Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie codonPhyML do uruchamiania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie codonPhyML, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
codonPhyML do uruchomienia w systemie Linux online
OPIS
codonPhyML wykorzystuje modele ewolucji kodonów Markowa w rekonstrukcji filogenezy. Biorąc pod uwagę zestaw gatunków scharakteryzowanych przez ich sekwencje DNA jako dane wejściowe, codonPhyML zwróci drzewo filogenetyczne, które najlepiej opisuje ich ewolucyjny związek. Nasz artykuł opisujący kodonPhyML został opublikowany w czasopiśmie "Molecular Biology and Evolution" (MBE). Aby uzyskać więcej informacji, kliknij link: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML na okładce MBE! Sprawdź to (sierpień 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.W przypadku wielomodelowej wersji CodonPhyML użyj archiwum „codonphyml_multi.tgz”.
Zakładka Charakterystyka
- Markowskie modele kodonów ewolucji: Goldman i Yang 1994, Muse i Gaut 1994, Kosiol i in. 2007, Schneider i in. 2005, Yap i in. 2010
- Heurystyka przeszukiwania topologii drzewa NNI i SPR
- parametry stopy substytucyjnej oszacowane metodą największej wiarygodności
- obsługa wielu rdzeni przez OpenMP
- prawdopodobieństwo porównywalne w różnych modelach (tj. AA, NT i CODON)
Publiczność
Nauka/Badania, Edukacja
Interfejs użytkownika
Konsola/Terminal, wiersz poleceń
Język programowania
C
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
