Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie MITP, działająca w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako MITP-1.1.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie MITP, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
MITP do uruchomienia w systemie Linux online
OPIS
miRNA to powszechnie znany mały niekodujący RNA, który może pośredniczyć w regulacji genów najważniejszych procesów biologicznych u roślin i zwierząt. Dlatego nieunikniona jest identyfikacja konserwatywnych i nowych miRNA oraz ich genów docelowych w modelach i nowych zsekwencjonowanych gatunkach. MITP jest przeznaczony do łatwej i szybszej identyfikacji miRNA w oparciu o wynik mapowania sekwencji z dowolnego oprogramowania do mapowania, które generuje wynik wyjściowy w formacie SAM, wynik blast (domyślny wynik wyjściowy) lub wynik blat (domyślny wynik wyjściowy). Program zapewnia praramter krokowy (8 kroków), który może pozwolić na uruchomienie programu od dowolnego kroku i zakończenie wszystkich pozostałych kroków. Możesz także biegać krok po kroku, używając każdego programu krokowego. Proszę uruchomić te programy krokowe w tym samym katalogu, w którym jest uruchomiony program główny MITP.pl. Niektóre kroki są opcjonalne (filtr odczytu, ekspresja, klasa miRNA i cel). Gdy wybierzesz powiązane parametry należące do tych opcjonalnych kroków, program wykona te kroki. W przeciwnym razie pomiń te kroki.Zakładka Charakterystyka
- Zidentyfikuj konserwatywne miRNA zgodnie z wynikiem BLAST między znanym miRNA a sekwencją genomu
- Zidentyfikuj nowy miRNA na podstawie wyniku dopasowania w domyślnym pliku wyjściowym BLAST, wyjściowym BLAT lub pliku w formacie SAM
- Zidentyfikuj małe regiony RNA
- Przewiduj docelowe geny miRNA
- Porównaj miRNA u różnych gatunków
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
Perl
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/mitp/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
