Este é o comando asn2all que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
asn2all - gerar relatórios de dados biológicos ASN.1
SINOPSE
asn2all [-] [-A acc] [-F nome do arquivo] [-G] [-J n] [-K n] [-M] [-T] [-X] [-a tipo] [-b] [-c]
[-d caminho] [-f formato] [-h] [-i nome do arquivo] [-k] [-l] [-n Privacidade] [-o nome do arquivo] [-p caminho]
[-r] [-v nome do arquivo] [-x ext]
DESCRIÇÃO
asn2all destina-se principalmente a gerar relatórios do conjunto bioseq ASN.1 binário
libere arquivos baixados do site de ftp do NCBI (diretório ncbi-asn1). Pode produzir
Flatfiles GenBank e GenPept, arquivos de sequência FASTA, XML estruturado INSDSet, XML TinySeq,
e tabelas de recursos de 5 colunas no estilo Sequin.
Os arquivos de lançamento (que têm a extensão .aso.gz) deve ser descompactado com
gunzip(1), resultando em arquivos com a extensão .aso. Por exemplo, a gbpri1.aso é o
primeiro arquivo na divisão de primatas, e o comando
gunzip gbpri1.aso.gz
vai resultar em gbpri1.aso sendo criado. O original gbpri1.aso.gz arquivo é removido após
descompressão bem sucedida.
In asn2all, o nome do arquivo a ser processado é especificado pelo -i linha de comando
argumento. Usar -a t para indicar que é um arquivo de lançamento e -b para indicar que é
ASN.1 binário. Um arquivo de texto ASN.1 obtido do Entrez pode ser processado usando -a a
em vez de -a t -b.
Os registros de nucleotídeos e proteínas podem ser processados simultaneamente. Use o -o argumento para
indicar o arquivo de saída de nucleotídeo, e o -v argumento para o arquivo de saída de proteína.
A -f argumento determina o formato a ser gerado e é documentado com mais detalhes
(junto com outras opções) na seção a seguir.
OPÇÕES
Um resumo das opções está incluído abaixo.
- Imprimir mensagem de uso
-A adesão
Acesso para buscar; pode assumir a forma adesão,complexidade,bandeiras onde complexidade
normalmente deve ser 0 e de um bandeiras valor de -1 permite a busca de recursos externos
-F nome do arquivo
Arquivo de filtro de adesão
-G Mapeamento de genoma relaxado
-J n Seq-loc de
-K n Seq-loc para
-M Cadeia Seq-loc Menos
-T Usar tópicos
-X Saída estendida do qualificador
-a tipo
Tipo de entrada ASN.1:
a Automático (padrão)
c catenado
z qualquer
e Seq-entrada
b Biosseq
bioseq-set
m Seq-enviar
t processamento em lote (adequado para lançamentos oficiais; detecta automaticamente o tipo específico)
-b O conjunto Bioseq é binário
-c O conjunto Bioseq está comprimido
-d caminho
Caminho para dados ASN.1 binários indexados
-f formato
Formato de saída:
g GenBank / GenPept (padrão)
m Estilo GenBank Master
f RÁPIDO
d CDS RÁPIDO
e Gene FASTA
t Tabela de recursos de 5 colunas estilo Sequin
y TinySet XML (semelhante a FASTA)
s INSDSet XML (semelhante ao GenBank / GenPept)
um ASN de texto estruturalmente equivalente.
x XML estruturalmente equivalente
c componentes do cache
-h Exibir mensagem extra de ajuda
-i nome do arquivo
Nome do arquivo de entrada (entrada padrão por padrão)
-k Habilitar busca local
-l Bloqueie os componentes com antecedência
-n Privacidade
Política próxima ao FASTA:
a Tudo
n Perto apenas (padrão)
f longe apenas
-o nome do arquivo
Nome do arquivo de saída de nucleotídeo
-p caminho
Caminho para arquivos
-r Habilitar busca remota
-v nome do arquivo
Nome do arquivo de saída da proteína
-x ext Sufixo de seleção de arquivo ao trabalhar com diretórios inteiros. (o padrão é .aso)
EXEMPLOS
O comando
asn2all -i gbpri1.aso -at -b -fg -o gbpri1.nuc -v gbpri1.prt
irá gerar relatórios GenBank e GenPept de gbpri1.aso.
Use asn2all online usando serviços onworks.net
