To polecenie subread-align, które można uruchomić w darmowym dostawcy hostingu OnWorks, korzystając z jednej z wielu naszych darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
subread-align - dokładny i wydajny program do mapowania odczytów sekwencyjnych DNA genomowego
i odczyty RNA-seq (w celu analizy ekspresji)
ZASTOSOWANIE
pododczyt wyrównany [opcje] -i -r -o -t
Wymagane argumenty:
-i
Podstawowa nazwa indeksu.
-r
Nazwa pliku wejściowego. Formaty wejściowe, w tym skompresowane gzip fastq, fastq i fasta can
być automatycznie wykrywane. Jeśli sparowany koniec, powinien podać nazwę pliku
w tym pierwsze odczyty.
-t
Typ wejściowych danych sekwencjonowania. Jego wartości obejmują 0: dane RNA-seq 1: genomiczne
Dane sekwencjonowania DNA.
Argumenty opcjonalne:
-o
Nazwa pliku wyjściowego. Domyślnie dane wyjściowe są w formacie BAM.
-n
Liczba wybranych pododczytów, domyślnie 10.
-m
Próg konsensusu dotyczący zgłaszania trafienia (minimalna liczba pododczytów mapowanych w
konsensus) . W przypadku sparowanego końca daje to próg konsensusu dla odczytu kotwicy.
Domyślnie 3
-M
Określ maksymalną liczbę niedopasowanych podstaw dozwolonych w linii trasowania. 3 przez
domyślny. Niewłaściwe dopasowania znalezione w podstawach z miękkim klipsem nie są liczone.
-T
Liczba używanych wątków procesora, domyślnie 1.
-I
Maksymalna długość (w bp) indelów, które można wykryć. 5 domyślnie. Program
może wykryć indel o długości do 200 pz.
-B
Maksymalna liczba równie najlepszych lokalizacji mapowania do zgłoszenia. 1 domyślnie. Notatka
że -u opcja ma pierwszeństwo przed -B.
-P <3: 6>
Format wyników Phred w plikach wejściowych: „3” dla phred+33 i „6” dla phred+64. „3”
domyślnie.
-u Raportuj tylko odczyty mapowane w unikalny sposób. Liczba dopasowanych baz (dla RNA-seq) lub
Niedopasowane zasady (w przypadku sekwencjonowania genomowego DNA) służą do zerwania powiązania.
-b Konwertuj bazy odczytu przestrzeni kolorów na bazy odczytu przestrzeni bazowej w danych wyjściowych mapowania. Notatka
że mapowanie odczytu odbywa się w przestrzeni kolorów.
--sv Wykrywanie wariantów strukturalnych (np. długiego indelu, inwersji, duplikacji i
translokacji) i zgłoś punkty przerwania. Zapoznaj się z Podręcznikiem użytkownika, aby uzyskać informacje o punktach przerwania
raportowanie.
--SA Wejście
Odczyty wejściowe są w formacie SAM.
--BA Wejście
Odczyty wejściowe są w formacie BAM.
--SAMwyjście
Zapisz wynik mapowania w formacie SAM.
--przycinanie5
Przycinanie wyłączone liczba zasad od końca 5' każdego odczytu. 0 domyślnie.
--przycinanie3
Przycinanie wyłączone liczba zasad od końca 3' każdego odczytu. 0 domyślnie.
--rg-id
Dodaj identyfikator grupy odczytu do danych wyjściowych.
--rg
Dodać do nagłówka grupy odczytu (RG) na wyjściu.
--DPGapOtwórz Kara za otwarcie szczeliny w przypadku wykrycia zwarcia. -1 by
domyślna.
--DPGapExt
Kara za wydłużenie odstępu przy wykrywaniu krótkiego indeksu. 0 domyślnie.
--DP Niedopasowanie Kara za niezgodności w wykrywaniu krótkiego indeksu. 0 przez
domyślna.
--DPatch
Wynik dla dopasowanych zasad w wykrywaniu short indel. 2 domyślnie.
--złożoneIndele
Wykryj wiele krótkich indeli, które występują jednocześnie w małym regionie genomowym
(indele te mogą być oddalone od siebie nawet o 1 pb).
-v Wersja wyjściowa programu.
Opcjonalne argumenty dla sparowanych odczytów:
-R
Nazwa pliku wraz z drugimi odczytami.
-p
Próg konsensusu dla odczytu spoza kotwicy (otrzymującego mniej głosów niż kotwica)
czytać z tej samej pary). 1 domyślnie.
-d
Minimalna długość fragmentu/wstawki, domyślnie 50 pz.
-D
Maksymalna długość fragmentu/wstawki, domyślnie 600 bp.
-S
Orientacja pierwszego i drugiego odczytu, domyślnie „fr” (do przodu/do tyłu).
Szczegółowy opis argumentów znajduje się w Podręczniku użytkownika.
Użyj subread-align online za pomocą usług onworks.net
