Jest to aplikacja dla systemu Windows o nazwie kSNP, której najnowszą wersję można pobrać jako kSNP4.1-source-code.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie kSNP z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom dowolny emulator online systemu operacyjnego OnWorks z tej witryny, ale lepszy emulator online systemu Windows.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Windows, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację i zainstaluj ją.
- 7. Pobierz Wine z repozytoriów oprogramowania dystrybucji Linuksa. Po zainstalowaniu możesz dwukrotnie kliknąć aplikację, aby uruchomić ją za pomocą Wine. Możesz także wypróbować PlayOnLinux, fantazyjny interfejs w Wine, który pomoże Ci zainstalować popularne programy i gry Windows.
Wine to sposób na uruchamianie oprogramowania Windows w systemie Linux, ale bez systemu Windows. Wine to warstwa kompatybilności z systemem Windows typu open source, która może uruchamiać programy systemu Windows bezpośrednio na dowolnym pulpicie systemu Linux. Zasadniczo Wine próbuje ponownie zaimplementować system Windows od podstaw, aby mógł uruchamiać wszystkie te aplikacje Windows bez faktycznego korzystania z systemu Windows.
kSNP
Ad
OPIS
kSNP4 identyfikuje SNP pangenomu w zestawie sekwencji genomu i szacuje drzewa filogenetyczne na podstawie tych SNP. Odkrywanie SNP opiera się na analizie k-merów i nie wymaga dopasowania wielu sekwencji ani wyboru genomu referencyjnego, więc kSNP4 może przyjąć jako dane wejściowe setki genomów drobnoustrojów. Locus SNP jest zdefiniowany przez oligo o długości k otaczające centralny allel SNP. kSNP100 może analizować zarówno kompletne (gotowe), jak i niedokończone genomy w złożonych kontigach lub surowych, niezłożonych odczytach. Gotowe i niedokończone genomy można analizować razem, a kSNP może automatycznie pobierać pliki Genbank zawierające gotowe genomy i włączać informacje zawarte w tych plikach do adnotacji SNP.
Do korzystania z kSNP4 nie są wymagane żadne umiejętności programowania
Gardner, SN i Hall, BG 2013. . PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Gardner, SN, T. Ślęzak i BG Hall. 2015 Bioinformatyka 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatyka/btv271
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
