Jest to polecenie t_coffee, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
t-coffee - wielokrotne dopasowanie sekwencji
STRESZCZENIE
t_kawa [Opcje]filet
kawa wyrównuje wiele sekwencji DNA lub białek.
OPCJE
Podsumowanie opcji znajduje się poniżej. Aby uzyskać pełny opis, zobacz
dokumentacja.
-pełny_log S [0]
-nazwa_uruchomienia S [0]
-tryb_pamięci S [0] Członek
-rozszerzyć D [1] 1
-tryb_rozszerzenia S [0] bardzo_szybka_trójka
-max_n_pary D [0] 10
-seq_name_for_quadruplet S [0] cała kolekcja
-kompaktowy S [0] domyślnym
-czysty S [0] Nie
-zrób_sam FL [0] 0
-do_normalizacji D [0] 1000
-plik_szablonu S [0]
-nast S [0]
-W S [0] Mlalig_id_pair Mslow_pair
-pdb S [0]
-out_lib W_F [0] Nie
-tylko_lib D [0] 0
-waga zewnętrzna W_F [0] Nie
-sekwencja_źródła S [0] JAKIEKOLWIEK
-kosmetyczna_kara D [0] -50
-otwórz lukę D [0] 0
-gapex D [0] 0
-fgapopen D [0] 0
-fgapext D [0] 0
-nie pasuje D [0] 0
-nowedrzewo W_F [0] domyślnym
-Użyj drzewa R_F [0]
-tryb_drzewa S [0] powolny
-szybkie drzewo FL [0] 0
-plik wyjściowy W_F [0] domyślnym
-Wyolbrzymiać FL [1] 1
-wyjście S [0] klaster
-w pliku R_F [0]
-matryca S [0] kwiat62mt
-tg_mode D [0] 1
-tryb_profilu S [0] cw_profile_profile
-porównanie_profilu S [0] full50
-dp_tryb S [0] cfasta_pair_wise
-krotna D [0] 1
-diag D [0] 0
-diag_próg D [0] 0
-tryb_diag D [0] 0
-sim_matrix S [0] Wasilij
-Type S [0]
-zamówienie S [0] wyrównany
-sekwencje S [0] poza
-walizka S [0] zachować
-procesor D [0] 0
-maxnsekw D [0] 60
-maxlen D [0] -1
-waga S [0] domyślnym
-sekwencja_waga S [0] t_kawa
-wyrównywać FL [1] 1
mocca FL [0] 0
-domena FL [0] 0
-Początek D [0] 0
-len D [0] 0
-skala D [0] 0
-mocca_interaktywna FL [0] 0
-ocena_trybu S [0] t_coffee_fast
-get_type FL [0] 0
-czyste_aln D [0] 0
-czysty_próg D [1] 1
-czysta_iteracja D [1] 1
-tryb_czystej_oceny S [0] t_coffee_fast
-profil S [0]
-profil1 S [0]
-profil2 S [0]
-rozszerz_macierz FL [0] 0
-prot_min_sim D [40] 40
-prot_max_sim D [60] 60
-prot_min_cov D [0] 0
-pdb_min_sim D [30] 30
-pdb_max_sim D [100] 100
-pdb_min_cov D [50] 50
-pdb_blast_server W_F [0] SIB
-prot_blast_server W_F [0] SIB
-pdb_db W_F [0] nrl3d
-białko_db W_F [0] nr
-log_metody W_F [0] Nie
-struc_to_use S [0]
-Pamięć podręczna W_F [0] posługiwać się
-align_pdb_parametr_plik W_F [0] Nie
-align_pdb_hasch_mode W_F [0] hasch_ca_trace_bubble
-msa_tryb S [0] drzewo
-lalign_n_top D [0] 10
-brzmieć D [0] 0
-Przyciąć D [0] 0
-rozdzielać D [0] 0
-plik przycinania S [0] domyślnym
-rozdzielać D [0] 0
-split_nseq_thres D [0] 0
-split_score_thres D [0] 0
-check_pdb_status D [0] 0
-seq_to_keep S [0]
-dpa_master_aln S [0]
-dpa_maxnseq D [0] 10
-dpa_min_score1 D [0]
-dpa_min_score2 D [0]
-dpa_keep_tmpplik FL [0] 0
-dpa_debug D [0] 0
-wielowątkowy S [0]
-lista_lib S [0]
Korzystaj z t_coffee online, korzystając z usług onworks.net
