To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie BisSNP, której najnowszą wersję można pobrać jako BisSNP-1.0.0.jar. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie BisSNP z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
BisSNP
Ad
OPIS
Teraz w Githubie: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNP
BisSNP to pakiet oparty na platformie redukcji map Genome Analysis Toolkit (GATK) do genotypowania w masowo równoległym sekwencjonowaniu traktowanym wodorosiarczynem (Bisulfite-seq, NOMe-seq i RRBS) na platformie Illumina. Wykorzystuje wnioskowanie bayesowskie z ręcznie określonymi lub automatycznie oszacowanymi prawdopodobieństwami metylacji w różnym kontekście cytozyny (nie tylko CpG, CHH, CHG w sekwencji wodorosiarczynem, ale także GCH i in. w innym sekwencjonowaniu traktowanym wodorosiarczynem) w celu jednoczesnego określenia genotypów i poziomów metylacji . Działa zarówno w przypadku odczytów z pojedynczego, jak i sparowanego końca. Specyficzność i czułość zostały potwierdzone przez macierz Illumina IM SNP. W danych dotyczących domyślnego progu 30X (wynik w skali Phreda > 20) może wykryć 92.21% heterozygotycznych SNP z odsetkiem wyników fałszywie dodatnich na poziomie 0.14%. Wywołanie cytozyny nie opiera się tylko na kontekście odniesienia, więc może wykryć kontekst cytozyny niereferencyjny. Grupa Google, w której możesz uzyskać pomoc: http://goo.gl/zL7Nj
Zakładka Charakterystyka
- Dzwoniący SNP
- rozmówca metylacji
- Sekwencja wodorosiarczynu/NOMe-sekw./RRBS
- genotypowanie
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Wiersz poleceń
Język programowania
Perl, Jawa
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/bissnp/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
