Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie MCPerm: permutacja Monte Carlo SNP, której najnowszą wersję można pobrać jako MCPerm_1.1.2.tar.gz. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie MCPerm: permutacja Monte Carlo SNP z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
MCPerm: permutacja Monte Carlo SNP
Ad
OPIS
MCPerm: metoda permutacji Monte Carlo dla korelacji wielu testów w badaniu skojarzeń kliniczno-kontrolnych
Tradycyjny test permutacji (TradPerm) jest ważną nieparametryczną metodą analizy, która może być traktowana jako złoty standard dla wielu poprawek testowych w badaniu asocjacyjnym kliniczno-kontrolnym. Jednak opiera się na oryginalnych danych dotyczących genotypów i fenotypów polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP) w celu wykonania dużej liczby losowych przetasowań, a zatem jest intensywny obliczeniowo, zwłaszcza w przypadku badania asocjacyjnego całego genomu (GWAS). Aby poprawić szybkość obliczeń bez zmiany wielkości wartości p TradPerm, opracowaliśmy metodę permutacji Monte Carlo (MCPerm) jako wydajną alternatywę dla TradPerm.
Metody: MCPerm nie musi tasować oryginalnych danych genotypów i fenotypów. Wykorzystuje metodę Monte Carlo, wykorzystuje dwustopniowy rozkład hipergeometryczny w celu wygenerowania losowej liczby genotypów (AA, Aa i aa) w przypadkach i kontrolach.
Język programowania
S / R
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/mcperm/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
