Jest to aplikacja dla systemu Windows o nazwie PRADA, której najnowszą wersję można pobrać w formacie PRADA.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie PRADA z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom dowolny emulator online systemu operacyjnego OnWorks z tej witryny, ale lepszy emulator online systemu Windows.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Windows, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację i zainstaluj ją.
- 7. Pobierz Wine z repozytoriów oprogramowania dystrybucji Linuksa. Po zainstalowaniu możesz dwukrotnie kliknąć aplikację, aby uruchomić ją za pomocą Wine. Możesz także wypróbować PlayOnLinux, fantazyjny interfejs w Wine, który pomoże Ci zainstalować popularne programy i gry Windows.
Wine to sposób na uruchamianie oprogramowania Windows w systemie Linux, ale bez systemu Windows. Wine to warstwa kompatybilności z systemem Windows typu open source, która może uruchamiać programy systemu Windows bezpośrednio na dowolnym pulpicie systemu Linux. Zasadniczo Wine próbuje ponownie zaimplementować system Windows od podstaw, aby mógł uruchamiać wszystkie te aplikacje Windows bez faktycznego korzystania z systemu Windows.
PRADA
Ad
OPIS
Masowo równoległe sekwencjonowanie cDNA poddanego odwrotnej transkrypcji z RNA (RNASeq) zapewnia dokładne oszacowanie ilości i składu mRNA. Aby scharakteryzować transkryptom poprzez analizę danych seq RNA, opracowaliśmy PRADA. PRADA koncentruje się na przetwarzaniu i analizie szacunków ekspresji genów, nadzorowanej i nienadzorowanej identyfikacji fuzji genów oraz nadzorowanej identyfikacji delecji wewnątrzgenowych.
PRADA obsługuje obecnie 7 modułów do przetwarzania i identyfikacji nieprawidłowości na podstawie danych RNAseq:
przetwarzanie wstępne: Generuje wyrównane i ponownie skalibrowane pliki BAM.
Expression: Generuje ekspresję genów (RPKM) i metryki jakości.
fuzja: identyfikuje kandydujące fuzje genów.
Guess-ft: Nadzorowane wyszukiwanie transkryptów fuzji.
zgadnij, jeśli: Nadzorowane poszukiwanie fuzji wewnątrzgenowych.
homologia: Oblicza homologię między danymi dwoma genami.
rama: Przewiduje funkcjonalną konsekwencję transkryptu fuzyjnego
Zakładka Charakterystyka
- PRADA jest napisana w języku programowania Python i przeznaczona do uruchamiania w środowisku wiersza poleceń w systemach operacyjnych UNIX lub LINUX.
- Szczegółowy opis etapów instalacji i wykorzystania każdego modułu wraz z przykładami znajduje się w dokumentacji pod adresem https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- Pliki referencyjne hg19 są dostępne do pobrania pod adresem http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- Aby usunąć artefakty fuzji, odfiltrowujemy geny z wieloma partnerami w tej samej próbce i homologii.
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/prada/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
