To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie Subread, której najnowszą wersję można pobrać jako subread-2.0.4-Windows-x86_64.tar.gz. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie Subread z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
Podczytane
Ad
OPIS
Pakiet oprogramowania Subread to zestaw narzędzi do przetwarzania danych sekwencjonowania nowej generacji. Obejmuje wyrównywacz Subread, detektor złącz Subjunc egzon-egzon oraz program podsumowujący odczyty funkcji FeatureCounts.
Aligner subread może być użyty do wyrównania zarówno odczytów gDNA-seq, jak i RNA-seq. Określono wyrównywacz Subjunc przeznaczony do wykrywania połączenia ekson-ekson. W celu mapowania odczytów RNA-seq Subread wykonuje lokalne dopasowania, a Subjunc wykonuje globalne dopasowania. Subread i Subjunc zostały opublikowane w następującym artykule: Yang Liao, Gordon K. Smyth i Wei Shi. „The Subread aligner: szybkie, dokładne i skalowalne mapowanie odczytu przez seed-and-vote”, Nucleic Acids Research, 2013, 41 (10): e108
Zakładka Charakterystyka
- czytaj aligner
- sekwencjonowanie nowej generacji
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Wiersz poleceń
Język programowania
C
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/subread/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
