rastep - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

rastep - (program elipsoidy termicznej Raster3D)

STRESZCZENIE

Rastep [-h] [-izo] [-B kolor B min Bmax] [-prawda Ppoziom] [-fantazyjny[0-3]] [-promień R] <
wplik.pdb > elipsoidy.r3d

Rastep -tabularyzować [plik tabulatora] [-według_typu_atomu] [-com [plik_comtab]] < wplik.pdb >
statystyka.tekst

Rastep odczytuje plik współrzędnych PDB. Ten plik musi zawierać rekordy ANISOU opisujące
atomy rafinowane anizotropowo. Rastep może albo utworzyć plik wejściowy dla Raster3D
renderować program lub przeprowadzać analizę statystyczną anizotropii atomowej dla różnych
klasy atomów wejściowych. Domyślnie program tworzy scenę elipsoidalną + kij
opis, w którym każdy atom jest reprezentowany przez elipsoidę zawierającą izopowierzchnię
funkcja gęstości prawdopodobieństwa. Są one powszechnie znane jako elipsoidy termiczne.

Program można uruchomić w trybie alternatywnym, kontrolowanym przez opcję -tabulate, w której
podstawowym wyjściem na stdout jest lista wartości własnych macierzy Uij, po której następuje
odpowiednią anizotropię atomową i izotropowy Ueq dla każdego atomu w pliku wejściowym
zarówno z rekordem ATOM, jak i pasującym rekordem ANISOU. Ten tryb jest używany przez
narzędzia do walidacji Parvati i Skittls.

PRZYKŁADY

Aby opisać elipsoidy termiczne na poziomie prawdopodobieństwa 50%, z domyślnymi kolorami CPK i
wyślij go do natychmiastowego renderowania do pliku PNG

rastep < plik.pdb | render -png obraz.png

Aby opisać te same elipsoidy pokolorowane przez Biso, pomijając rekordy nagłówka, aby
wynikowy plik wejściowy można połączyć z innymi komponentami sceny

rastep -h -Bcolor 10. 30. <infile.pdb> ellipsoids.r3d
cat header.r3d elipsoidy.r3d inne rzeczy.r3d | render > obrazek.png

OPCJE

-automatyczny

Automatyczny wybór kąta widzenia, wybrany w celu zminimalizowania rozprzestrzeniania się atomów wzdłuż widoku
kierunek.

-B kolor B min Bmax

Przypisuj kolory na podstawie wartości B zamiast porównywać rekordy ATOM z danymi wejściowymi lub wartościami domyślnymi
rekordy KOLORÓW. Atomy o B <= Bmin będą zabarwione na ciemnoniebiesko; atomy z B >= Bmax będą
mieć kolor jasnoczerwony; atomom o Bmin < B < Bmax zostaną przypisane płynnie cieniowane kolory
przez widmo od niebieskiego do czerwonego.

-fantazyjny[0-6]

Kurs -wymyślny opcja wybiera coraz bardziej złożone reprezentacje renderowanych elipsoid.
-fancy0 [domyślnie] = solidna powierzchnia
-fancy1 = główne osie elipsoidy z przezroczystą powierzchnią ograniczającą
-fancy2 = kolorowe płaszczyzny równikowe elipsoidy
-fancy3 = kolorowe płaszczyzny równikowe z przezroczystą powierzchnią ograniczającą
-fancy4 = przezroczysta powierzchnia graniczna zawierająca najdłuższą główną oś
-fancy5 = dla miłośników ORTEP, pełna elipsoida bez jednego oktanta
-fancy6 = dla miłośników ORTEP, którzy chcą brakującego oktanta w osobnym kolorze

-h

Pomiń rekordy nagłówka w danych wyjściowych. Domyślnie Rastep wygeneruje plik wyjściowy, który
zaczyna się od rekordów nagłówka zawierających domyślny zestaw opcji skalowania i przetwarzania.
Kurs -h flag pominie te rekordy nagłówka. Ta opcja jest przydatna do tworzenia plików
które opisują tylko część sceny, a które mają być później połączone z deskryptorem
pliki utworzone przez inne programy.

-izo

Wymuś izotropowe powierzchnie prawdopodobieństwa (kule). Rastep domyślnie szuka ANISOU
rekordy w pliku PDB i używać ich do generowania elipsoid. Jeśli nie ma rekordu ANISOU
dla danego atomu zostanie wykorzystana wartość B podana w rekordzie ATOM/HETATM
zamiast tego wygeneruj kulę. Wybór -izo opcja zmusi program do użycia B
wartość w rekordzie ATOM, nawet jeśli obecny jest również rekord ANISOU.

-mini

Auto-orientacja (jak w -auto) i mały rozmiar wykresu (176x208).

-bezwodorów

Nie rysuj wodorów, nawet jeśli występują w pliku PDB.

-prawda Ppoziom

Domyślnie izopowierzchnie są rysowane tak, aby zawierały 50% poziom prawdopodobieństwa w gęstości
funkcja opisana przez wartości Uij w rekordzie ANISOU. The -prawda opcja pozwala na
zamiast tego wybierz inny poziom prawdopodobieństwa. Jeśli 0 < Plevel < 1 ta wartość jest interpretowana
jako ułamek; jeśli Plevel > 1 ta wartość jest interpretowana jako procent.

-promień R

Domyślnie rastep rysuje wiązania o promieniu 0.10A między sąsiednimi atomami, używając tego samego
algorytm jako pręty. Ta opcja umożliwia zmianę promienia wiązań. Jeśli promień
jest ustawiony na 0, żadne obligacje nie są pobierane.

-tabularyzować [plik tabulatora]

Opcja -tabulate żąda, aby program gromadził i drukował statystyki dotyczące
rozkład anizotropii między atomami w pliku wejściowym zamiast tworzenia danych wejściowych
plik do renderowania. Główne osie i anizotropia każdego atomu są zapisywane na stdout. Jakiś
ogólne podsumowanie statystyczne jest zapisywane do pliku tabfile, jeśli określono, w przeciwnym razie do standardowego wyjścia.

-według_typu_atomu

Opcja -by_atomtype jest modyfikatorem opcji -tabulacja. Powoduje to dalszy podział
atomy według typu atomu w przygotowaniu zestawień statystycznych. Rodzaje atomów pochodzą z
kolumny 77:78 rekordów WPB ATOM.

-com [plik_comtab]

Zestawić w tabeli rozkład anizotropii w powłokach według odległości od środka masy. Wyjście do
comtabfile, jeśli określono, w przeciwnym razie na stdout.

UWAGI

Istnieje niewielka, jeśli w ogóle, spójność formatu między różnymi programami, które wypisują
anizotropowe parametry przemieszczenia. Ten program interpretuje wartości Uij w kolejności
określony dla rekordów ANISOU w formacie PDB. Oznacza to, że kolumny 29-70 rekordu WPB są
interpretowane jako liczby całkowite reprezentujące 10000 * Uij, w kolejności U11 U22 U33 U12 U13 U23.
Należy w szczególności zauważyć, że kolejność terminów krzyżowych nie jest taka sama, jak stosowana przez ORTEP
lub shelx, z których żaden i tak nie używa formatu PDB. Jednak program shelxpro to zrobi
tworzyć poprawnie sformatowane rekordy PDB z pliku współrzędnych shelx.

ŹRÓDŁO

sieć URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html kontakt:
Ethan Merritt
University of Washington, Seattle, WA 98195
[email chroniony]

Korzystaj z rastep online, korzystając z usług onworks.net