Jest to aplikacja dla systemu Windows o nazwie VarScan, działająca w systemie Windows online za pośrednictwem systemu Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako VarScan.v2.3.9.jar. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie VarScan, która będzie działać bezpłatnie w systemie Windows online w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom dowolny emulator online systemu operacyjnego OnWorks z tej witryny, ale lepszy emulator online systemu Windows.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Windows, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację i zainstaluj ją.
- 7. Pobierz Wine z repozytoriów oprogramowania dystrybucji Linuksa. Po zainstalowaniu możesz dwukrotnie kliknąć aplikację, aby uruchomić ją za pomocą Wine. Możesz także wypróbować PlayOnLinux, fantazyjny interfejs w Wine, który pomoże Ci zainstalować popularne programy i gry Windows.
Wine to sposób na uruchamianie oprogramowania Windows w systemie Linux, ale bez systemu Windows. Wine to warstwa kompatybilności z systemem Windows typu open source, która może uruchamiać programy systemu Windows bezpośrednio na dowolnym pulpicie systemu Linux. Zasadniczo Wine próbuje ponownie zaimplementować system Windows od podstaw, aby mógł uruchamiać wszystkie te aplikacje Windows bez faktycznego korzystania z systemu Windows.
ZRZUTY EKRANU
Ad
VarScan do działania w systemie Windows online za pośrednictwem systemu Linux online
OPIS
Wykrywanie wariantów w sekwencjonowaniu masowo równoległym. Dla jednej próbki nazywa SNP, indele i genotypy konsensusowe. W przypadku par z prawidłowym nowotworem dodatkowo klasyfikuje każdy wariant jako linia zarodkowa, somatyczną lub LOH, a także wykrywa zmiany liczby kopii somatycznych. NAJNOWSZA WERSJA JEST DOSTĘPNA NA GITHUbieZakładka Charakterystyka
- Wywołuje SNP i Indel z plików pileup SAMtools
- Filtruje warianty według zasięgu, głębokości odczytu, częstotliwości wariantu i jakości podstawowej
- Określa stan somatyczny (Somatic, Germline, LOH) dla par nowotwór-normalny
- Porównuje, łączy i przecina dwie listy wariantów
- Ogranicza wywołania wariantów do zbioru pozycji docelowych lub regionów docelowych
- Bezpłatnie do użytku niekomercyjnego.
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Wiersz poleceń
Język programowania
Java
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/varscan/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
