autogrid4 - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

autogrid - preparando proteína e ligante para análise AutoDock

SINOPSE

grade automática4 [opções] -p arquivo de parâmetro de grade

DESCRIÇÃO

Autogrid prepara uma representação de grade 3D das energias de interação não covalentes que
vários tipos de átomos de ligante especificados pelo usuário irão experimentar em torno de um alvo especificado pelo usuário
macromolécula. Além disso, o potencial eletrostático e a rede de energia livre de dessolvatação
mapas também podem ser calculados. Os mapas de grade são armazenados em arquivos de texto simples com o
extensão '.map' e são exigidos pelo AutoDock 4 para realizar encaixes. AutoGrid também
gera um arquivo '.xyz' que descreve as extensões espaciais da caixa de grade, e um AVS
arquivo de campo '.fld' que descreve o conjunto consistente de mapas de grade de afinidade atômica que
foram calculados juntos para uma determinada macromolécula alvo. Nota: é necessário
mapas de grade de computação para todos os tipos de átomos no ligante ou conjunto de ligantes que serão
acoplado, bem como um mapa de grade de potencial eletrostático e um mapa de energia livre de dessolvatação.
Por exemplo, se um ligante tem um carbono alifático e um oxigênio que aceita uma ligação de hidrogênio
átomo, seria necessário calcular um mapa 'C' e um mapa 'OA'. Ver
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
parâmetros para obter mais informações sobre os tipos de átomo do AutoDock 4.

A entrada para o AutoGrid é melhor preparada com o conjunto de programas AutoDockTools. Não há
maneira de executar o autodock4 sem uma grade.

OPÇÕES

-o Use o formato PDBq antigo (q nas colunas 55-61)

-u Informações de uso, também -h no Debian.

-d Maior detalhamento das mensagens para ajudar na depuração.

-l arquivo de log

-p nome do arquivo Especifica o arquivo de parâmetro da grade

EXEMPLO

Uma gama de testes é disponibilizada com as fontes AutoGrid que podem ser usados ​​da seguinte forma:
$ D = / usr / share / doc / autogrid / Testes
$cd / Tmp
$ ln -s $ D / AD4_parameters.dat.
$ gunzip -c $ D / hsg1_sm.pdbqt.gz> hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $ D / hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg

Este comando prepara arquivos de mapa de grade para cada um dos tipos de átomo AutoDock especificados no
arquivo de parâmetro de grade (neste caso: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), o AVS
arquivo de campo (hsg1_sm.maps.fld) e hsg1_sm.maps.xyz. Para realizar o cálculo de engatilhamento,
AutoDock deve ser executado, embora exija um arquivo de parâmetro de encaixe separado (com
extensão .dpf). O 'DPF' refere-se aos arquivos de mapa de grade que são necessários para o encaixe
e permite a configuração de outros parâmetros importantes, como o método de pesquisa e como
muitos encaixes para realizar.

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