Este é o comando alter-sequência-alinhamento que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
Alinhamento de sequência - sequências genômicas Ambiente de Transformação de Alinhamento
SINOPSE
alter-sequência-alinhamento [opção] [seqüência]
DESCRIÇÃO
ALTER (ALignment Transformation EnviRonment) é uma ferramenta para transformar
entre vários formatos de alinhamento de sequência. ALTER foca no
especificações de alinhamento principal e programas de análise, em vez de
na conversão entre formatos mais ou menos específicos.
OPÇÕES
-c (--colapso)
Recolher sequências em haplótipos.
-CG (--collapseGaps)
Trate as lacunas como dados ausentes durante o recolhimento.
-cl (--collapseLimit)N
Limite de conexão (sequências diferentes em <= l sites serão recolhidas) (o padrão é
l = 0).
-cm (--collapseFalta)
Conte os dados ausentes como diferenças ao recolher.
-i (--entrada) ARQUIVO
Arquivo de entrada.
-I a (--inputAutodetectar)
Formato de detecção automática (outras opções de entrada são omitidas).
-E se (--Formato de entrada)VAL
Formato de entrada (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP ou PIR).
-io (--inputOS)VAL
Sistema operacional de entrada (Linux, MacOS ou Windows)
-ip (--inputPrograma)VAL
Programa de entrada (Clustal, MAFFT, MUSCLE, PROBCONS ou TCoffee).
-o (--resultado) ARQUIVO
Arquivo de saída.
-do (--Formato de saída)VAL
Formato de saída (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP ou PIR).
-ol (--outputLowerCase)
Saída em caixa baixa.
-um (--outputMatch)
Saída de caracteres de correspondência.
-On (--outputResidueNumbers)
Números de resíduos de saída (apenas formato ALN).
-oo (--outputOS)VAL
Sistema operacional de saída (Linux, MacOS ou Windows).
-op (--outputPrograma)VAL
Programa de saída (jModelTest, MrBayes, PAML, PAUP, PhyML, ProtTest, RAxML, TCS,
CodABC, BioEdit, MEGA, dnaSP, Se-Al, Mesquite, SplitsTree, Clustal, MAFFT, MUSCLE,
PROBCONS, TCoffee, Gblocks, SeaView, trimAl ou GENERAL)
-osso (--outputSequencial)
Saída sequencial (apenas formatos NEXUS e PHYLIP).
Use alter-sequência-alinhamento online usando serviços onworks.net