To jest polecenie show-diff, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
show-diff - pokaż informacje o różnicach (część pakietu mummer)
STRESZCZENIE
pokaż różnicę [opcje]
OPIS
-f Wyprowadzaj informacje różnicowe jako funkcje AMOS
-h Wyświetl informacje pomocy
-H Nie pokazuj nagłówka
-q Pokaż informacje różnicowe dla zapytań
-r Pokaż informacje różnicowe dla referencji (domyślnie)
Wyświetla listę różnic strukturalnych dla każdej sekwencji w odwołaniu i zapytaniu,
posortowane według pozycji. W przypadku sekwencji referencyjnej R i odpowiadającej jej sekwencji zapytania Q
różnice są klasyfikowane jako GAP (przerwa między dwoma wzajemnie spójnymi dopasowaniami), DUP
(wstawiona duplikacja), BRK (inna wstawiona sekwencja), JMP (przegrupowanie), INV
(przegrupowanie z inwersją), SEQ (przegrupowanie z inną sekwencją). Pierwsze pięć
kolumny wyników to identyfikator sekwencji, typ funkcji, początek funkcji, koniec funkcji i funkcja
długość. Dodatkowe kolumny są dodawane w zależności od typu obiektu. Cecha negatywna
długości wskazują nakładające się sąsiednie bloki wyrównujące.
IDR GAP początek przerwy koniec przerwy długość-R długość-przerwa-Q różnica-przerwa
IDR DUP dup-start dup-end długość dupy
IDR BRK początek przerwy długość przerwy
IDR JMP początek przerwy długość przerwy
IDR INV początek przerwy koniec przerwy długość szczeliny
IDR SEQ początek przerwy koniec przerwy długość poprzedniej sekwencji następna sekwencja
Pozycje zawsze odwołują się do sekwencji o podanym ID. Suma piątej kolumny
(ignorując wartości ujemne) to całkowita ilość wstawionej sekwencji. Podsumowując piątkę
kolumna po usunięciu cech DUP to całkowita unikalna wstawiona sekwencja. Zauważ, że niewyrównane
sekwencje nie są zliczane i mogą reprezentować dodatkowe „unikalne” sekwencje. Widzieć
dokumentację zawierającą wskazówki dotyczące interpretacji funkcji przerwania wyrównania.
Użyj show-diff online, korzystając z usług onworks.net
