re-PCR - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

re-PCR — Znajdź miejsca oznaczone sekwencją (STS) w sekwencjach DNA

STRESZCZENIE

ponowna PCR [-hV] -p plik skrótu [-G luki] [-N mism] [-lq] [Elementarz ...]

ponowna PCR [-hV] -P plik skrótu [-G luki] [-N mism] [-l] [-M margines] [-O+|-] [-C partia] [-lub
plik wyjściowy] [-r+|-] [plik podkładowy ...]

ponowna PCR [-hV] -s plik skrótu [-G luki] [-N mism] [-lq] [-M margines] [-lub plik wyjściowy] [-r+|-] [lewy
prawo lo[-cześć] [...]]

ponowna PCR [-hV] -S plik skrótu [-G luki] [-N mism] [-lq] [-M margines] [-O+|-] [-C partia] [-lub
plik wyjściowy] [-r+|-] [plik sts ...]

OPIS

Implementuje wyszukiwanie wsteczne (tzw. Reverse e-PCR), aby umożliwić przeszukiwanie
sekwencję ludzkiego genomu i innych dużych genomów, wykonując wyszukiwanie STS i starterów.

OPCJE

-p=plik skrótu
Wykonaj wyszukiwanie podkładu za pomocą pliku hash

-P=plik skrótu
Wykonaj wyszukiwanie podkładu za pomocą pliku hash

-s=plik skrótu
Wykonaj wyszukiwanie STS przy użyciu pliku hash

-S=plik skrótu
Wykonaj wyszukiwanie STS przy użyciu pliku hash

-n=podobnie Ustaw maksymalne dozwolone niedopasowania na elementarz do wyszukiwania

-g=luki Ustaw maksymalne dozwolone indele na elementarz do wyszukiwania

-m=margines Ustaw zmienność rozmiaru STS do wyszukiwania

-l Użyj wyrównań o wstępnie ustawionym rozmiarze (tylko jeśli odstępy> 0)

-G Wydrukuj wyrównania w komentarzach

-d=minimum maksimum
Ustaw domyślny rozmiar STS

-r=+|- Włącz/wyłącz wyszukiwanie wsteczne STS

-O=+|- Włącz/wyłącz optymalizację wywołań systemowych

-C=partia nie
Ustaw liczbę STS na partię

-o=plik wyjściowy
Ustaw nazwę pliku wyjściowego

-q Cichy (brak wskaźnika postępu)

PRZYKŁAD

famap -tN -b genom.famap org/chr_*.fa

fahash -b genom.hash -w 12 -f3 ${PWD}/genome.famap

re-PCR -s genom.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200

See famapa(1) i fahaszSkładowanie

Skorzystaj z re-PCR online, korzystając z usług onworks.net