xcrysden - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

xcrysden - wizualizator struktury krystalicznej i molekularnej

STRESZCZENIE

xkrysden [opcje-specjalne]
xkrysden [opcje-specjalne] opcje-formatu filet|katalog

OPIS

XCrySDen to program do wizualizacji struktur krystalicznych i molekularnych, którego celem jest m.in
wyświetlanie izopowierzchni i konturów, które można nakładać na struktury krystaliczne
i interaktywnie obracane i manipulowane.

SPECIAL OPCJE

-h
--help
Wyświetl komunikat pomocy.

-v
--wersja
Wyświetl informacje o wersji programu.

-u id
--posługiwać się id
Załaduj XCrySDen osadzone w oknie kontenera z identyfikatorem okna =id.

-r przyciemniony
--zmniejszony przyciemniony
Zmniejsz okresowy wymiar pliku XSF do przyciemniony. Należy określić wcześniej --xsf opcja,
EC xkrysden -r 2 --xsf filet.

-c filet
--zwyczaj filet
Załaduj niestandardowe definicje z określonego pliku (składnia jest taka, jak w przypadku
~/.xcrysden/custom-definitions).

-a filet
--atrybuty filet
Załaduj atrybuty z pliku. Format pliku atrybutów jest następujący:

KOLOR ELEMENTU
liczba-atomowa1 red1 blue1 green1
liczba-atomowa2 red2 blue2 green2
...
PROMIEŃ ELEMENTU
liczba-atomowa1 promień1
liczba-atomowa2 promień2
...

-l filet
--światła filet
Załaduj parametry świateł z sformatowanego pliku świateł XCrySDen.

FORMAT OPCJE

--xsf filet
Załaduj strukturę z pliku w formacie XCrySDen's-Structure-File (XSF).

--animxsf filet
--axsf filet
Załaduj struktury z pliku w formacie Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).

--bxsf filet
Załaduj pasma z pliku BXSF (Band-XSF) i wizualizuj Fermi Surface.

--xmol filet
--xyz filet
Załaduj strukturę z pliku w formacie XYZ.

--pdb filet
Załaduj strukturę z pliku w formacie PDB.

--gzmat filet
Struktura obciążenia z Gaussowskiej macierzy Z (wymagany program Open-Babel).

--gaussian_out filet
--gxx_out filet
--g98_out filet
Załaduj strukturę z pliku wyjściowego Gaussa. Tylko pojedyncze obliczenia punktowe i
przebieg optymalizacji jest jak dotąd obsługiwany. W przypadku przebiegu optymalizacyjnego jest to możliwe
wyrenderuj wszystkie struktury, które zostały utworzone podczas przebiegu.

--sześcian filet
--gXX_sześcian filet
--g98_kostka filet
Załaduj strukturę z pliku kostki Gaussa. Plik kostki powinien zostać utworzony z rozszerzeniem
Kostka = opcja kart. Obsługiwane są tylko pliki kostek skalarnych, czyli Cube=(Cards,Density)
lub Cube=(Karty, Orbitale) lub Cube=(Karty, Potencjał). Zapoznaj się z podręcznikiem GAUSSIANA
znaczenie tych słów kluczowych.

--kryształ_inp filet
Załaduj strukturę z CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) plik wejściowy.

--kryształ_f9 filet
Załaduj strukturę z CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) jednostka fortranowa 9.

--wien_struct pilnik|filet|katalog
Struktura obciążenia z WIEN2k (http://www.wien2k.at/) plik-struktura, gdzie:

pilnik = nazwa pliku struktury bez struktura rozbudowa,
filet = nazwa pliku,
katalog = nazwa katalogu sprawy.

--wien_kpath katalog|plik-struktury
Czytaj struct plik i wyrenderuj pierwszą strefę Brillouina ze specjalnymi punktami k. Ścieżka K może być
wybierane interaktywnie przez kliknięcie myszką specjalnych punktów k. Użytkownik musi określić EMIN
i EMAX energie i całkowitą liczbę k-punktów wzdłuż ścieżki. Ta liczba jest po prostu
oszacowanie całkowitej liczby k-punktów, ponieważ XCrySDen stara się uzyskać bardzo jednolite
próbkowanie k-punktów wzdłuż ścieżki (nie określaj WIEN2k maksymalnej dozwolonej liczby k-
punktów, ponieważ XCrySDen może wygenerować kilka punktów więcej).

--wien_renderdensity katalog
Czytaj struct, wydajność, rho pliki i renderuje strukturę krystaliczną i wstępnie obliczoną
gęstość ładunku.

--wien_density katalog
Region 2D lub 3D do obliczenia gęstości ładunku jest wybierany interaktywnie przez
kliknięcie myszką. XCrySDen generuje in5 plik(i), oblicza i renderuje gęstość ładunku
jako izolinie/płaszczyzny kolorów (2D) lub izopowierzchnie (3D).

--wien_fermisurface katalog
Wyskakujące okienko zadania do tworzenia powierzchni Fermiego. Po kilku krokach Fermi
powierzchnia jest (miejmy nadzieję) rysowana jako izopowierzchnia 3D.

--fhi_inpini filet
Struktura obciążenia z FHI98MD inp.ini sformatowany plik.

--fhi_współrzędna filet
Struktura obciążenia z FHI98MD koordynacja sformatowany plik.

--pwi
--pw_inp filet
Załaduj strukturę z pw.x wkład plik. pw.x jest pseudopotencjalnym programem fali płaskiej
dystrybucja Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

--pw
--pw_out filet
Załaduj strukturę z pw.x wydajność plik. pw.x jest pseudopotencjalnym programem fali płaskiej
dystrybucja Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

-s scenariusz
--scenariusz scenariusz
Załaduj skrypt z pliku zawierającego skrypt Tcl.

Korzystaj z xcrysden online, korzystając z usług onworks.net