Este é o comando bowtie2-build-s que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
bowtie2-build-s - construindo um índice de espaço de cores para bowtie2
SINOPSE
gravata borboleta2-build-s [opções]*
DESCRIÇÃO
Bowtie 2 versão 2.2.6 por Ben Langmead ([email protegido], www.cs.jhu.edu/~langmea)
referência_in
lista de arquivos separados por vírgula com sequências ref
bt2_index_base
gravar dados bt2 em arquivos com este diretório / nome de base
*** Os índices Bowtie 2 funcionam apenas com v2 (não v1). Da mesma forma para índices v1. ***
OPÇÕES
-f arquivos de referência são Fasta (padrão)
-c sequências de referência fornecidas na linha cmd (como )
-a/ - noauto
desabilitar automático -p/ - bmax / - ajuste de memória dcv
-p/ - embalado
use strings compactadas internamente; mais lento, menos memória
--bmax
max bucket sz para construtor de array de sufixo blockwise
--bmaxdivn
intervalo máximo sz como divisor de len ref (padrão: 4)
--dcv
período de cobertura diferencial para bloco (padrão: 1024)
--nodc desative a cobertura de diferenças (o algoritmo torna-se quadrático)
-r/ - noref
não crie arquivos de índice .3 / .4
-3/ - justref
apenas crie arquivos de índice .3 / .4
-o/ - offrate
SA é amostrado a cada 2 ^ BWT chars (padrão: 5)
-t/ - ftabchars
Nº de caracteres consumidos na pesquisa inicial (padrão: 10)
--semente
semente para gerador de número aleatório
-q/--quieto
saída detalhada (para depuração)
-h/--ajuda
imprimir descrição detalhada da ferramenta e suas opções
--uso
imprimir esta mensagem de uso
--versão
imprimir informações da versão e sair
Use o bowtie2-build-s online usando os serviços onworks.net
