Angielskifrancuskihiszpański

Ulubiona usługa OnWorks

Pobierz TaxOnTree dla systemu Linux

Pobierz bezpłatnie aplikację TaxOnTree Linux do uruchamiania online w Ubuntu online, Fedorze online lub Debianie online

To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie TaxOnTree, której najnowszą wersję można pobrać jako TaxOnTree_v1.6.1.3_Linux_x86_64.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.

Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie TaxOnTree z OnWorks za darmo.

Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:

- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.

- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.

- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.

- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.

- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.

- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.

ZRZUTY EKRANU

Ad


Drzewo podatku


OPIS

TaxOnTree to program filogenetyczny służący do łączenia informacji taksonomicznych w drzewie filogenetycznym.
Wynikiem jest plik drzewa w formacie NEX skonfigurowany do otwarcia w FigTree, który użytkownicy mogą szybko pokolorować według dowolnego taksonu lub pochodzenia wspólnego dla sekwencji za pomocą zapytania. Dane wejściowe mogą stanowić plik w formacie Fasta do wykorzystania w wyszukiwaniu BLAST lub lista sekwencji reprezentowanych przez ich identyfikatory (UniProtAC lub NCBI gi), jeśli klaster jest już dostępny. Ponadto plik newick utworzony za pomocą oprogramowania użytkownika i określonych ustawień może zostać wykorzystany do kontynuowania etykietowania taksonomicznego. TaxOnTree zmienia swojego użytkownika w eksperta w dziedzinie taksonomii. TaxOnTree koryguje również brak niektórych taksonów w taksonomii NCBI. Program wiersza poleceń jest łatwy w konfiguracji i można go połączyć z kilkoma narzędziami bioinformatycznymi, tworząc kolorowe drzewo w formacie PDF. TaxOnTree jest dostępny jako narzędzie internetowe w http://biodados.icb.ufmg.br/taxontree do mało wymagających prac.



Zakładka Charakterystyka

  • Wprowadź zapytanie w formacie fasta (lub jego identyfikator) i wygeneruj drzewo filogenetyczne
  • Baza danych RefSeq zawierająca wyłącznie kompletne białka i proteony UniProt Reference jest dystrybuowana wraz z TaxOnTree
  • Wiele dopasowań można wykonać za pomocą MUSCLE, PRANK, Clustal Omega lub Kaliign
  • Alternatywnie, jako dane wejściowe można wykorzystać klastry homologów, takie jak KO, jajkoNOG, OrthoMCL-DB, PANTHER itp.
  • TaxOnTree może traktować wyrównanie za pomocą TrimAl i budować drzewo za pomocą FastTree
  • Jednakże drzewo utworzone przez użytkownika w formacie Newick może być użyte jako dane wejściowe dla TaxOnTree
  • TaxOnTree tworzy plik NEXUS, który można otworzyć za pomocą FigTree
  • Aplikacja może uruchomić wiersz poleceń FigTree i wyeksportować analizowane drzewo do pliku PDF
  • Do jednorazowego użytku dostępne jest narzędzie internetowe, którego kod jest również udostępniany do instalacji lokalnej


Publiczność

Nauka/Badania


Interfejs użytkownika

Wiersz poleceń


Język programowania

Perl


Środowisko bazy danych

Perl DBI/DBD, MySQL



Kategorie

Bioinformatyka

Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/taxontree/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.


Darmowe serwery i stacje robocze

Pobierz aplikacje Windows i Linux

  • 1
    strz
    strz
    Projekt Wolnego Oprogramowania Strikr. Artefakty
    wydany na podstawie „intencji”
    podwójna licencja: AGPLv3 (społeczność) i
    CC-BY-NC-ND 4.0 międzynarodowa
    (Reklama w telewizji)...
    Pobierz strikr
  • 3
    GIFLIB
    GIFLIB
    giflib to biblioteka do czytania i
    pisanie obrazów gif. Jest to API i ABI
    kompatybilny z libungif, który był w
    szerokie zastosowanie podczas kompresji LZW
    algorytm był...
    Pobierz GIFLIB
  • 4
    Alt+F
    Alt+F
    Alt-F zapewnia bezpłatne i otwarte oprogramowanie
    alternatywne oprogramowanie dla DLINK
    DNS-320/320L/321/323/325/327L and
    DNR-322L. Alt-F ma Sambę i NFS;
    obsługuje ext2/3/4...
    Pobierz Alt-F
  • 5
    Usm
    Usm
    Usm to zunifikowany pakiet Slackware
    menedżer, który obsługuje automatyczne
    rozwiązanie zależności. To jednoczy
    różne repozytoria pakietów, w tym
    slackware, slacky, p...
    Pobierz usm
  • 6
    Chart.js
    Chart.js
    Chart.js to biblioteka JavaScript, która
    pozwala projektantom i programistom rysować
    wszelkiego rodzaju wykresy przy użyciu HTML5
    element płótna. Chart js oferuje świetne
    tablica ...
    Pobierz Chart.js
  • więcej »

Komendy systemu Linux

Ad