Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie PARSEC - PAtteRn SEarch / Context, której najnowszą wersję można pobrać jako PARSEC_Deployment_Package_v2.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie PARSEC - WYSZUKIWANIE WZORÓW / Kontekst z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
PARSEC — wyszukiwanie wzorców/kontekst
OPIS
Charakterystyka miejsc genomowych stanowi główne wyzwanie w zrozumieniu i wykorzystaniu danych sekwencjonowania nowej generacji. Większość miejsc genomowych jest reprezentowana przez krótkie, zdegenerowane motywy o rozproszonym rozmieszczeniu, a czasami o funkcji biologicznej (np. Regulacja ekspresji genów, wzorce splicingu lub sygnały epigenetyczne). Motywy te wiążą się z ogromną ilością szumu, dlatego opracowanie platformy obliczeniowej do dokładnego wykrywania miejsc genomowych wymaga integracji różnych wielkoskalowych danych biologicznych w celu odfiltrowania wyników fałszywie dodatnich.
PARSEC stanowi intuicyjne, modułowe (łatwo rozszerzalne) i kompleksowe rozwiązanie umożliwiające efektywną integrację wielu różnorodnych informacji genomicznych w celu przeprowadzenia nieliniowej lokalizacji i charakteryzacji miejsc biologicznych w środowisku przyjaznym dla użytkownika.
Zobacz wiki, aby zapoznać się z wymaganiami sprzętowymi i obsługiwanymi przeglądarkami.
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Oparte na sieci Web
Język programowania
C++, Jawa
Środowisko bazy danych
JDBC, MySQL, PostgreSQL (pgsql)
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/genomicparsec/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
