Jest to polecenie sam-stats, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
sam-stats - ea-utils: twórz przetrawione statystyki
STRESZCZENIE
sam-statystyki [Opcje] [file1] [file2...plik]
OPIS
Wersja: 1.38.681
Tworzy wiele łatwo przyswajalnych statystyk dla wymienionych plików
Opcje (domyślnie w nawiasach):
-D Śledź wiele wyrównań -O PREFIKS Włączenie prefiksu wyjściowego
rozszerzone wyjście (patrz poniżej) -R FIL Pokrycie/wyjście RNA (pokrycie, odchylenie 3' itp.,
sugeruje -A) -A Zgłaszaj wszystkie znaki chr, nawet jeśli jest ich więcej niż 1000 -b INT
Liczba odczytów próbki dla statystyk na bazę (1M) -S INT Rozmiar podpisu ASCII
(30) -x FIL Rozszerzenie pliku do obsługi wielu plików (statystyki) -M Only
nadpisz, jeśli nowszy (wymaga -xlub wiele plików) -B Wejście jest bam, nie rób tego
zawracaj sobie głowę patrzeniem na magię -z Nie zawiedź niepowodzenia, gdy w pliku sam będzie zero wpisów
WYDAJNOŚĆ:
Jeśli określono jeden plik, wyjście jest standardowe. Jeśli jest wiele plików
określony, lub jeśli -x opcja jest podana, plik wyjściowy jest . . Domyślny
rozszerzenie to „statystyki”.
Pełne statystyki:
: średnia, maks., odch. st., mediana, Q1 (25 percentyl), Q3
czyta: # wpisów w tym samym pliku, może nie być # odczytów
phred: używana skala phred
bsize : # odczyty używane do statystyk jakościowych
zmapowane odczyty
: liczba dopasowanych odczytów (unikalne sekwencje identyfikatorów sond)
mapowane bazy
: suma długości wyrównanych odczytów
Naprzód
: liczba odczytów wyrównanych do przodu
rewers
: liczba odwróconych odczytów
współczynnik snp
: niedopasowane zasady / zasady całkowite (wskaźnik snv)
stawka ins
: wstaw zasady / zasady ogółem
del stawka
: usunięte bazy / całkowita liczba zasad
niedopasowanie proc
: procent odczytów, które zawierają niezgodności
proc. wyrówn
: procent pasujących odczytów
dł
: odczyt statystyk długości, ignorowane, jeśli długość jest stała
mapq
: statystyki dotyczące jakości mapowania
wstawić
: statystyki dotyczące rozmiarów płytek
% : procent odwzorowanych zasad na chr, po którym następuje podpis
Podpróbkowany statystyki (1 mln czyta maks.):
podstawowa jakość : statystyki dla podstawowych cech %A,%T,%C,%G: podstawowe wartości procentowe
Znaczenie of dotychczasowy na chromosom podpis:
Histogram ascii zmapowanych odczytów według pozycji chromosomu. Jest wyprowadzany tylko wtedy, gdy
oryginalny SAM/BAM ma nagłówek. Wartości to log2 liczby mapowanych odczytów
każda pozycja + ascii „0”.
Rozszerzona wydajność tryb produkuje a zestaw of plików:
.stats: główne wyjście
.fastx : dane wyjściowe kompatybilne z zestawem narzędzi fastx
.rcov: liczba referencji i zasięg
.xdist: dystrybucja niezgodna
.ldist: rozkład długości (jeśli dotyczy)
.mqodległ
: mapowanie dystrybucji jakości
Korzystaj z sam-stats online, korzystając z usług onworks.net
