Este é o comando bp_flanksp que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
bp_flanks - encontrar sequências de flanco para uma variante em uma posição de sequência
SINOPSE
bp_flanks --posição POS [-p POS ...] [--flanklen INT]
adesão | nome do arquivo
DESCRIÇÃO
Este script permite que você extraia uma subsequência em torno de uma região de interesse de um
seqüência existente. A saída se a entrada de sequência formatada fasta onde a linha de cabeçalho
contém informações adicionais sobre o local.
OPÇÕES
O script recebe um argumento sem nome que pode ser um nome de arquivo no sistema de arquivos local
ou um número de acesso de sequência de nucleotídeos.
A posição -p usa uma tabela de características de sequência de nucleotídeos simples
- notação de posição para definir a região de interesse, normalmente um
SNP ou repetição de microssatélites em torno da qual os flancos estão
definiram.
Pode haver mais de uma opção de posição ou você pode
fornece uma lista separada por vírgulas para uma opção de posição.
O formato de uma posição é:
[id:] int | intervalo | entre [-]
O id opcional é o nome que você deseja chamar o novo
seqüência. Se não for fornecido em junta o número de execução ao
nome da entrada com um sublinhado.
A posição é um ponto (por exemplo, 234), um intervalo (por exemplo
250..300) ou ponto de inserção entre os nucleotídeos
(por exemplo, 234 ^ 235)
Se a posição não estiver completamente dentro da fonte
sequência, a sequência de saída será truncada e
irá imprimir um aviso.
O hífen opcional [-] no final da posição
indica que você deseja que a sequência recuperada seja
na vertente oposta.
-f O padrão é 100. Este é o comprimento dos nucleotídeos
Seqüência --flanklen recuperada em ambos os lados da posição fornecida.
Se o arquivo de origem não contém
SAÍDA FORMATO
A saída é uma entrada formatada em fasta onde o arquivo de descrição contém pares tag = valor
para informações sobre onde na sequência original a subsequência foi tirada.
O ID da entrada fasta é o nome dado na linha de comando unido por hífen ao
nome do arquivo ou acesso da sequência de origem. Se nenhum id for fornecido, uma série de consequências
inteiros são usados.
Os pares tag = valor são:
oripos = int
posição no arquivo fonte
vertente = 1 | -1
fita da sequência em comparação com a sequência fonte
allelepos = int
posição da região de interesse na entrada atual. A tag é a mesma usada
por dbSNP @ NCBI
A sequência destaca a posição da variante do alelo, mostrando-a em maiúsculas e restante
da sequência em caracteres minúsculos.
EXEMPLO
% bp_flanks ~ / seq / ar.embl
> 1_ / HOME / HEIKKI / SEQ / AR.EMBL oripos = 100 vertente = 1 alelepo = 100
taataactcagttcttatttgcacctacttcagtggacactgaatttggaaggtggagga
ttttgtttttttcttttaagatctgggcatctttttgaatCtacccttcaagtattaagag
acagactgtgagcctagcagggcagatcttgtccaccgtgtgtcttcttctgcacgagac
tttgaggctgtcagagcgct
TUDO
Os arquivos de entrada são considerados no formato EMBL e as sequências são recuperadas apenas de
o banco de dados EMB. Torne isso mais genérico e use o registro.
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AUTOR - Heikki Lehvaslaiho
O email:
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