Este é o comando bp_download_query_genbankp que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
bp_download_query_genbank - script para consultar o Genbank e recuperar registros
USO
bp_download_query_genbank --query "Neurospora [ORGN]" --db nucest -o Ncrassa_ESTs.fa --format fasta
bp_download_query_genbank --queryfile 'filewithquery' --db nucest -o Ncrassa_ESTs.fa --format fasta
Outros opções
Forneça UM de:
-q --query query string OU
--queryfile arquivo de perfil com consulta OU
--gi --gis --gifile arquivo com lista de IGs para baixar
Tipo de banco de dados:
-d - banco de dados db (nucleotídeo [padrão], nuca, proteína,)
-o --out --outfile arquivo de saída (caso contrário, os resultados são exibidos na tela)
-f --format formato de saída do arquivo de sequência (fasta por padrão)
-v - saída de depuração completa
pergunta opções
--maxids número máximo de IDs a serem recuperados em um conjunto (100 por vez por padrão)
--reldate
--maxdate maxdate para um registro
- indicar data mínima para registro
--datetype edat ou mdat (inserido ou modificado)
AUTOR Jason Stajich
Jason Stajich, jason-AT-bioperl.org
Use bp_download_query_genbankp online usando serviços onworks.net
