Este é o comando bp_fastam9_to_tablep que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
fastm9_to_table - transforma a saída FASTA -m 9 em saída tabular NCBI -m 9
SINOPSE
fastm9_to_table [-e filtro de valor] [-b bitscorefilter] [--header] [-o arquivo de saída] arquivo de entrada1 arquivo de entrada2 ...
DESCRIÇÃO
Opções de linha de comando:
-e / - avaliar avaliação - filtrar por avaliação
-b / - bitscore bitscore - filtrar por bitscore
--header - sinalizador booleano para imprimir o cabeçalho da coluna
-o / - out - arquivo de saída opcional para gravar dados,
caso contrário, irá escrever para STDOUT
-h / - help - mostra esta documentação
Não é tecnicamente um script SearchIO, pois não usa nenhum componente Bioperl, mas é um
útil e rápido. A saída é uma saída tabular com as colunas NCBI -m9 padrão.
nome da consulta
nome do hit
porcentagem de identidade
comprimento de alinhamento
número incompatível
lacunas numéricas
início da consulta (se em rev-strand start> end)
fim da consulta
clique em iniciar (se em rev-strand start> end)
acertar o fim
avaliar
pontuação de bits
Além disso, mais 3 colunas são fornecidas
pontuação fasta
pontuação sw
por cento semelhante
comprimento da consulta
comprimento do golpe
lacunas de consulta
acertar lacunas
AUTOR - Jason Stajich
Jason Stajich jason_at_bioperl-dot-org
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