To jest polecenie sirnae, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
sirna - Znajduje dupleksy siRNA w mRNA
STRESZCZENIE
sirna -sekwencja następna [-poliii boolean] [-aa boolean] [-tt boolean] [-polibaza boolean]
-plik wyjściowy raport -nast kolejne [-kontekst boolean]
sirna -Pomoc
OPIS
sirna to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open Software
Zestaw"). Jest częścią polecenia „Nukleic: Miejsca funkcjonalne, Nukleic: Struktura 2D”.
grupa(y).
OPCJE
Wkład Sekcja
-sekwencja następna
Sekwencja wkład Opcje
-poliii boolean
Ta opcja pozwala wybrać tylko 21 sond zasad, które zaczynają się od puryn i
można więc wyrazić z wektorów ekspresyjnych Pol III. To jest NARN(17)Wzór YNN
co zasugerowali Tuschl i in. Wartość domyślna: N
-aa boolean
Ta opcja pozwala wybrać tylko te 23 regiony bazowe, które zaczynają się od AA. Jeśli
ta opcja nie jest zaznaczona, wtedy regiony zaczynające się od AA będą faworyzowane poprzez dawanie
im wyższy wynik, ale raportowane będą również regiony, które nie zaczynają się od AA.
Wartość domyślna: N
-tt boolean
Ta opcja pozwala wybrać tylko te 23 regiony bazowe, które kończą się na TT. Jeśli to
opcja nie zostanie wybrana, wówczas regiony zakończone na TT będą faworyzowane poprzez przyznanie im a
wyższy wynik, ale raportowane będą również regiony, które nie kończą się na TT. Domyślny
wartość: N
-polibaza boolean
Jeśli ta opcja ma wartość FAŁSZ, wówczas tylko te 23 regiony podstawowe, które nie mają powtórzeń 4 lub
więcej dowolnych zasad z rzędu zostanie zgłoszonych. Żaden region nigdy tego nie zgłosi
mieć 4 lub więcej G z rzędu. Wartość domyślna: Y
Wydajność Sekcja
-plik wyjściowy raport
Wynikiem jest tabela części przedniej i tylnej dupleksu siRNA o 21 zasadach.
Zarówno sekwencje do przodu, jak i do tyłu są zapisane od 5' do 3' i są gotowe do zamówienia. The
dwie ostatnie zasady zostały zastąpione przez „dTdT”. Pozycja wyjściowa bazy 23
podano także region i zawartość %GC. Jeśli chcesz zobaczyć całą bazę 23
sekwencję, a następnie spójrz na sekwencję w drugim pliku wyjściowym lub użyj metody
kwalifikator „-context”, który wyświetli w tym 23 podstawy sekwencji do przodu
raport z dwoma pierwszymi zasadami w nawiasach. Te dwie pierwsze zasady nie stanowią części
sondę siRNA, którą należy zamówić.
-nast kolejne
Jest to plik sekwencji 23 regionów zasadowych, z których wybrane są siRNA
z. Możesz go użyć do przeszukiwania baz danych mRNA (np. REFSEQ), aby to potwierdzić
sondy są unikalne dla genu, na którym chcesz ich użyć.
-kontekst boolean
Wyjściowy plik raportu zawiera gotowe sekwencje 21 zasadowych regionów siRNA
zamówione. Nie daje to wskazania 2 zasad przed 21 zasadami. To
często interesujące jest sprawdzenie, który z sugerowanych możliwych regionów sondy ma „AA”
przed nimi (tzn. warto sprawdzić, który z 23 regionów bazowych zaczyna się od an
„AA”). Ta opcja wyświetla całe 23 bazy regionu z dwoma pierwszymi bazami
w nawiasach np. „(AA)”, aby dać ci kontekst dla regionu sondy. NIE POWINIENEŚ
PODCZAS SKŁADANIA ZAMÓWIENIA NA SONDY WŁĄCZ DWIE PODSTAWY W NAWIASACH. Domyślny
wartość: N
Korzystaj z sirnae online, korzystając z usług onworks.net
