Jest to polecenie zalign, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
zalig - równoległe lokalne dopasowanie sekwencji biologicznych
STRESZCZENIE
zrównać [-s wyniki] [-S podział] [-H hblk] [-V vblk] plik1 plik2
OPIS
zAlign to lokalny algorytm wyrównywania sekwencji, przeznaczony szczególnie do stosowania z dużymi biologicznymi DNA
sekwencje o przepustowości większej niż 1 Mbp (miliony par zasad). Używa dokładnej metody Smitha-Watermana
algorytm z funkcją kosztu przerwy afinicznej do wykonania tego zadania.
Ogólne opcje:
-h wyświetlenie tego opisu i zakończenie
-s
określ listę wyników oddzielonych przecinkami, które mają być użyte podczas obliczania wyrównania
macierze w całym programie. Lista musi być w formacie
"-sMATCH,MISMATCH,GAP_OPEN,GAP_EXTENSION" (bez cudzysłowów) i jest analizowany w tym
PRECYZYJNE zamówienie; między wartościami nie można umieszczać spacji. Jeśli są jakieś nieokreślone
parametry, są one ustawiane na wartości domyślne i pojawia się komunikat ostrzegawczy;
przekroczenia parametrów są odrzucane
STAGE 2 opcje:
-S
(tylko mpialign) liczba części, na które należy podzielić macierz wyrównania; po tym
krok stosuje się cykliczny model blokowy, dzieląc każdą część równo między wszystkie
dostępne węzły
-H
(tylko mpialign) liczba podpodziałów poziomych wykonanych przez każdy węzeł do jego
podmacierz wyrównania; ponieważ ta wartość definiuje szerokość bloku, dobry wybór powinien
pozwalają dwóm pełnym liniom matrycy pasować do stron pamięci podręcznej procesora, poprawiając algorytm
jest gwarancją najlepszej jakości, które mogą dostarczyć Ci Twoje monitory,
-V
(tylko mpialign) liczba podziałów pionowych wykonanych przez każdy węzeł względem jego wyrównania
podmacierz; ta wartość bezpośrednio wpływa na ilość komunikacji międzywęzłowej i jest
używany TYLKO, jeśli 'split' jest ustawiony na 1, w przeciwnym razie jest ustawiony na liczbę dostępnych
węzły
Korzystaj z zalign online, korzystając z usług onworks.net
