfikowane jako albo puryny or pirymidyna. Ten zestaw jest równoważny
do wyrażeń atomowych RasMol a, c, g, t i puryny or pirymidyna. Symbole dla
Nukleotydy RNA (U, +U, I, 1MA, 5MC, OMC, 1MG, 2MG, M2G, 7MG, OMG, YG, H2U, 5MU,
i PSU) są również uznawane za elementy tego zestawu.

Polarny Zestaw
Zestaw ten zawiera aminokwasy polarne. Wszystkie aminokwasy są klasyfikowane jako albo
hydrofobowy or polarny. Zbiór ten jest odpowiednikiem wyrażenia atomowego RasMol amino
i nie hydrofobowy.

Białko Zestaw
Zbiór wszystkich atomów w białkach. Składa się z predefiniowanego zestawu RasMol amino
oraz typowe modyfikacje po tłumaczeniu.

Puryna Zestaw
Zestaw nukleotydów purynowych. Są to zasady adenozyna i guanozyna (A i
G.). Wszystkie nukleotydy są albo puryny or pirymidyny. Ten zestaw to
równoważne wyrażeniom atomowym RasMol a, g i nukleinowy i nie pirymidyna.

Pirymidyna Zestaw
Zestaw nukleotydów pirymidynowych. Są to zasady cytydyna i tymidyna (C
i T.). Wszystkie nukleotydy są albo puryny or pirymidyny. Ten zestaw
jest równoważne wyrażeniom atomowym RasMol c, t i nukleinowy i nie puryna.

Salected Zestaw
Ten zestaw zawiera zestaw atomów w aktualnie wybranym regionie. Obecnie
wybrany region jest zdefiniowany przez poprzednie wybierać or ograniczać polecenie, a nie
wyrażenie atomowe zawierające wybrany słowo kluczowe.

arkusz Zestaw
Zestaw ten zawiera wszystkie atomy tworzące część arkusza beta białka, jak określono za pomocą
albo autor pliku PDB, albo algorytm DSSP Kabscha i Sandera. Domyślnie,
Jeśli tak, RasMol wykorzystuje określenie struktury wtórnej podane w pliku PDB
istnieje. W przeciwnym razie używa algorytmu DSSP używanego przez RasMol
dowództwo.

Łańcuch boczny Zestaw
Zestaw ten zawiera funkcjonalne łańcuchy boczne dowolnych aminokwasów i zasadę każdego z nich
nukleotyd. Są to atomy niebędące częścią szkieletu polipeptydu NCCO
białka lub szkielet cukrowo-fosforanowy kwasów nukleinowych. Użyj RasMola
predefiniowane zestawy białko i nukleinowy rozróżnić te dwie formy
łańcuch boczny. Atomy w kwasach nukleinowych i białkach są kręgosłup or łańcuch boczny.
Zbiór ten jest odpowiednikiem wyrażenia RasMol (białko or nukleinowy) i nie
kręgosłup.

Mały Zestaw
Wszystkie aminokwasy są klasyfikowane jako albo małe, średni or szeroki. Ten zestaw to
równoważne wyrażeniu atomu RasMol amino i nie (średni or duży).

Rozpuszczalnik Zestaw
Ten zestaw zawiera atomy rozpuszczalnika w pliku współrzędnych cząsteczki. To są
heterogeniczne cząsteczki wody, jony fosforanowe i siarczanowe. Wszystko hetero atomy są
sklasyfikowany jako którykolwiek ligand or rozpuszczalnik atomy. Wszystko rozpuszczalnik atomy są klasyfikowane jako
bądź woda or Jony. Zestaw ten jest odpowiednikiem wyrażeń atomowych RasMol hetero
i nie ligand i woda or Jony.

Powierzchnia Zestaw
Ten zestaw zawiera atomy tych aminokwasów, które mają tendencję (preferują) do
powierzchnia białek w kontakcie z cząsteczkami rozpuszczalnika. Zestaw ten nawiązuje do
preferencji aminokwasów, a nie faktycznej dostępności rozpuszczalnika dla prądu
białko. Wszystkie aminokwasy są klasyfikowane jako albo powierzchnia or pochowany. Ten zestaw to
równoważne wyrażeniu atomu RasMol amino i nie pochowany.

wieża Zestaw
Zestaw ten zawiera wszystkie atomy tworzące część zwojów białka, jak określono
albo autor pliku PDB, albo algorytm DSSP Kabscha i Sandera. Domyślnie,
Jeśli tak, RasMol wykorzystuje określenie struktury wtórnej podane w pliku PDB
istnieje. W przeciwnym razie używa algorytmu DSSP używanego przez RasMol
dowództwo.

Uzdatnianie wody Zestaw
Zestaw ten zawiera wszystkie heterogeniczne cząsteczki wody znajdujące się w aktualnej bazie danych. A
duża liczba cząsteczek wody jest czasami powiązana z białkami i cząsteczkami nukleinowymi
struktury kwasowe określone metodą krystalografii rentgenowskiej. Atomy te mają tendencję do bałaganu
obraz. Wszystko hetero atomy są klasyfikowane jako albo ligand or rozpuszczalnik atomy. ten
rozpuszczalnik atomy są dalej klasyfikowane jako oba woda or Jony.

Zestaw Podsumowanie
Poniższa tabela podsumowuje klasyfikację typowych aminokwasów przeprowadzoną przez RasMol.

KOLOR SCHEMATY

RasMol kolor polecenie pozwala na różne obiekty (takie jak atomy, wiązania i wstążka
segmenty), aby otrzymać określony kolor. Zazwyczaj ten kolor to RasMol
predefiniowana nazwa koloru lub potrójna wartość RGB. Dodatkowo obsługuje również RasMol inny, amino,
łańcuch, opłata, CPK, Grupa, model, kształtny, struktura, temperatura or użytkownik schematy kolorów
dla atomów i hbond rodzaj schemat kolorów wiązań wodorowych i elektrostatyczny potencjał
schemat kolorów powierzchni punktowych. 24 obecnie predefiniowane nazwy kolorów to czarny, niebieski,
BlueTint, Brązowy, Cyjan, Złoty, Szary, Zielony, ZielonyNiebieski, GreenTint, HotPink, Magenta, Pomarańczowy,
Różowy, różowy odcień, fioletowy, czerwony, czerwony pomarańczowy, morski zielony, SkyBlue, fioletowy, biały, żółty i
Żółty odcień

Jeśli często chcesz używać koloru, który nie jest predefiniowany, możesz napisać skrypt jednowierszowy.
Na przykład, jeśli utworzysz plik szary.kol zawierający linię, kolor [180,180,180]
#szary, potem polecenie scenariusz szary.kol koloruje aktualnie wybrany zestaw atomów na szaro.

inny Dostępne kolory
RasMol alt Schemat kolorów (Alternatywny konformer) koduje strukturę podstawową
jeden kolor i stosuje ograniczoną liczbę kolorów do każdego alternatywnego konformera. W
RasMol zbudowany dla 8-bitowych systemów kolorów, dozwolone są 4 kolory naprzemiennie
konformery. W przeciwnym razie dostępnych jest 8 kolorów.

Amino Dostępne kolory
RasMol amino schemat kolorów kolory aminokwasów według tradycyjnych aminokwasów
właściwości kwasowe. Celem barwienia jest identyfikacja aminokwasów w nietypowy sposób
lub zaskakujące otoczenie. Widoczne są zewnętrzne części białka, które są polarne
(jasne) kolory i pozostałości niepolarne ciemniejsze. Większość kolorów jest uświęcona
tradycja. Ta kolorystyka jest podobna do kształtny Schemat.

Łańcuch Dostępne kolory
RasMol łańcuch schemat kolorów przypisuje każdemu łańcuchowi makromolekularnemu unikalny kolor.
Ten schemat kolorów jest szczególnie przydatny do rozróżniania części
strukturę multimeryczną lub pojedyncze „nici” łańcucha DNA. Łańcuch może być
wybrany z RasMol Dostępne kolory menu.

Opłata Dostępne kolory
RasMol opłata schemat kolorów koduje kolorami każdy atom w zależności od ładunku
wartość przechowywana w pliku wejściowym (lub polu współczynnika beta plików PDB). Wysokie wartości są
pokolorowane na niebiesko (dodatnie), a niższe wartości pokolorowane na czerwono (ujemne). Raczej
niż używać stałej skali, ten schemat określa maksymalne i minimalne wartości
pole ładowania/temperatury i odpowiednio interpoluje od czerwonego do niebieskiego. Stąd,
Nie można zakładać, że kolor zielony jest opłatą „bez opłaty netto”.

Różnica pomiędzy opłata i temperatura schematów kolorów jest coraz większe
Wartości temperatury przechodzą od niebieskiego do czerwonego, podczas gdy rosnące wartości ładunku idą
od czerwonego do niebieskiego.

Jeśli pole ładowania/temperatury przechowuje rozsądne wartości, możliwe jest użycie
RasMol kolor kropki potencjał polecenie kodowania kolorem powierzchni kropki (generowane przez
kropki polecenie) przez potencjał elektrostatyczny.

CPK Dostępne kolory
RasMol CPK kolorystyka opiera się na kolorystyce popularnego plastiku
modele wypełniania przestrzeni, które zostały opracowane przez Coreya, Paulinga, a później ulepszone przez
Kultun. Ten schemat kolorów koloruje obiekty „atom” według typu atomu (elementu). Ten
to schemat powszechnie stosowany przez chemików. Przypisanie najczęściej
użyte typy elementów do kolorów podano poniżej.

Zarządzanie Dostępne kolory
RasMol grupa schemat kolorów kody kolorów pozostałości według ich pozycji w a
łańcuch makromolekularny. Każdy łańcuch jest rysowany jako gładkie widmo od koloru niebieskiego do
zielony, żółty i pomarańczowy do czerwonego. Stąd N-koniec białek i 5'-koniec
kwasów nukleinowych są zabarwione na czerwono, a C-koniec białek i 3'-koniec
kwasy nukleinowe zaznaczono na niebiesko. Jeśli łańcuch ma dużą liczbę heterogenicznych
cząsteczek z nią związanych, makrocząsteczka może nie zostać narysowana w całości
„zakres” widma. Zarządzanie można wybrać z RasMol Dostępne kolory menu.

Jeśli z łańcuchem związana jest duża liczba heterogenicznych cząsteczek, tzw
makrocząsteczka może nie zostać narysowana w pełnym zakresie widma. Kiedy RasMol
dokonuje kolorowania grupowego, z pozostałości decyduje o gamie kolorów, jakich używa
numeracja podana w pliku PDB. W związku z tym wyświetlana jest najniższa liczba pozostałości
niebieski, a najwyższy numer pozostałości jest wyświetlany w kolorze czerwonym. Niestety, jeśli plik PDB
plik zawiera dużą liczbę heteroatomów, takich jak cząsteczki wody, które zajmują
wysoka liczba reszt, białko jest wyświetlane na niebiesko-zielonym końcu
widma i wody na żółto-czerwonym końcu widma. To się pogarsza
ponieważ zazwyczaj jest o wiele więcej cząsteczek wody niż reszt aminokwasowych. The
rozwiązaniem tego problemu jest użycie polecenia zestaw hetero poza przed zastosowaniem
grupowy schemat kolorów. Można to również osiągnąć poprzez przełączanie Hetero Atomy na
Opcje menu przed wybraniem Zarządzanie na Kolor menu. To polecenie instruuje
RasMol, aby w grupowym skalowaniu kolorów używać wyłącznie reszt niehetero.

NMR Model Dostępne kolory
RasMol model schemat kolorów koduje każdy model NMR odrębnym kolorem. The
Numer modelu NMR przyjmuje się jako wartość liczbową. Wysokie wartości są zaznaczane na niebiesko i
niższe wartości zaznaczone na czerwono. Zamiast używać stałej skali, określa ten schemat
maksymalna wartość numeru modelu NMR i interpoluje od czerwonego do niebieskiego
odpowiednio.

Kształtny Dostępne kolory
RasMol kształtny schemat kolorów koduje reszty reszt według właściwości aminokwasów. Ten
schemat opiera się na „Shapely Models” Boba Flettericka. Każdy aminokwas i nuklein
pozostałości kwasu otrzymują niepowtarzalny kolor. The kształtny schemat kolorów jest używany przez Davida
Program Raster3D Bacona. Ta kolorystyka jest podobna do amino schemat kolorów.

Structure Dostępne kolory
RasMol schemat kolorów barwi cząsteczkę według drugorzędowego białka
Struktura. Helisy alfa są w kolorze magenty, [240,0,128], arkusze beta są
w kolorze żółtym, [255,255,0], zwoje są w kolorze jasnoniebieskim, [96,128,255] i wszystkie
inne pozostałości są zabarwione na biało. Struktura drugorzędna jest albo odczytywana z
Plik PDB (rekordy HELIX, SHEET i TURN), jeśli są dostępne, lub określone za pomocą Kabsch
oraz algorytm DSSP Sandera. RasMol polecenie może zostać użyte do wymuszenia
Należy zastosować przypisanie struktury DSSP.

Temperatura Dostępne kolory
RasMol temperatura schemat kolorów koduje kolorami każdy atom zgodnie z
wartość temperatury anizotropowej (beta) przechowywana w pliku PDB. Zazwyczaj daje to
miara ruchliwości/niepewności położenia danego atomu. Wysokie wartości są
barwione w cieplejszych (czerwonych) kolorach i niższych wartościach w zimniejszych (niebieskich) kolorach. Ten
Funkcja jest często używana do powiązania wartości „skali” [takiej jak zmienność aminokwasów
in wirusowych mutantów] każdym atomem w pliku PDB i pokoloruj cząsteczkę
odpowiednio.

Różnica pomiędzy temperatura i opłata schematów kolorów jest coraz większe
Wartości temperatury przechodzą od niebieskiego do czerwonego, podczas gdy rosnące wartości ładunku idą
od czerwonego do niebieskiego.

Użytkownik Dostępne kolory
RasMol użytkownik schemat kolorów pozwala RasMol używać schematu kolorów zapisanego w
plik PDB. Kolory każdego atomu są przechowywane w rekordach COLO umieszczonych w PDB
plik danych. Konwencja ta została wprowadzona przez program Raster3D Davida Bacona.

HBond Typ Dostępne kolory
RasMol rodzaj schemat kolorów dotyczy tylko wiązań wodorowych, stąd jest używany w
komenda kolor obligacje rodzaj. Ten schemat koduje kolorami każde wiązanie wodorowe zgodnie
do odległości wzdłuż łańcucha białkowego pomiędzy donorem i akceptorem wiązania wodorowego.
To schematyczne przedstawienie wprowadzili Belhadj-Mostefa i Milner-White.
Ta reprezentacja daje dobry wgląd w strukturę drugorzędową białka (hbonds
tworzące się helisy alfa wydają się czerwone, tworzące arkusze wydają się żółte, a te
tworzące się zakręty mają kolor magenta).

Potencjał Dostępne kolory
RasMol potencjał schemat kolorów dotyczy tylko powierzchni punktowych, dlatego jest używany w
Komenda kolor kropki potencjał. Ten schemat koloruje każdy aktualnie wyświetlany
kropka według potencjału elektrostatycznego w tym punkcie przestrzeni. Ten potencjał jest
obliczone przy użyciu prawa Coulomba, biorąc pod uwagę pole temperatury/ładunku na wejściu
plik jako ładunek związany z tym atomem. To jest ta sama interpretacja
używane przez kolor opłata Komenda. Jak opłata schemat kolorów ma niskie wartości
niebieski/biały, a wysokie wartości są czerwone.

Amino Kwas Kody
W poniższej tabeli wymieniono nazwy, jednoliterowe i trzyliterowe kody każdego z nich
aminokwasów.

Booleans
Parametr logiczny jest wartością logiczną. Poprawne wartości logiczne to „prawda” i „fałsz”,
oraz ich synonimy „włączony” i „wyłączony”. Parametry logiczne są powszechnie używane przez RasMol
aby włączyć lub wyłączyć reprezentację lub opcję.

FILE FORMATY

Białko Dane Bank Akta

Jeżeli nie posiadasz dokumentacji WPB, możesz znaleźć poniższe podsumowanie WPB
przydatny format pliku. Protein Data Bank to komputerowa, archiwalna baza danych dotycząca m.in
Struktury makromolekularne. Baza danych została założona w 1971 roku przez Brookhaven National
Laboratory, Upton, Nowy Jork, jako repozytorium domeny publicznej dla rozdzielonych materiałów krystalograficznych
Struktury. Bank stosuje jednolity format przechowywania współrzędnych atomowych i wiązań częściowych
powiązań uzyskanych z badań krystalograficznych. W 1999 r. Bank Danych Białkowych
przeniesiony do Współpracy Badawczej Biologii Strukturalnej.

Wpisy w pliku PDB składają się z rekordów po 80 znaków każdy. Używając analogii do karty dziurkowanej,
kolumny od 1 do 6 zawierają identyfikator typu rekordu, kolumny od 7 do 70 zawierają dane. W
starsze wpisy, kolumny od 71 do 80 są zwykle puste, ale mogą zawierać informacje o sekwencji
dodane przez programy do zarządzania biblioteką. W nowych wpisach zgodnych z formatem WPB z 1996 r.
w tych kolumnach znajdują się inne informacje. Pierwsze cztery znaki rekordu
identyfikator są wystarczające do jednoznacznej identyfikacji typu rekordu i składni każdego z nich
rekord jest niezależny od kolejności rekordów w jakimkolwiek wpisie dotyczącym konkretnego
makrocząsteczka.

Jedynymi typami rekordów, które cieszą się dużym zainteresowaniem programu RasMol, są ATOM i
Zapisy HETATM opisujące położenie każdego atomu. Rekordy ATOM/HETATM zawierają
standardowe nazwy atomów i skróty reszt wraz z identyfikatorami sekwencji,
współrzędne w jednostkach Angstremów, obłożenie i współczynniki ruchu termicznego. Dokładne szczegóły
podano poniżej w formie instrukcji w formacie FORTRAN. Kolumna „fmt” wskazuje użycie
we wszystkich formatach PDB, w formatach 1992 i wcześniejszych lub w 1996 i późniejszych
formaty.

Reszty występują w kolejności począwszy od reszty N-końcowej w przypadku białek i końca 5'
dla kwasów nukleinowych. Jeśli sekwencja reszt jest znana, mogą być znane pewne numery seryjne atomów
pominięte, aby umożliwić w przyszłości wstawienie wszelkich brakujących atomów. W każdej reszcie znajdują się atomy
uporządkowane w sposób standardowy, zaczynając od szkieletu (NCCO dla białek) i
postępuje w coraz większym oddaleniu od węgla alfa, wzdłuż łańcucha bocznego.

Rekordy HETATM służą do definiowania modyfikacji i kofaktorów potranslacyjnych
związany z główną cząsteczką. Rekordy TER są interpretowane jako przerwy w pliku głównym
szkielet cząsteczki.

Jeśli jest obecny, RasMol sprawdza również HEADER, COMPND, HELIX, SHEET, TURN, CONECT, CRYST1,
Rekordy SCALE, MODEL, ENDMDL, EXPDTA i END. Informacje takie jak nazwa, kod bazy danych,
data rewizji i klasyfikacja cząsteczki są pobierane z HEADER i COMPND
rekordów, początkowe przypisania struktury drugorzędnej są pobierane z HELIX, SHEET i TURN
rekordów, a koniec pliku może być oznaczony rekordem END.

RasMol Interpretacja of PDB Pola
Zakłada się, że atomy zlokalizowane w 9999.000, 9999.000, 9999.000 to pseudo Insight
atomy i są ignorowane przez RasMol. Zakłada się również, że nazwy atomów rozpoczynające się od „Q” to
pseudoatomy lub znaczniki pozycji.

Jeśli plik danych zawiera strukturę NMR, można w nim umieścić wiele konformacji
pojedynczy plik PDB rozdzielony parami rekordów MODEL i ENDMDL. Wyświetla RasMol
wszystkie modele NMR zawarte w pliku.

Nazwy reszt „CSH”, „CYH” i „CSM” są uważane za pseudonimy cysteiny „CYS”.
Nazwy pozostałości „WAT”, „H20”, „SOL” i „TIP” są uważane za pseudonimy wody
„HOH”. Nazwa pozostałości „D20” jest uważana za ciężką wodę „DOD”. Nazwa pozostałości „SUL”
jest uważany za jon siarczanowy „SO4”. Nazwę pozostałości „CPR” uważa się za cis-
prolina i jest tłumaczona jako „PRO”. Nazwa reszty „TRY” jest uważana za
pseudonim tryptofanu „TRP”.

RasMol wykorzystuje pola HETATM do zdefiniowania zbiorów hetero, wody, rozpuszczalnika i liganda.
Dowolna grupa o nazwie „HOH”, „DOD”, „SO4” lub „PO4” (lub aliasem do jednego z tych
nazwy zgodnie z powyższymi zasadami) jest uważany za rozpuszczalnik i jest za taki uważany
zdefiniowane przez pole HETATM.

RasMol szanuje jedynie rekordy łączności CONECT w plikach PDB zawierających mniej niż
256 atomów. Wyjaśniono to bardziej szczegółowo w części dotyczącej określania cząsteczki
łączność. Rekordy CONECT, które definiują wiązanie więcej niż raz, są interpretowane jako
określając kolejność wiązań tego wiązania, tj. wiązanie określone dwukrotnie jest wiązaniem podwójnym
wiązanie, a wiązanie określone trzy (lub więcej) razy jest wiązaniem potrójnym. To nie jest
standardowa funkcja PDB.

PDB Kolor Schemat Specyfikacja
RasMol akceptuje także dodatkowy typ rekordu COLO w plikach PDB. Ten
format rekordu został wprowadzony przez program Raster3D Davida Bacona w celu określenia
schemat kolorów, który będzie używany podczas renderowania cząsteczki. To rozszerzenie nie jest
obecnie wspierany przez WPB. Rekord COLO ma ten sam podstawowy typ rekordu co
rekordy ATOM i HETATM opisane powyżej.

Kolory są przypisywane do atomów za pomocą procesu dopasowywania. Pole Maska jest używane w
proces dopasowywania w następujący sposób. Najpierw RasMol wczytuje i zapamiętuje cały ATOM,
Rekordy HETATM i COLO w kolejności wprowadzania. Gdy kolor zdefiniowany przez użytkownika („Użytkownika”)
schemat jest wybrany, RasMol przegląda po kolei każdy zapamiętany rekord ATOM/HETATM,
i wyszukuje rekord COLO pasujący we wszystkich kolumnach od 7 do 30. The
pierwszy znaleziony taki rekord COLO określa kolor i promień atomu.

Zwróć uwagę, że komponenty Czerwony, Zielony i Niebieski znajdują się w tych samych pozycjach, co X, Y,
i Z rekordu ATOM lub HETA, a także promień van der Waalsa
miejsce Zamieszkania. Wszystkie komponenty czerwony, zielony i niebieski muszą znajdować się w
zakres od 0 do 1.

Aby jeden rekord COLO mógł zapewnić więcej specyfikacji koloru i promienia
niż jeden atom (np. w oparciu o resztę, typ atomu lub inne kryterium, dla którego
etykiety można podać gdzieś w kolumnach od 7 do 30), znak „nie obchodzi mnie to”,
używany jest znak skrótu „#” (cyfra lub znak ostry). Ta postać, gdy zostanie znaleziona w
Rekord COLO, dopasowuje dowolny znak w odpowiedniej kolumnie w ATOM/HETATM
nagrywać. Wszystkie pozostałe znaki muszą pasować identycznie, aby liczyły się jako dopasowanie. jako
rozszerzeniem specyfikacji, jest nim każdy atom, który nie pasuje do rekordu COLO
wyświetlane w kolorze białym.

Wielokrotność NMR modele
RasMol ładuje wszystkie modele NMR z pliku PDB, niezależnie od użytego polecenia:
załadować pdb or załadować nmrpdb

Po załadowaniu wielu konformacji NMR można nimi manipulować za pomocą
rozszerzenia wyrażeń atomowych opisane w Prymitywny Wyrażenia. W szczególności
komenda ograniczać * / 1 ograniczy wyświetlanie tylko do pierwszego modelu.

CIF i mmCIF utworzony Akta
CIF jest standardem IUCr dotyczącym prezentacji małych cząsteczek, a jego przeznaczeniem jest mmCIF
jako zamiennik formatu PDB o stałym polu do prezentacji
Struktury makromolekularne. RasMol może akceptować zestawy danych w dowolnym formacie.

W sieci WWW znajduje się wiele przydatnych witryn, w których znajdują się narzędzia informacyjne i
można znaleźć oprogramowanie związane z CIF, mmCIF i PDB. Poniższe są dobre
punkty wyjścia do eksploracji:

Międzynarodowa Unia Krystalografii (IUCr) zapewnia dostęp do oprogramowania,
słowniki, oświadczenia polityczne i dokumentacja dotycząca CIF i mmCIF pod adresem:
IUCr, Chester, Anglia (www.iucr.org/iucr-top/cif/) z wieloma witrynami lustrzanymi.

Projekt bazy danych kwasów nukleinowych zapewnia dostęp do swoich wpisów, oprogramowania i
dokumentacja, ze stroną mmCIF umożliwiającą dostęp do słownika i mmCIF
narzędzi programowych na Uniwersytecie Rutgers, New Jersey, USA
(http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif) z wieloma witrynami lustrzanymi.

Ta wersja RasMol ogranicza wartości znaczników CIF i mmCIF do zasadniczo takich samych
konwencje stosowane w formacie PDB o stałym polu. Zatem identyfikatory łańcuchów i
alternatywne identyfikatory konformacji są ograniczone do jednego znaku, nazw atomów
są ograniczone do 4 znaków itp. RasMol interpretuje następujące CIF i mmCIF
tagi: wyszukiwanie wymaganych tagów odbywa się w wielu blokach danych, więc a
pojedynczy zbiór danych może składać się z wielu bloków danych, ale z wielu zbiorów danych
nie mogą być ułożone w tym samym pliku.

SPECYFICZNA MASZYNA WSPIERAJ

W poniższych sekcjach wsparcie dla Monochromia X-Windows, Tcl/Tk CPI, UNIX Gniazda
na podstawie CPI, Kompilowanie RasWin w Borland i MetroWerks są opisane.

Monochromia X Windows Obsługa klienta
RasMol obsługuje wiele monochromatycznych stacji roboczych UNIX typowo spotykanych w środowisku akademickim,
takie jak stacje robocze SUN z niższej półki i terminale X NCD. Wersja X11 RasMol
(po skompilowaniu w trybie 8-bitowym) wykrywa teraz czarno-białe wyświetlacze X-Windows i
umożliwia automatyczne dithering. Zastosowanie ditheringu rozpraszającego błędy w czasie wykonywania
oznacza, że ​​wszystkie tryby wyświetlania RasMol są dostępne w trybie monochromatycznym. Dla
najlepsze rezultaty, użytkownicy powinni poeksperymentować z poleceniem set ambient, aby mieć pewność, że
maksymalny kontrast uzyskanych obrazów.

Tcl/Tk IPC wsparcie
Wersja 4 biblioteki graficznej Tk zmieniła protokół używany do komunikacji pomiędzy
Aplikacje Tk. RasMol w wersji 2.6 został zmodyfikowany tak, aby mógł się komunikować
zarówno z tym nowym protokołem, jak i poprzednią wersją protokołu 3 obsługiwaną przez RasMol
v2.5. Chociaż aplikacje Tcl/Tk 3.x mogą komunikować się tylko z innymi aplikacjami 3.x
aplikacji i aplikacji Tcl/Tk 4.x z innymi aplikacjami 4.x, te zmiany
umożliwić RasMol komunikację między procesami za pomocą obu protokołów (potencjalnie
jednocześnie).

UNIX Gniazda na podstawie IPC
Implementacja RasMol w systemie UNIX obsługuje komunikację poprzez gniazda w stylu BSD. Jakiś
identyczny mechanizm gniazd jest również opracowywany dla VMS, Apple Macintosh i
Systemy Microsoft Windows. Powinno to umożliwić RasMol interaktywne wyświetlanie
wyniki obliczeń na zdalnym hoście. Obecny protokół działa jako TCP/IP
serwer na porcie 21069, który wykonuje wiersze poleceń do momentu wydania polecenia wyjście or
Komenda porzucić jest wpisane. Polecenie wyjścia z serwera RasMol, polecenie
porzucić oba rozłączają bieżącą sesję i kończą RasMol. Ta funkcjonalność
można przetestować za pomocą polecenia UNIX telnet 21069.

Kompilowanie RasWin w Borland i MetroWerks
Przy przejściu z wersji 2.5 wprowadzono szereg zmian w kodzie źródłowym
do wersji 2.6, aby umożliwić kompilację RasMol w wersji dla systemu Microsoft Windows przy użyciu pliku
Kompilator Borland C/C++. Poprawki te obejmują zmiany nazw biblioteki standardowej
i specjalny kod, aby uniknąć błędu w _fmemset. Dodatkowe zmiany nastąpiły w
przejście z wersji 2.6 do 2.7, aby umożliwić kompilację z kompilatorami MetroWerks.

BIBLIOGRAFIA

Molekularny Grafika

[1] Nelson Max, „Komputerowa reprezentacja powierzchni molekularnych”, Grafika komputerowa IEEE
i Zastosowania, s. 21–29, sierpień 1983.

[2] Arthur M. Lesk, „Architektura białek: podejście praktyczne”, IRL Press Publishers,
1991.

Molekularny Grafika Programy

[3] Według J. Kraulisa, „MOLSCRIPT: program do tworzenia zarówno szczegółowych, jak i schematycznych wykresów
Protein Structures”, Journal of Applied Crystallography, tom 24, s. 946–950, 1991.

[4] David Bacon i Wayne F. Anderson, „Szybki algorytm renderowania wypełniania przestrzeni
Molecule Pictures”, Journal of Molecular Graphics, tom 6, nr 4, s. 219–220, grudzień 1988.

[5] David C. Richardson i Jane S. Richardson, „Kinemage: narzędzie naukowe
Komunikacja”, Protein Science, tom 1, nr 1, s. 3–9, styczeń 1992.

[6] Mike Carson, „RIBBONS 2.0”, Journal of Applied Crystallography, tom 24, s. 958–961,
1991.

[7] Conrad C. Huang, Eric F. Pettersen, Teri E. Klein, Thomas E. Ferrin i Robert
Langridge, „Conic: szybki renderer cząsteczek wypełniających przestrzeń cieniami”, Journal of
Molecular Graphics, tom 9, nr 4, s. 230–236, grudzień 1991.

Molekularny Biologia Algorytmy

[8] Wolfgang Kabsch i Christian Sander, „Słownik struktury wtórnej białka:
Rozpoznawanie wzorców wiązań wodorowych i cech geometrycznych”, Biopolimery, tom 22,
s.2577-2637, 1983.

[9] Michael L. Connolly, „Solvent-Accessible Surfaces of Proteins and Nucleic Acids”,
Science, tom 221, nr 4612, s. 709–713, sierpień 1983.

[10] Khaled Belhadj-Mostefa, Ron Poet i E. James Milner-White, „Displaying Inter-Main
Wzory łańcuchowych wiązań wodorowych w białkach”, Journal of Molecular Graphics, tom 9, nr 3,
s. 194–197, wrzesień 1991.

[11] Mike Carson, „Ribbon Models of Macromolecules”, Journal of Molecular Graphics, tom 5,
Nr 2, s. 103–106, czerwiec 1987.

[12] Mike Carson i Charles E. Bugg, „Algorithm for Ribbon Models of Proteins”, Journal
of Molecular Graphics, tom 4, nr 2, s. 121–122, czerwiec 1986.

[13] H. Iijima, JB Dunbar Jr. i G. Marshall, „Kalibracja efektywnej van der Waalsa
Atomowe promienie kontaktowe białek i peptydów”, Białka: struktura, funkcje i
Genetyka, tom 2, s. 330-339,1987, XNUMX.

Grafika Algorytmy

[14] J. Foley, A. van Dam, S. Feiner i J. Hughes, „Grafika komputerowa: zasady i
Praktyka”, wydanie drugie, Addison Wesley Publishers, 2.

[15] J. Cleary i G. Wyvill, „Analytics of an Algorithm for Fast Ray Tracing using Uniform
Podział przestrzeni”, The Visual Computer, tom 4, s. 65–83, 1988.

[16] Thomas Porter, „Cieniowanie sferyczne”, Grafika komputerowa, tom 12, SIGGRAPH ACM,
s.282-285, 1978.

[17] Jean-Michel Cense, „Dokładne obliczenia widoczności dla modeli molekularnych wypełniających przestrzeń”,
Journal of Molecular Graphics, tom 9, nr 3, s. 191–193, wrzesień 1991.

[18] Chris Schafmeister, „Szybki algorytm generowania obrazów CPK na grafice
Workstations”, Journal of Molecular Graphics, tom 8, nr 4, s. 201–206, grudzień 1990.

[19] Bruce A. Johnson, „MSURF: szybki i ogólny program reprezentacji
Powierzchnie molekularne”, Journal of Molecular Graphics, tom 5, nr 3, s. 167–169, wrzesień
1987.

filet Formaty

[20] Frances C. Bernstein i in., „The Protein Data Bank: A Computer-Based Archival File
for Macromolecular Structures”, Journal of Molecular Biology, tom 112, s. 535–542, 1977.

[21] Arthur Dalby, James G. Nourse, W. Douglas Hounshell, Ann KI Gushurst, David L.
Grier, Burton A. Leland i John Laufer, „Opis kilku formatów plików chemicznych
Używane przez programy komputerowe opracowane w Molecular Design Limited”, Journal of Chemical
Informacje i informatyka, tom 32, nr 3, s. 244–255, 1992.

[22] Adobe Systems Inc., „Podręcznik języka PostScript”, Addison-Wesley
Wydawcy, Reading, Mass., 1985.

[23] Philip E. Bourne i in., „The Macromolecular Crystallographic Information File
(mmCIF)”, Met. Enzymol. (1997) 277, 571-590.

[24] Sydney R. Hall, „Plik STAR: nowy format elektronicznego przesyłania danych i
Archiwizacja”, Journal of Chemical Information and Computer Sciences, t. 31, 326-333, 1991.

Użyj rasmol-gtk online, korzystając z usług onworks.net