arden-create - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

arden-create - gera um genoma de referência artificial (AR) a partir de uma determinada entrada

SINOPSE

arden-criar [opções] [PASTA DE SAÍDA] [INPUT RÁPIDO] ...

DESCRIÇÃO

Script para gerar um genoma de referência artificial (AR) a partir de uma determinada entrada. O ar
preenche as seguintes condições por configurações padrão:

1 tem uma distribuição de nucleotídeos igual ao genoma de entrada

2 tem uma distribuição de aminoácidos (aa) igual ao genoma de entrada

3 mantém a vizinhança aa semelhante à vizinhança no genoma de entrada

4 protege códons de início e parada de mutações

OPÇÕES

Argumentos necessários:

PASTA DE SAÍDA
caminho completo para a pasta de destino de saída

INPUT RÁPIDO
Arquivo Fasta de sequência única.

--versão
mostrar o número da versão do programa e sair

-h, --Socorro
mostre esta mensagem de ajuda e saia

-d DISTÂNCIA, --distância=DISTÂNCIA
distância entre 2 mutações no nível do DNA. A distância mínima será então d-3.
[padrão: 15]

-o ORF, --orf=ORF
1- proteger a estrutura ORF de mutações. 0 - permite mutações no início / parada
códon [padrão: 1]

-r REVSUB, --revsub=REVUB.
1 - substituição reversa se nenhuma contraparte adequada foi encontrada (mutação balanceada).
0 - mantém as mutações desequilibradas. [Padrão: 1]

-m ALEATÓRIA, --aleatória=RANDOM
Variável 1/0. 1 - posições iniciais embaralhadas para o

mutações. 0 - mutação linear [padrão: 1]

-s SORF, --saveorfs=SORF
Salvar códons de início e parada encontrados em um arquivo pickle (pode ser carregado se a entrada fasta
é usado novamente se um nome de arquivo for especificado). [predefinição: ]

-l LORF, --loaderfs=LORF
Especifique o nome do arquivo para um arquivo pickle criado anteriormente (contém as posições de
iniciar / parar códons) [padrão:]

-n NAME --nome=NOME
Especifique o nome que será usado como cabeçalho. [predefinição: ]

-p PEXEMPLOS, --exemplos=PEXEMPLOS
defina como 1 se você quiser imprimir exemplos

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